Разобравшись с обстановкой в полосе Сибирской армии и приняв необходимые для локализации конфликта меры, Верховный правитель вернулся в Омск. Здесь его ожидал рапорт от морского министра Смирнова, командующего Речной боевой флотилией на Каме. В нем содержался подробный доклад о боевых действиях флотилии во главе с флагманским кораблем «Волга» 1 и 2 июня, во время оставления города Сарапула частями Южной группы Сибирской армии. На другой день от него же пришло и письмо. «Для спасения дела, – писал Смирнов, – умоляю Ваше превосходительство переехать с Вашим штабом ближе к фронту, чтобы иметь постоянное общение с командующими армиями». В письме рекомендовалось взять более авторитетного начальника штаба (храброго и честного, а Лебедева назначить командиром корпуса), вместо Вологодского поставить другого генерала. Подходящими на этот пост автор письма считал Дитерихса, Розанова, Сахарова и находящихся пока за границей Головина и Щербачева.
У Верховного правителя, как отмечали современники, было немало советчиков со своими идеями, предложениями и даже амбициями. И в этой пестроте суждений, мнений и советов Колчаку нелегко было разобраться. Познакомившись с очередными рекомендациями, Верховный велел письмо Смирнова подшить в дело, не внеся никаких кадровых изменений.
Вместе с тем он внес корректив в план дальнейших военных действий. По его решению Западная армия должна была отойти за реку Белую и, опираясь на эту водную преграду, остановить наступление красных на подступах к Уральскому хребту. С этой целью началось возведение оборонительных рубежей как на путях отхода войск, так и на конечном рубеже обороны.
9 мая разгромленная Уфимская группа войск Западной армии оставила Уфу и отошла к северо-востоку. Колчак рвал и метал, когда узнал, что отступающие части, боясь окружения, бросили раненых и огромные запасы продовольствия: 2 миллиона пудов зерна и 200 тысяч пудов гречневой крупы. Позицию за позицией сдавала Сибирская армия. Захватив 2 июня Глазов, она под натиском получившей подкрепление 3-й армии красных оставила его 13 июня, за два дня до этого сдала Воткинск и отступала своим левым флангом в направлении Кунгура.
В итоге к середине июня рубежи обороны колчаковских войск проходили через Уральск, Оренбург, Бузулук, Стерлитамак, станцию Аша, Оса, Оханск и несколько западнее Перми. Советские войска в полосе свыше 1200 километров нанесли поражение двум самым сильным армиям Колчака – Западной и Сибирской. По неполным данным, лишь с 1 мая по 19 июня колчаковцы потеряли только пленными свыше 26 тысяч солдат и офицеров, огромное количество вооружения, боеприпасов, материального имущества. Вся территория, захваченная во время весеннего наступления белогвардейских войск, была потеряна.
Колчак снял с должностей двух командующих армиями: Р. Гайду и М. В. Ханжина. Во главе Западной армии он поставил генерала К. В. Сахарова, руководство Сибирской и Западной армиями возложил на генерала Дитерихса. Оренбургская армия атамана Дутова и Южная группа генерала Белова были объединены в Южную армию под командованием последнего. В Сибирской армии создаются две оперативные группы: Южная во главе с генералом Л. А. Вержбицким и Северная под командованием генерала А. Н. Пепеляева.
23 июня советские войска Восточного фронта под руководством С. С. Каменева перешли в общее наступление, имея целью освобождение Урала. Колчаковское командование на помощь Сибирской и Западной армиям бросило пять дивизий только что созданного стратегического резерва. Но их оказалось мало для парирования удара мощной группировки советских войск, насчитывавшей 116 тысяч штыков, 13 тысяч сабель, более 500 орудий, 2,5 тысячи пулеметов, 7 бронепоездов и 42 самолета.
