14 апреля 2004 г. защита Игоря Сутягина подала в Верховный суд жалобу с просьбой отменить обвинительный приговор Мосгорсуда, поскольку в ходе процесса "были допущены существенные нарушения уголовно-процессуального закона". В частности, была произведена необоснованная смена состава суда присяжных; в ходе процесса суд, по мнению защиты, рассматривал недопустимые доказательства. Кроме того, "перед присяжными судом были поставлены вопросы, выходившие за пределы предъявленного Сутягину обвинения: в частности, задавался вопрос, действовал ли он по поручению иностранной разведки, хотя ему это не инкриминировалось". Судья так сформулировала вопросы для присяжных, что подтолкнула их к даче "нужных" ответов. Например, она опустила слово "секретные", когда попросила ответить, передавал ли Сутягин материалы за вознаграждение.
23 апреля 2004 г. Общественный комитет защиты ученых обратился с открытым письмом в Парламентскую ассамблею Совета Европы. "Общественный комитет защиты ученых" был создан 2 октября 2002 г. группой ученых и представителей общественных организаций, причиной создания Комитета явилась озабоченность научной общественности и правозащитников судьбой талантливых ученых, бездоказательно обвиняемых ФСБ в тяжких преступлениях. В открытом письме, в частности, говорилось:
"Ловкой имитацией правосудия и справедливости оказывается даже суд присяжных, если речь идет о деле, инициированном ФСБ. Таким, по крайней мере, был суд над Игорем Сутягиным. В процессе не было даже намека на равенство сторон: удовлетворялись любые пожелания обвинения и игнорировались законные требования защиты. Голословные утверждения обвинения были признаны доказательствами. Единогласное голосование присяжных по вопросам, в которых был искажен даже смысл обвинения, вызывает обоснованное сомнение в их независимости. Даже теоретически группа их 12 человек не может единогласно проголосовать за сомнительные доказательства обвинения".
Письмо подписали Виталий Гинзбург (лауреат Нобелевской премии, академик РАН), Лев Пономарев (ООД "За права человека"), Сергей Ковалев (правозащитник, узник совести), Григорий Пасько (журналист, узник совести), Юрий Рыжов (академик РАН), Алексей Симонов (Фонд защиты гласности), Эрнст Черный (правозащитник), о. Глеб Якунин (правозащитник, узник совести, священник).
В 1999 г. арестован Александр Никитин, капитан 1-го ранга. Инкриминируемые ему преступления: государственная измена в форме шпионажа и разглашение государственной тайны при подготовке доклада "Северный флот - потенциальный риск радиоактивного загрязнения региона" для норвежской экологической организации "Беллуна". Оправдан городским судом Санкт-Петербурга.
В 2000 г. арестован Сергей Величко, капитан 3-го ранга, заместитель командира корабля. Инкриминируемые ему преступления: государственная измена в форме шпионажа, сотрудничество со шведскими спецслужбами. Приговорен Военным судом Балтийского флота к пяти годам лишения свободы.
В том же году в Москве был арестован гражданин США Эдмонд Поуп, отставной офицер морской разведки США. Инкриминируемые ему преступления: шпионаж. В декабре 2000 г. Поуп был приговорен Московским городским судом к 20 годам лишения свободы. В феврале 2001 г. приказом президента Путина Поуп был помилован и выслан на родину в США.
В апреле 2000 г. в связи с делом Поупа был арестован Анатолий Бабкин, профессор МГТУ имени Баумана, заведующий кафедрой ракетных двигателей МГТУ. Инкриминируемые ему преступления: государственная измена. ФСБ утверждала, что Бабкин передал секретные сведения о российской торпеде "Шквал" Эдмонду Поупу.
