В этой должности Василий Александрович и вступил в войну.
По тяжелому опыту Русско-японской войны флотское командование ожидало, что первым ударом неприятеля будет попытка уничтожить слабые силы русского флота, чтобы обладать не только свободой действий в Балтийском море, но и безнаказанно иметь возможность проникнуть в любое время в Рижский и Финский заливы. Береговые батареи новой Ревельской крепости, обслуживающиеся морскими командами (крепость Имп. Петра Великого), находились в зачаточном состоянии. Предполагаемых 12-дюймовых батарей на островах Нарген, Вульф, Реншер, перекрывающих своим огнем Финский залив, не существовало. Новые дредноуты находились в стадии постройки, и только два из них могли вступить в строй поздней осенью. Легкие крейсера типа «Адмирал Невельской» строились в Германии и, очевидно, поступали на усиление флота противника, нефтяные миноносцы типа «Новик» должны были быть готовы только в 15-м и 16-м годах.
Таким образом, для ничтожных, по сравнению с германскими, сил Балтийского флота создалось угрожающее положение. Чтобы не допустить этого, командующему флотом после настойчивых просьб удалось добиться разрешения, до фактического объявления войны, поставить так называемое центральное минное заграждение поперек залива, на линии Нарген – Поркалауд. Приказ о начале этой операции был отдан 17 июля 1914 года. Тогда отряд минных заградителей под флагом контр-адмирала В. А. Канина в составе «Ладоги», «Наровы», «Енисея», «Амура» и «Волги» вышел в море под охраной наличных линейных кораблей «Император Павел I», «Цесаревич» и «Слава», а также крейсеров «Рюрик» (флаг командующего флотом), «Громобой», «Адмирал Макаров», «Паллада», «Баян» и миноносцев, то есть почти всего флота. Операция постановки прошла безукоризненно. В этот день отряд поставил больше 2200 мин.
Самые тревожные, первые дни войны для русских моряков Балтийского флота прошли благополучно. Немцы, занятые сосредоточением своих сил против англичан, допустили крупную стратегическую ошибку, не предприняв никаких операций в Балтийском море, хотя сил для этого у них было достаточно. Воспользовавшись этим, Балтийский флот усиленно ставил мины, подкрепляя центральное заграждение и затрудняя подступы к нему постановкой передового заграждения в устье Финского залива, между Ганге и Оденсхольмом. Ставили мины как с заградителей, так и с больших угольных миноносцев, бравших 30–35 шаровых мин на верхнюю палубу. Все постановки, несмотря на некоторую нервность работы и не втянувшийся еще полностью в военную обстановку личный состав, происходили без всяких аварий. Последнее указывает на хорошую подготовку личного состава и самоотверженную работу офицеров, подчас рисковавших своей жизнью, спасая положение при неизбежных случайностях, зависящих от внешних условий.
Но не обходилось и без эксцессов. Примером тому может послужить случай, происшедший на миноносце «Генерал Кондратенко» (750 т) 1 августа 1914 года, при постановке добавочного заграждения. Тогда одна из очередных сбрасываемых мин во время падения в воду зацепилась своим минрепом (веревка из проволоки, связывающая мину с ее якорем) за срез фальшборта и стала тащиться за миноносцем, временами показывая свои смятые свинцовые колпаки. Мина должна была через три-четыре минуты взорваться, как только растает кусок сахара, вставленного предохранителем в контакт, и неизбежно оторвать корму миноносца.
Видя это, минный офицер лейтенант Эртен отослал всех людей бегом на нос судна, а сам с кондуктором спешно стал перерезать острогубцами стальные проволоки минрепа. Момент критический, время на исходе, проволок много, и перекусываются они с трудом. Наконец работа закончена, но не успела мина отплыть на несколько футов, как раздался взрыв, поднялся огромный столб воды и обрушился на корму, но миноносец остался невредимым.
Только 4 августа к вечеру впервые у входа в Финский залив появились неприятельские корабли, которые держались очень далеко от берега. Позже выяснилось, что предыдущей ночью крейсера и находившийся при них заградитель противника поставили большое минное поле впереди нашего заграждения. Это укрепило уверенность флотского командования в том, что неприятель не собирается вести активное наступление с моря, придерживаясь принципа активной обороны, то есть ведения минной войны.
Несмотря на это В. А. Канин настаивал на постановке новых минных заграждений. По его предложению 24 октября эскадренный миноносец «Новик» и четыре миноносца типа «Сибирский стрелок» поставили заграждения, первое у Пиллау в Данцигской бухте, вторые – на очень большой волне, при качке в 35 градусов, на фарватере Мемель – Малый Бельт. На этом заграждении 4 ноября взорвался и погиб немецкий броненосный крейсер «Фридрих-Карл». По итогам этой операции Канин был награжден орденом Святого Станислава 1-й степени и мечами к нему.
В ночь на 1 января 1915 года крейсер «Россия» (флаг контр-адмирала Канина) при участии капитана 1-го ранга A. B. Колчака (зав. оперативным отделом штаба командующего флотом) поставил 200 мин заграждения у маяка Аркона, в 3 милях от берега острова Рюгена, на котором через два дня подорвался немецкий крейсер «Газелле» и, взорвавшись, погиб еще один пароход. В тот же день, находясь под тем же командованием, крейсера «Олег» и «Богатырь» поставили второе заграждение у банки Штольпе.
1 февраля 1915 года эскадренный миноносец «Новик» (брейд-вымпел капитана 1-го ранга A. B. Колчака) с миноносцами «Сибирский Стрелок», «Генерал Кондратенко», «Охотник» и «Пограничник» в туман и мороз поставили заграждение в 15 милях южнее входа в Данцигскую бухту.
Об успешном ведении на Балтийском море минной войны было доложено императору. Николай II пожелал лично встретиться с Каниным для того, чтобы выразить ему свою благодарность. Когда Василий Александрович прибыл на эту встречу в Царское Село 9 февраля 1915 года, император пригласил его к обеду, во время которого объявил о присвоении ему звания вице-адмирала «за отличие в делах против неприятеля на основании Высочайшего повеления с 24 декабря 1914 года» с назначением исполняющим должности начальника минной обороны Балтийского моря.
Минирование подступов к берегам, портам и стратегически-важным участкам побережья Балтийского моря продолжалось. В 1915 году началась борьба за Рижский залив, так как сухопутные силы неприятеля стали продвигаться к Виндаве, а впоследствии и к Риге. За успешные постановки минных заграждений Высочайшим приказом по Морскому ведомству от 18 апреля 1915 года вице-адмирал В. А. Канин был награжден георгиевским оружием. В приказе указывалось, что этой награды он удостоен «в воздаяние доблести, проявленной при выполнении операции большого боевого значения в исключительно тяжелых условиях». А уже на следующий день, 19 апреля, по приказу Василия Александровича был впервые загражден минами вход в Рижский залив через Ирбенский пролив. В ночь на 24 апреля «Новик» с 4 миноносцами типа «Сибирский Стрелок», в сопровождении 8 миноносцев типа «Стерегущий», поставили заграждение против и южнее Либавы.
После смерти адмирала Н. О. Эссена вице-адмирал В. А. Канин Высочайшим повелением от 7 мая 1915 года был назначен на должность командующего флотом Балтийского моря. Этот флот под его руководством в конце кампании 1915 года провел ряд успешных операций на морском театре и по содействию войскам приморского фланга в Курляндии.