Южная группа Сибирской армии (командующий генерал Л. А. Вержбицкий), понеся за шесть дней боев ощутимые потери от 2-й армии красных, вынуждена была отойти за реку Ирень. Восставшие рабочие при поддержке частей 21-й стрелковой дивизии захватили Кунгур.
Северная группа той же армии под командованием генерала А. Н. Пепеляева, поддержанная своей боевой флотилией (она сплошь заминировала Каму выше Осы), с ожесточенным упорством отражала атаки 3-й армии и ее северного экспедиционного отряда. По этому отряду, действовавшему севернее Перми, семь колчаковских резервных полков нанесли сильнейший удар. Отразить его помогли отряду подоспевшие части 3-й армии.
29 июня красная Волжская флотилия форсировала Каму южнее Оханска и тем обеспечила возможность своим войскам начать решительное наступление на Пермь с юга. После двухдневных кровопролитных боев 3-я армия прорвала оборону белых и 1 июля овладела этим городом. Два полка колчаковских солдат сдались в плен. В тот же день Южная группа войск Сибирской армии, не сдержавшая накануне прорыв частей 2-й армии на реке Ирень, оставила Кунгур, а еще через три дня Сибирская армия оказалась рассеченной на две части: одна (южная) отступала на Екатеринбург, другая – на Кушву и Нижний Тагил.
Главная задача в июньском наступлении Восточного фронта возлагалась на 5-ю армию, действующую на златоустовском направлении и возглавляемую 26-летним командармом М. Н. Тухачевским. В ее состав входили четыре дивизии: 24-я, 26-я, 27-я и 35-я и отдельная кавалерийская бригада общей численностью 27,1 тысячи штыков, 1,8 тысячи сабель при 572 пулеметах и 93 орудиях.
Ей противостояла Западная армия генерала В. К. Сахарова, составленная из девяти пехотных дивизий, пехотной и кавалерийской бригад и насчитывавшая 27 тысяч штыков и 5 тысяч сабель с 370 пулеметами и 93 орудиями. При равенстве штыков и орудий в обеих армиях красные имели полуторное превосходство в пулеметах, но значительно уступали противнику по числу сабель. По плану, разработанному Тухачевским, его армии надлежало выполнить три последовательные операции, итогом которых должно быть взятие Златоуста. Успех сопутствовал будущему Маршалу Советского Союза.
Немалое значение для достижения успеха действий советских войск имело широкое развертывание партизанской борьбы в тылу противника. С самого начала боев партизаны и повстанцы поддерживали связь с красноярским комитетом партии, координировавшим их действия. Олчаковский, управляющий Енисейской губернией, еще в марте 1919 года, характеризуя Южно-Канский фронт красных, писал: «В настоящее время этот фронт настолько окреп, что для его ликвидации потребуется от трех до четырех тысяч регулярных войск и энергичное командование».
В мае белогвардейцы и интервенты начали наступление на самообразовавшуюся Степно-Баджейскую партизанскую республику. Развернулись ожесточенные бои, продолжавшиеся почти месяц. Только после этого партизаны оставили занимаемые районы и отошли в Туву.
А Верховного правителя, кроме военных, ожидали и непростые государственные дела. В области внешней политики прежде всего необходимо было добиться от ведущих иностранных держав признания своего правительства и дальнейшего получения от них военной помощи. На первый план выдвигалась задача создать благоприятное впечатление об омском режиме у следующего по Сибири американского посла Морриса, бывшего в недавнем прошлом далеко не сторонником адмирала. Специально подготовленные делегации от духовенства, зажиточного крестьянства и других общественных групп демонстрировали прибывшему в Омск американскому послу материалы о зверствах большевиков, их гонениях на Православную церковь. Решительный поворот взглядов Морриса в пользу колчаковского правительства наметился после его беседы с самим Верховным правителем и членами кабинета министров, заявлявшими о демократичности проводимого ими курса и заверившими посла о безоговорочном признании Россией всех своих долгов иностранным государствам.