Во время же штурма Кремля москвичами, тверцами и новгородцами князь Григорий Петрович Шаховской под шумок, пользуясь неразберихой, выкрал из дворца и унёс государственную печать.
Заняв престол, Шуйский за поддержку самозванца сослал Шаховского воеводой в Путивль, совершив непростительную ошибку. Новоявленный воевода тут же собрал жителей и объявил, что царевич Дмитрий жив. Путивльцы восстали против Шуйского. Их примеру последовали северные города, и в первую очередь Чернигов, где был воеводой князь Андрей Телятевский. Он не поддерживал Лжедмитрия, но решил примкнуть к Шаховскому. Юг страны начал охватывать новый бунт.
Но у бунтовщиков не было идейного вождя, своего рода символа, знамени.
Шаховской позвал из Сомбора Михайлу Молчанова, но тот убоялся и вместо себя послал Болотникова. Тот в свои молодые годы был холопом Телятевского, был взят в плен татарами, продан в рабство на галеры, бежал, пробирался с европейского юга через Польшу домой.
Шаховской принял его, обласкал, дал войско. Он же кинул клич, и под знамёна Болотникова пошёл разный сброд: воры, грабители, беглые холопы, к которым примкнули стрельцы и козаки. Начались грабежи, разбои, поджоги дворянских усадеб. Россия, не успев оправиться от одной усобицы, вступала в полосу другой. Казна была пуста, войско в разброде.
Андрей был рад, что самозванца свергли, и даже горд, что именно он убил Лжедмитрия. Но он вовсе не способствовал, не хотел, чтобы к власти пришёл Шуйский. Маленький, пожилой, умный и очень скупой, любивший, ко всему прочему, доносчиков, он был полон противоречий и не пользовался большой поддержкой народа и бояр. Если Москва его приняла, то только потому, что он был меньшим злом, чем самозванец; и то многие города российские были против. И не столько против самого князя, сколько против выборов. Шуйского выкрикнули на площади, а не избрали выборщики от всех земель, как это было принято на Руси. При Шуйском патриархом был Гермоген, бывший митрополит Казанский. С твёрдым характером, жёстким нравом, неумеренной страстью, он не отличал истинного от ложного. Этой его слабостью и воспользовались враги Шуйского – они наговаривали на царя, стараясь поссорить его с митрополитом. Особенно преуспели бояре: Михаил Глебович Салтыков, позднее сосланный в Иван-город, князь Рубец-Мосальский, сосланный воеводой в Корелу, Богдан Бельский, отправленный в Казань. У них отняли поместья.
7 января 1598 года умер, не оставив наследника, последний отпрыск великой династии – царь Фёдор Иванович. Долгое правление Рюриковичей закончилось, ввергнув страну на долгие 14 лет в пучину Смуты: внешней интервенции, гражданской войны, череды временных правителей – Лжедмитрия, Шуйского, Петра, Тушинского вора, королевича Владислава. Русь залилась кровью, была разграблена. И только после разгрома поляков Дмитрием Пожарским с его ополчением, собранным Кузьмой Мининым, избрали первого царя из рода Романовых, Михаила. Эта династия правила 300 лет. А начиналось всё 26 октября 1601 года, когда стрельцы подожгли в Москве усадьбу Фёдора Никитича Романова. Главу семьи насильно постригли в монахи и сослали в Антониево-Сийский монастырь, не ведая, что это будущий патриарх Филарет. Жену его «замчали» в Заонежский Толвуйский погост, дочь Татьяну и сына Михаила – в Белоозеро. Выслали братьев: Александра Никитовича в Усолье-Луду на Белом море, где он и умер в 1602 году, брата Михаила Никитовича – в Пермскую землю, там он умер в земляной яме. Брата Ивана Никитовича – в Пелым, Василия Никитовича – в Яренск, и он умер там в 1602 году. Ещё более жестоко поступили с челядью – многих холопов подвергли страшным пыткам. Объяснялось происшедшее просто: правящий Годунов получил донос о заготовке Фёдором Никитовичем ядовитых кореньев – якобы для отравления его, Годунова. Стрельцы искали не только коренья, но и корни заговора.
Сыск ничего не дал. Лишь один холоп сбежал из-под стрелецкого караула и теперь из глубины переулка смотрел, как пылает усадьба его благодетелей.
Холопа звали Гришка Отрепьев. Он не был Романовым, но стал первым со двора Романовых, кто стал русским царём.
Холоп укрылся, принял постриг и жил среди чернецов Чудова монастыря в самом Кремле, рядом с Теремным царским дворцом. В дальнейшем, сев на престол, Лжедмитрий не забыл Романовых. Митрополита Филарета поставил на Ростовскую кафедру, брата Ивана Никитовича жаловал боярином, жене Фёдора Никитовича, Ксении Ивановне, подарил Игнатьевский монастырь.
Народ в Москве выжидал, что предпримет, какие шаги сделает новый государь.
Наследство Шуйскому досталось тяжёлое. Страна оказалась малоуправляемой, на военных постах в городах сидели тайные или явные сторонники Лжедмитрия, казна была разграблена и пуста. Из деятельных помощников – только один, молодой воевода князь Скопин-Шуйский, из родственников дальних.
Андрей же на улицах Москвы почти не показывался. Бояться ему было нечего, к нынешней власти он лоялен и даже участвовал в заговоре против Лжедмитрия. Просто ему нужно было время для раздумья – что предпринимать дальше? Помогать Шуйскому? Советчиков среди бояр у того и так много, да советы большей частью своекорыстные. А реального помощника, Скопина-Шуйского, убоявшись его возвышения, отравят на пиру в доме князя Ивана Михайловича Воротынского. И если уж воеводу, родственника царя не испугались отравить, то его, Андрея, и вовсе прихлопнут, как муху. В борьбе за власть, за влияние на царя все средства хороши. Впрочем, за жизнь свою Андрей не боялся, он сумеет постоять за себя, однако на пиры не ходил, поскольку не приглашали. Для князей он был слишком мелок, им не ровня.
Он о другом думал. О том, что князь Шуйский недолго на троне продержится. Уже в сентябре 1610 года польский гетман С. Жолкевский вывезет его в Смоленск, а затем и в Польшу, где Василий Иванович умрёт в заточении в Гостином замке. Помнил также, что и после Шуйского временщики будут. Только все они не добра Руси будут желать, не возвышения её, а только вечной власти и обогащения. А королевич Владислав так и вовсе Русь подчинить Польше хотел, превратить её во вторую Малороссию, где будут править польские паны, кичливые да гордые непомерно.
Вот и выходило, что некому пока служить. Шуйский тоже разбазаривал русские земли – ведь за наём шведского войска для борьбы с появившимся Лжедмитрием II он по договору обязывался отдать шведам Корелу.
Против него восстали народ и часть московского дворянства. В Теремной дворец, что в Кремле, отправился царский свояк, князь Воротынский, и объявил Шуйскому приговор Собора: «Вся земля бьёт челом: остави государство ради междоусобной брани, затем, что тебя не любят и служить тебе не хотят».
Царь положил посох и выехал из Кремля вместе с женой в свой боярский дом. 19 июля 1610 года боярин Ляпунов с четырьмя товарищами и монахом Чудского монастыря ворвался в дом Шуйских и насильственно постриг Василия Ивановича в монахи. Патриарх пострижения не признал, но это уже ничего не изменило – Шуйского свезли в Чудов монастырь. Жену его также постригли в монахини, а братьев взяли под стражу. Осенью этого же года Шуйский умер в Польше, и только в 1635 году прах его был перевезён в Москву и погребён в Архангельском соборе, усыпальнице русских царей.