Марковой удалось доказать подлинность большей части подписей, объявленных милицией недостоверными. Однако процесс по делу о подписях завершился только за несколько дней до выборов - 18 сентября 2003 г. Верховный Суд оставил Маркову кандидатом на выборах. Этому решению предшествовала экспертная оценка политологов из работавшей на Матвиенко команды Глеба Павловского (Фонд эффективной политики), согласно которой в случае снятия Марковой с выборов либо выборы срывались бы из-за явки на первый тур менее 25% избирателей, либо же побеждала позиция "против всех" в первом или втором туре.
На протяжении всей избирательной кампании милиция регулярно задерживала агитаторов Марковой, Амосова и Беляева, а также распространителей газеты "Петербургская линия", которая выступала за голосование "против всех". 4 сентября 2003 г. в Московском районе Санкт-Петербурга правоохранительные органы конфисковали предвыборные листовки "негативного содержания", направленные против Матвиенко. 17 сентября 2003 г. генеральному директору типографии, напечатавшему агитационные материалы против Матвиенко, было предъявлено обвинение по ст. 129 части 2 УК России (клевета). Задержание агитационных материалов С. Беляева при ввозе их Санкт-Петербург было проведено под предлогом проверки "факта" о ввозе материалов, порочащих… самого С. Беляева.
21 сентября 2003 г. состоялся первый тур. В. Матвиенко набрала 48,73% голосов и не смогла победить в первом туре. А. Маркова получила 15,84% ("против всех" проголосовали 10,97% избирателей, за С. Беляева - 8,8%, за М. Амосова - 7,5%). Официальный уровень явки в 29% - невероятно низкий для всегда политически активного Петербурга, - возможно, был к тому же искусственно поднят.
Петербургское "Яблоко" после поражения в первом туре (успехом для кандидата "Яблока" могло бы считаться хотя бы третье место, но никак не четвертое) не стало далее сопротивляться давлению со стороны лично Григория Явлинского (на которого, в свою очередь, давили из Кремля, требуя еще перед первым туром снять кандидатуру М. Амосова в пользу В. Матвиенко) и призвало демократических избирателей голосовать во втором туре за Матвиенко.
5 октября 2003 г. В. Матвиенко была избрана, набрав 63,16% голосов при официально объявленной явке 28,25% (А. Маркова - 24,18%, "против всех" - 11,75%).
"Демократическое" избрание экс-муфтия-ренегата Ахмата Кадырова президентом Чечни должно было, по мнению Кремля, увенчать сомнительную стабилизацию в мятежной республике. Однако в том же Кремле прекрасно понимали, что честного соперничества с любым сколько-нибудь серьезным соперником Кадыров не выдержит. Наибольшую опасность представляли возможные кандидатуры бывшего спикера Верховного Совета России Руслана Хасбулатова и депутата Государственной думы, генерал-полковника милиции Асламбека Аслаханова, которые не скрывали своего неодобрения жестко репрессивного режима Кадырова и, будучи федералистами, тем не менее считали возможными переговоры о мире с президентом сепаратистов Асланом Масхадовым.
В случае отсутствия этих кандидатур, часть населения могла проголосовать также за любых других не совсем марионеточных кандидатов (или выглядящих таковыми) - например, за московских чеченцев-бизнесменов Хусейна Джабраилова и Малика Сайдуллаева.
Колебания Р. Хасбулатова в конечном счете разрешились в августе 2003 г. в пользу неучастия в выборах, и такое решение он принял, судя по всему, не без давления.
2 сентября 2003 г. о снятии своей кандидатуры заявил Х. Джабраилов. За несколько дней до начала избирательной кампании его пригласили в Кремль, где известили что "Москва на предстоящих выборах будет поддерживать действующего главу республики Ахмата Кадырова".
Х. Джабраилов пользовался поддержкой министра печати Чечни Бислана Гантамирова. 3 сентября Гантамиров был уволен из правительства, а в ночь с 4 на 5 сентября служба безопасности Кадырова взяла под вооруженный контроль грозненское телевидение и редакции всех восьми выходящих в Грозном газет.
11 сентября 2003 г. Верховный суд Чечни отменил регистрацию в качестве кандидата на пост президента Чечни М. Сайдулаева. Причиной была названа недостоверность части подписей за выдвижение Сайдулаева, на основании которых он был первоначально зарегистрирован. Сайдулаев напомнил, что одновременно с подписями он представил также и залог и потребовал зарегистрировать его в таком случае на основании залога. В этом ему, однако, было отказано с издевательской мотивировкой: "если подписные листы и залог поданы в один день, то избирком в соответствии с законодательством вправе сам выбирать вариант регистрации".
Ближе к истине была бы формулировка "свой вариант НЕрегистрации".
Оставался А. Аслаханов - возможно, самый опасный из альтернативных кандидатов. В августе 2000 г. на дополнительных выборах в Государственную думу по Чеченскому избирательному округу он был избран, получив 30,31% голосов, несмотря на палки в колеса, которые ему тогда ставили люди Кадырова.
Из грозненского избиркома Аслаханову поступила угроза: "он будет снят из-за того, что в одном из документов у него указан неправильный домашний адрес. И к тому же отсутствует справка о доходах".
Параллельно Аслаханова вызвали на беседу к президенту Путину. По словам депутата, он рассказал об этих угрозах Путину и тот… предложил ему должность своего помощника.
Благодарный милиционер не стал упрашивать гаранта конституции принять меры против угроз грозненского избиркома. Вместо этого он подчинился угрозам (как если бы гарант к ним присоединился), сняв свою кандидатуру с чеченских выборов и приняв - фактически в качестве взятки - предложение президента, утратив в связи с новым назначением думский мандат.
В январе 2004 г. семейство Джабраиловых тоже получило взятку, скорее всего, заранее оговоренную: брат Хусейна Джабраилова Умар был делегирован сенатором от Чечни (вместо Ахмара Завгаева, ставшего депутатом Государственной думу от "Единой России" по Чеченскому округу).
После такой тотальной "зачистки" оказалась поставлена под вопрос явка избирателей. Явка была откровенно фальсифицирована. Свидетельствует член участковой избирательной комиссии на выборах Кадырова:
"В октябре на нашем участке было зарегистрировано 2,5 тыс. избирателей. Пришло всего 146. Выборы проходили в поликлинике […], в регистратуре сидели специальные люди, которые ставили галочки в бюллетенях. Потом мы просто пригласили всех наблюдателей на обед в другое помещение, а сами поменяли урну, накидали туда все эти бюллетени, положили еще те 146, которые были заполнены по-честному, а вечером свели протокол. Никаких претензий со стороны наблюдателей не было, зато я теперь слишком хорошо знаю эту кухню, чтобы ходить голосовать".
5 октября 2003 г. Кадыров был "избран" (будто бы более 80% при явке якобы 86,8%) - с тем, чтобы уже 9 мая следующего года погибнуть от бомбы сепаратистов на стадионе "Динамо" в Грозном.
Выборы в Государственную думу 4-го созыва 7 декабря 2003 г. по своим тактико-техническим характеристикам занимают среднее положение между осенними выборами в Санкт-Петербурге и в Чечне. Они были значительно более свободными, чем в Чечне, и существенно менее честными, чем в Санкт-Петербурге.