Депутат Государственной думы Савич вспоминал: «Моряки Балтики активно готовились к войне… Работа кипела по подготовке личного состава, и по подготовке театра войны, и, особенно, по разработке основных идей возможной борьбы. Приятно было видеть эту дружную семью, окружающую любимого и уважаемого адмирала Эссена такою бодрою, такою решительною, такою радостною возможностью жертвенного подвига.
Среди этого кружка лиц – мозг нашего Балтийского флота – я встретил, опять на первых ролях, капитана 1 ранга А. В. Колчака. Он работал больше всех, был душою и мозгом оперативного отдела штаба. И в дружеских интимных беседах в каюте адмирала, где говорили и спорили после еды офицеры его штаба… голос Колчака звучал наиболее веско, с его мнением больше всего считались, он опять пользовался всеобщим уважением и авторитетом. Видно было, что им гордятся, им восхищаются.
Эта репутация была вполне заслуженна. Тут он был в своей сфере, он знал, что он хочет, знал прекрасно людей, своих товарищей, начальников и подчиненных, отлично понимал, что от каждого из них можно ожидать. Он ставил себе определенные, подчас очень смелые, но всегда продуманные цели, правильно оценивал обстановку и умел настоять на выполнении раз поставленных заданий. Он был правою рукой адмирала, его ближайшим и деятельным помощником. Его роль в период подготовки Балтийского флота к войне была огромна».
В сентябре 1913 года Александр Васильевич получил приглашение от начальника Николаевской морской академии прочитать в наступающем учебном году курс лекций по предмету «Служба Генерального штаба во флоте». Колчак принял предложение и зимой 1913–1914 года, будучи в отпуске в столице, прочитал этот небольшой курс. Немного позже он был произведен в капитаны 1-го ранга.
В начале 1914 года А. В. Колчак был назначен командиром флагманского крейсера «Рюрик» и вступил в должность флаг-капитана, то есть начальника оперативной части флота.
С началом Первой мировой войны Балтийский флот перешел в подчинение главнокомандующего 6-й армией. По его приказу от 18 июля на флот возлагалась задача: «Всеми способами и средствами препятствовать производству высадки в Финском заливе». Подтверждением этой задачи, собственно, и ограничились заботы главкома по отношению к флоту.
А между тем командование флотом находилось в полном неведении о политическом положении России об оперативной обстановке на Балтийском театре военных действий. 21 июля Колчак в донесении в Морской генеральный штаб, для передачи «в собственные руки» представителю ВМФ при командующем войсками Северного фронта капитану 1-го ранга В. М. Альтфатеру, писал: «Мы совершенно лишены сведений о противнике. Разведке нашей цена 0. Она ничего путного не дает. Точно так же командующий не имеет даже политической ориентировки…»
Далее в донесении говорилось, что подготовка флота к войне прошла очень хорошо. «Все, конечно, надо отнести на долю Николая Оттовича. Его решимость, его энергия, отсутствие всяких личных соображений определили всю работу флота за последнюю неделю. Я убежден, что мы заслуживаем лучшего флота, чем имеем. С таким адмиралом, имея флот, – что можно сделать или, вернее, что нельзя сделать. Грустно делается, когда видишь наши «главные силы» из четырех стареньких линейных кораблей, четырех жалких «крейсеров» 1-й бригады и четырех, еще более плохих, 2-й бригады. Вчера Николай Оттович развернул свои силы на позиции, и чувство какой-то обиды явилось, глядя на наши старые, утратившие реальную боеспособность корабли. Неужели же мы не заслужили настоящих кораблей; ведь есть у нас и знание, и умение, и качества не хуже, чем у других». Донесение заканчивалось словами: «Последние дни мы ждем боя и хотим его. Долго высидеть на позиции невозможно. Офицеры и команды веселы, и подъем духа у всех большой, но долго его поддерживать нельзя… Вся надежда на Николая Оттовича, и с ним будут драться на чем угодно».
В письме Василию Михайловичу Альтфатеру от 24 июля Колчак высказывал предположение о ближайшем вмешательстве в военные действия Швеции на стороне Германии. Он сообщал, что Эссен – сторонник активных действий против шведов, которые под прикрытием своего нейтралитета тайно поддерживают Германию. Однако главнокомандующий запрещает такие действия со стороны флота. Далее Колчак просил ускорить постройку «новиков» и дать ответ на основной вопрос: «Считает ли главнокомандующий связанными нас с обязательствами не оставлять Финский залив или нет, и когда это обязательство заканчивается».
Большое внимание уделял Колчак организации связи. По его приказу устанавливается четкий прядок прохождения информации от наблюдательных постов до заинтересованных лиц. При обнаружении кораблей противника одним из постов по всему отделению объявлялась боевая тревога. Начальник отделения лично составлял донесение по проверенным данным с подчиненных постов. Телефонисты и телеграфисты передавали его на центральную станцию, в соседние отделения, на батарею, а также в рядом расквартированную воинскую часть и находящиеся вблизи корабли. Результаты разведки морской авиации передавались в штаб флота через посты связи на аэродромах. Ежедневно составлялась оперативная сводка, которая дополнялась данными радиоперехвата и прогнозом погоды. Эти сведения наносились также на карту обстановки, находившуюся у начальника службы наблюдения и связи флота. С ней знакомились командиры соединений и кораблей перед выходом в море.
Первые действия немецких военно-морских сил на Балтике против русских носили преимущественно демонстрационный характер. В последние дни июля крейсера «Аугсбург» и «Магдебург» обстреляли подходные к Финскому заливу маяки Бенгштер и Дагеропт (Кыпу) и пограничные посты у Палангена (Паланги). Еще ранее они поставили минные заграждения у Либавы, не ведая, что она уже эвакуирована. 12 и 13 августа эти же крейсера пытались проникнуть в Финский залив. Обходя свое минное заграждение, поставленное у южного входа в залив, «Магдебург» в густом тумане наскочил на камни у острова Оденсхольм.
Ночью 13 августа с сигнального поста на острове Оденсхольм по телефону донесли в Ревель, что на расстоянии двух кабельтовых в тумане на мели засело четырехтрубное судно, слышится немецкая речь. Адмирал Эссен сразу же направил туда дивизион миноносцев и крейсера «Богатырь» и «Паллада».
Застрявшее на мели судно было немецким крейсером «Магдебург», при осмотре которого русскими моряками была найдена папка с секретными документами и шифрами.
Документы попали в штаб и были переданы для изучения Колчаку. Александр Васильевич очень заинтересовался шифрами. По его предложению неподалеку от Ревеля была установлена приемная радиостанция для прослушивания эфира. В результате была получена ценная информация о планах вражеского командования, позволившая русскому флоту перейти к активным действиям.
В 1915 году в море чаще стали выходить группы крейсеров во главе с адмиралом Эссеном. В ночь под новый год крейсер «Рюрик», ходивший под флагманским флагом, поставил ряд минных заграждений непосредственно у германских берегов. Спустя месяц подобная задача была успешно решена в Данцигской бухте.
В этой операции участвовал и Колчак. Он находился на борту крейсера «Рюрик», входившего в сформированную на поход бригаду из шести крейсеров под командованием начальника отряда заградителей Балтийского моря вице-адмирала Василия Александровича Канина. Бригада во главе с флагманским крейсером «Россия» полностью выполнила боевую задачу. С крейсеров «Россия» и «Рюрик» были поставлены самые удаленные минные заграждения – у мыса Аркона; другие крейсера минировали район к востоку от острова Борнгольм.