Первоначально Бабкин выступал главным свидетелем по делу Поупа, дал показания, подтверждающие шпионаж американского гражданина, но затем отказался от своих показаний, заявив, что они были даны под давлением следствия. В феврале 2003 г. Бабкин был приговорен по статье "государственная измена" к 8 годам лишения свободы условно (учитывая преклонный возраст профессора и его заслуги). Суд признал его виновным в передаче американскому шпиону Эдмонду Поупу отчетов о технических характеристиках подводной скоростной ракеты "Шквал". Бабкину был назначен испытательный срок в пять лет, его лишили звания Заслуженного деятеля науки и права заниматься профессиональной и научной деятельностью в течение трех лет, еще на три года он был лишен права занимать должность заведующего кафедрой ракетных двигателей МГТУ им. Баумана. Сам Бабкин утверждал, что передавал бумаги совершенно официально, в рамках сотрудничества между МГТУ и Пенсильванским университетом (договор о сотрудничестве был подписан в 1996 г.). Представители Военно-морского флота России посчитали, что, раскрыв секреты ракеты "Шквал", профессор МГТУ нанес флоту ущерб в 26.800.000 рублей (меньше миллиона долларов). По крайней мере именно такая сумма значилась в гражданском иске, который подал ВМФ против Анатолия Бабкина.
16 февраля 2001 г. был арестован Валентин Данилов, физик, заведующий кафедрой Теплофизического центра Красноярского государственного технического университета. В 1999 г. Данилов от имени Красноярского технического университета подписал контракт с Всекитайской экспортно-импортной компанией точного машиностроения и с Институтом физики Ланчьжоу Китайской аэрокосмической корпорации. В рамках контракта Данилов должен был изготовить исследовательский стенд, который моделировал электризацию поверхности твердых тел в вакууме под влиянием электронов средних энергий и ультрафиолетового излучения. Такое явление наблюдается при воздействии космической плазмы на спутники в космосе. 24 мая 2000 г. сотрудники регионального управления ФСБ по Красноярскому краю предъявили физику обвинение в разглашении государственной тайны. Почти год спустя, 16 февраля 2001 г., Данилова обвинили еще и в государственной измене в форме выдачи государственной тайны и в мошенничестве. Первое обвинение - статья 275 УК РФ - государственная измена в форме шпионажа - предусматривающая наказание в виде лишения свободы сроком от 12 до 20 лет, было сформулировано ФСБ. Обвинение в мошенничестве, вернее, в растрате средств, выдвинуто Техническим университетом. Сумма, фигурирующая в иске - 466 тысяч рублей (меньше 15 тысяч долларов). С этого момента ученый находился в СИЗО Красноярска.
По мнению ФСБ во время сотрудничества с китайской стороной Даниловым были переданы Китаю секретные разработки России. Защита Данилова располагала заключениями экспертов о том, что с изобретений Данилова 8 лет назад был снят гриф секретности. Поэтому адвокаты были уверены в положительном исходе дела.
После полутора лет заключения Данилов по решению суда Центрального района Красноярска был освобожден из-под стражи под подписку о невыезде. За все это время обвиняющая сторона (ФСБ) так и не смогла представить веских доказательств виновности физика. Сам Данилов считал, что "ученый-физик никогда не может быть государственным изменником. За открытия, которые происходят в физике, ученым дают Нобелевские премии, хотя на основании этих открытий может быть создано оружие. Физик раскрывает тайны природы, а не государственные тайны".
После того как Данилова выпустили из СИЗО, он баллотировался в депутаты Государственной думы от Енисейского избирательного округа № 48. Однако выборы Данилов не выиграл, набрав всего 6,42%. В декабре 2003 г. Данилов был оправдан судом присяжных. Из 12 присяжных восемь человек сочли доказательства прокуратуры неубедительными, а ученого-физика невиновным по всем статьям. После судебного заседания Данилов заявил, что он был полностью уверен в том, что его оправдают, но этот арест отбросил назад российскую науку в плане международного сотрудничества. В частности, спутник, который был создан в результате совместных усилий Китая и Европейского космического агентства (ЕКА), мог бы быть создан при участии Китая и России, так как разработки российских ученых были лучше, чем у ЕКА.