После неудачных операций советских войск в Крыму противник вышел к Керчи. Попытки задержать врага на этом направлении успеха не имели. Нужно было выиграть время для эвакуации основной массы войск на Кубань. С этой целью бои частей 51-й армии развернулись на рубеже высот Аджимушкай – Колонка. Общее руководство их действиями было возложено на начальника отдела боевой подготовки штаба Крымского фронта полковника
П. М. Ягунова. Основу этих сил составили, кроме командиров и политработников резерва и личного состава 1-го фронтового запасного полка, несколько сотен курсантов военных училищ, бойцы и командиры 276-го стрелкового полка НКВД, а также 95-го пограничного полка, 1-й и 2-й батальоны которого закрепились на позициях севернее Аджимушкая.
Ко второй половине 14 мая отряд полковника Ягунова насчитывал около 4 тыс. человек, причем отдельные роты были сформированы сплошь из комсостава. Положение осложнялось острой нехваткой оружия, даже стрелкового. Это произошло потому, что практически все средства огневой поддержки, имеющиеся в распоряжении этого отряда, – минометы, противотанковое орудие и несколько расчетов ПТР – были направлены в район Царского кургана для прикрытия танкоопасного направления. После этого, по воспоминаниям младшего лейтенанта С. С. Шайдурова, «…резерв комсостава совершенно не был вооружен. Личное оружие было только у работников штаба и очень немногих из резерва. К началу боев в непосредственной близости к катакомбам часть резерва удалось вооружить за счет излишнего (выносимого) оружия отступающих частей. Это были винтовки, карабины, ручные пулеметы, несколько станковых пулеметов, гранаты, 50-мм минометы».
В бой отряд полковника Ягунова вступил уже во второй половине дня 14 мая, после того как противник, стремительно продвинувшись в обход поселка Катерлез, неожиданно вышел к Аджимушкаю. Тогда силами отряда в ходе контратаки, предпринятой совместно с частями 157-й стрелковой дивизии, враг был остановлен, а затем и отброшен, потеряв при этом три танка и много стрелкового оружия. Затем в течение последующих трех дней советские войска вели активную оборону на этом рубеже, надежно прикрывая переправы с севера.
Но на общую обстановку это уже существенно повлиять не могло. К исходу 17 мая противник захватил поселки Маяк и Жуковку, а в ночь на 18 мая он прорвал оборону в районе завода имени Войкова. В результате этого Аджимушкай был полностью окружен. 18–19 мая советским войскам ценой невероятных усилий удавалось удерживать лишь узкую полоску берега в районе Еникале. Но утром 20 мая и в этом районе бои прекратились в связи с тем, что последние защитники были эвакуированы на судах. Благодаря героическим действиям бойцов и командиров отряда полковника Ягунова из района Керчи удалось эвакуировать не менее 120 тысяч человек, в том числе десятки тысяч раненых и часть боевой техники и имущества.
По приказу командующего фронтом отряд полковника Ягунова должен был держаться до «особого распоряжения». Но такого распоряжения отряд так и не получил. А для прорыва кольца окружения собственных сил было явно недостаточно. Остро встал вопрос о том, что делать дальше.
После военного совета, проведенного в каменоломнях, среди старших командиров отряда возникло мнение о необходимости продолжить борьбу, спустившись под землю и создав сильный очаг сопротивления. В результате этого возник приказ о создании «участка обороны Аджимушкайских каменоломен» («полк обороны Аджимушкайских каменоломен им. Сталина»), объявленный утром 21 мая 1942 года.
К тому времени Аджимушкайские каменоломни уже не пустовали. Так уж получилось, что они, как надежное укрытие от ударов авиации и артиллерии противника, постепенно начали заполняться войсками уже 13 мая. Прежде всего там появились раненые и тыловые части, затем боевые подразделения. Потом подземные выработки стали укрытием для бойцов сводных отрядов, которые с опорой на каменоломни совершали неожиданные отчаянные вылазки на врага.
Сразу же после объявления приказа от 21 мая началось формирование подразделений и служб участка обороны Аджимушкайских каменоломен. Прежде всего, был произведен учет бойцов и командиров, находившихся под землей в Центральных каменоломнях. Записи производились по установленной форме в большие тетради и составлялись общие списки, машинописные копии которых передавались в штаб. На основании этих списков всем были выданы личные знаки – пропуска, служившие для предъявления при передвижении внутри каменоломен.
Весь личный состав, насчитывающий, по разным данным, от 15 000 до 5000 человек, был разделен на батальоны. Кроме стрелковых батальонов в подземном гарнизоне была организована группа разведки, созданы службы связи, тыла, химический отдел, а также особый отдел, военная прокуратура и военный трибунал.
Однако, несмотря на все предпринятые организационные меры, под землей все же оставались отдельные группы военнослужащих, не подчинявшиеся единому командованию и действовавшие самостоятельно. В подтверждение этого И. Ф. Зубарев в своих воспоминаниях писал: «…мы знали, что… кроме тех, кого мы видели и с кем ходили на вылазки, была еще группа людей. Это была большая организованная группа. Можно сказать, основное ядро подземелья, в ней больше было командного состава. Они отделились еще с первых дней подземной жизни, взяв с собой оружие, боеприпасы, питание и ушли вглубь. И, насколько я знаю, они к себе не принимали людей, которых… не знали, и если кто встречался с их часовыми, тех отправляли обратно». Также известно, что подобный гарнизон, численностью более 2000 человек, разделенных на четыре батальона, был сформирован и в Малых Аджимушкайских каменоломнях.
Действия гарнизона Центральных каменоломен условно можно разделить на три периода.
Первый период, с 18 по 24 мая, характеризовался ожесточенными боями на поверхности, попытками прорвать кольцо окружения (причем в некоторых вылазках участвовали тысячи бойцов), а также стремлением других групп, сражавшихся в окружении, соединиться с гарнизонами каменоломен. Так, 19 мая 1942 года туда из района завод им. Войкова – Колонка прорвалась группа военнослужащих под командованием подполковника Г. М. Бурмина, насчитывавшая, по разным данным, от 600 до 2000 человек. Еще несколько более мелких групп в каменоломни прорывались в последующие дни, вплоть до 22 мая.
19 и 20 мая немцами были предприняты попытки взять каменоломни штурмом. В отдельных районах немецким солдатам даже удалось прорываться под землю, где произошли ожесточенные бои. Но после того, как эти прорывы были ликвидированы, противник начал обстреливать входы в пещеры при помощи артиллерии и танков, но такие обстрелы оказались малоэффективными. Эти неудачи побудили немецкое командование перейти к осаде каменоломен, блокировав все выходы в надежде вынудить жаждой аджимушкайцев выйти из-под земли.
Уже тогда в каменоломнях начала остро ощущаться нехватка воды, так как все подходы к единственным источникам – двум колодцам на поверхности – хорошо простреливались противником с близлежащих холмов. Несмотря на это, по ночам за водой приходилось посылать бойцов, многие из которых не возвращались обратно. С этой же целью предпринимались и групповые ночные вылазки, которые превращались в ожесточенные бои. Так, участник обороны каменоломен Г. Н. Акопян вспоминал вылазку, в которой приходилось участвовать ему. В результате этой вылазки удалось добыть четыре ведра воды ценой потери около 100 человек. «Крови проливали больше, чем воды брали, – сокрушался он. – Но это было необходимо, потому что раненые… умирали без воды».