Эвакуация Одессы проводилась в очень трудных условиях. Приходилось проводить все мероприятия при постоянном давлении войск противника с фронта. Немецкая и румынская авиация неустанно бомбила порт, корабли и транспорты, находящиеся на рейде. Несмотря на это, эвакуация Одессы была успешно закончена к 16 октября.
В истории Великой Отечественной войны записано, что героической обороной Одессы советские войска и флот сковали более чем на два месяца 18 румынских дивизий и нанесли им тяжелые потери, чем оказали существенную помощь войскам Южного фронта при их отходе за реку Днепр и в последующих оборонительных боях восточнее этой реки. После овладения Одессой 4-я румынская армия, вследствие понесенных тяжелых потерь, полностью потеряла боеспособность и была выведена в Румынию на переформирование и пополнение. В марте 1943 года для защитников Одессы была учреждена специальная медаль «За оборону Одессы», а в 1945 году Одессе было присвоено почетное звание «Город-герой».
Для обороны Крыма и главной морской базы в Севастополе 15 августа в составе Южного фронта была создана 51-я армия в составе 9-го стрелкового корпуса и 48-й кавалерийской дивизии под командованием генерал-полковника Ф. И. Кузнецова. Эта армия имела задачу не допустить вторжение противника в Крым как с севера, через Перекопский и Чонгарский перешейки, так и со стороны морских подступов.
Против Южного фронта, командующим войсками которого был генерал-лейтенант Д. И. Рябышев, членом Военного совета фронта – армейский комиссар 1-го ранга А. И. Запорожец, а начальником штаба – генерал-майор А. И. Антонов, противник перешел в наступление 9 сентября. Ему удалось прорвать фронт 9-й армии и к вечеру 12 сентября выйти к Перекопскому перешейку, а 16 сентября – к Чонгарскому мосту и Арабатской Стрелке. Таким образом, противник подошел вплотную к Крымскому полуострову, но его попытка с ходу прорваться через Перекопский перешеек была отражена войсками 51-й Отдельной армии.
Войска Южного фронта, которыми с 5 октября командовал генерал-полковник Я. Т. Черевиченко, в конце сентября по собственной инициативе пытались организовать наступление в Северной Таврии с целью выхода к крымским перешейкам и установления непосредственного сообщения с Крымом. Но Ставка ВГК указала командованию фронта, что их усилия являются несвоевременными и что в сложившейся обстановке целесообразно проводить улучшение своих оборонительных позиций. При этом войскам 51-й Отдельной армии было приказано всеми силами удерживать крымские перешейки и не допустить прорыва противника в Крым.
В то же время немецкое Главное командование, считавшее, что силы Красной Армии на южном участке фронта разгромлены, поставило перед группой армий «Юг» задачу захватить Крым и лишить Черноморский флот его главной базы, а советскую авиацию, бомбившую румынскую нефтяную промышленность, аэродромов в Крыму.
К моменту выхода противника к крымским перешейкам (середина сентября) для их обороны были развернуты три стрелковые дивизии 51-й Отдельной армии, войсками которой командовал генерал-полковник Ф. И. Кузнецов.
На южном крыле советско-германского фронта действовала 11-я немецкая армия, которой командовал генерал-полковник фон Шоберт. Но командующий в середине сентября во время одного из своих ежедневных вылетов на фронт на самолете типа «Шторх» сел на заминированном русскими поле и погиб вместе со своим пилотом, а 16 сентября был похоронен в Николаеве. Новым командующим был назначен генерал Манштейн, который 17 сентября прибыл к месту расположения штаба 11-й армии в город и порт Николаев, находящийся у устья Буга, и принял командование. Начальником штаба был полковник Велер.
Перед 11-й армией стояла задача занять Крым. Причем эта задача немецкому командованию представлялась особенно срочной. С одной стороны, ожидали, что занятие Крыма и его военно-морской базы Севастополя возымеет благоприятное воздействие на позицию Турции. С другой стороны, и это особенно важно, крупные военно-воздушные базы противника в Крыму представляли собой угрозу жизненно важному для Германии румынскому нефтяному району. И наконец, после взятия Крыма входящий в состав 11-й армии горный корпус должен был продолжать движение через Керченский пролив в направлении на Кавказ, поддерживая наступление, которое должно было развернуться со стороны Ростова.
Для непосредственного наступления на Крым были выделены соединения 54-го армейского корпуса под командованием генерала Ганзена в составе 46-й и 73-й пехотных дивизий. Кроме того, туда планировалось направить часть сил из прибывшей из Греции 50-й пехотной дивизии, которая в то время в составе 4-й румынской армии все еще находилась под Одессой, очищая побережье Черного моря от остатков советских войск.
Манштейн считал, что с учетом местности «даже упорной обороны трех дивизий было достаточно, чтобы не допустить вторжения в Крым 54-го армейского корпуса или, по крайней мере, значительно измотать его силы в боях за перешеек». Объяснял это он с позиции сложного характера местности и мощности обороны советских войск. В частности, он писал:
«Крым отделяет от материка так называемое «Гнилое море», Сиваш. Это своего рода ватты или соленое болото, по большей части непроходимое для пехоты, и, кроме того, из-за малой глубины оно представляет собой абсолютное препятствие для десантных судов. К Крыму есть только два подхода: на западе – Перекопский перешеек, на востоке – Генический перешеек. Но этот последний настолько узок, что на нем помещается только полотно автомобильной и железной дороги, да и то прерываемое длинными мостами. Для ведения наступления этот перешеек непригоден.
Перекопский перешеек, единственно пригодный для наступления, имеет в ширину также всего 7 км. Наступление по нему могло вестись только фронтально, никаких скрытых путей подхода местность не предоставляла. Фланговый маневр был исключен, так как с обеих сторон было море. Перешеек был хорошо оборудован для обороны сооружениями полевого типа. Кроме того, на всю ширину его пересекал древний «Татарский ров», имеющий глубину до 15 м.
После прорыва через Перекопский перешеек наступающий оказывался далее на юг еще на одном перешейке – Ишуньском, где полоса наступления немецких войск, ввиду сужения между солеными озерами, уменьшалась до 3–4 км.
Учитывая эти особенности местности и принимая во внимание, что противник имел превосходство в воздухе, можно было предположить, что бой за перешейки будет тяжелым и изматывающим. Даже если бы удалось осуществить прорыв у Перекопа, оставалось сомнительным, хватит ли у корпуса сил, чтобы провести второй бой у Ишуня. Но, во всяком случае, 2–3 дивизий было явно не достаточно, чтобы занять весь Крым, включая мощную крепость Севастополь».
Уточнение оперативных задач в ставке А. Гитлера