В сложившейся обстановке они были не в состоянии выполнить в полном объеме возложенные на них задачи и занимались в основном проведением призыва, постановкой на военный учет военнообязанных и оформлением отсрочек. В целом силами военкоматов призывалось до 65 % воинского контингента.
Кроме военкоматов, вопросами призыва занимались непосредственно сами войска, для чего в управлениях соединений и отдельных частей существовали специальные отделения. Сферой их деятельности были отдельные сельские районы и территории, находившиеся под контролем оппозиции. В этих целях планировались и проводились совместные специальные операции. Неудивительно, что при таком подходе преобладающим был принудительный призыв, который обеспечивал более 70 % рядового состава армии. Остальные были добровольцами. После подготовки они, как правило, направлялись на должности младших командиров или военных специалистов. Для обучения младших командиров или военных специалистов существовали учебные полки и школы, готовившие связистов, сержантов-пограничников, специалистов тыла, механиков-водителей боевых машин и т. д. Подготовка остального молодого пополнения организовывалась в учебных батальонах дивизии и учебных ротах бригад, а также в учебных центрах сухопутных войск. 15 последних готовили сержантов и войсковых специалистов. Продолжительность обучения молодых солдат составляла один месяц: сержантов и специалистов готовили 3–4 месяца.
Боевая подготовка в афганской армии планировалась на учебный год с учетом полученного войсками боевого опыта. Части и соединения, принимающие участие в боевых действиях, готовились по двум программам в зависимости от условий их рода деятельности. Части, непосредственно участвовавшие в боевых действиях, проходили подготовку по семидневной программе. Другие, выведенные из боев на доукомплектование и пополнение боевых запасов, готовились по двадцатидневной программе.
В подготовке главное внимание уделялось боевому слаживанию и взаимодействию со средствами усиления. Настойчиво внедрялся опыт действий в составе тактических воздушных десантов, обходящих и рейдовых отрядов, в преодолении больших по площади заминированных участков местности, в разгроме отрядов и групп мятежников, оказывающих упорное сопротивление, на заранее подготовленных позициях (опорных пунктах) и пытающихся уклониться от прямого столкновения с противником.
Вместе с тем в вопросах боевой подготовки афганской армии имелось немало существенных недостатков. Разработанная и существующая семидневная программа подготовки подразделений и частей к ведению боевых действий не всегда выполнялась. Слабой оставалась подготовка офицеров полкового, батальонного и ротного звеньев, особенно в вопросах управления подразделениями в бою и в работе на средствах связи. Части и подразделения были недостаточно обучены маневру на поле боя с целью обхода опорных пунктов противника, устройству засад и особенно действиям в ночных условиях. По этим причинам афганские командиры, как правило, не были способны самостоятельно проводить масштабные боевые действия и постоянно обращались за помощью к советскому командованию.
Не менее существенным недостатком являлась низкая укомплектованность соединений и частей личным составом. Даже в боевых подразделениях она составляла в среднем 25–40 % от штата. Главной причиной этого явления был не только неудовлетворительный призыв, но и массовое дезертирство. Количество дезертиров составляло в среднем 1,5–2 тыс. человек ежемесячно. И в ряде соединений и частей имелась тенденция к увеличению. Причинами этого явления в основном были невысокий уровень политического сознания личного состава и полное непонимание ими целей и задач вооруженной борьбы.
В этих условиях большое значение уделялось территориальным войскам. Они начали создаваться после принятия Президиумом Революционного совета Афганистана указа «О принятии положения о территориальных войсках Вооруженных Сил ДРА» в декабре 1984 г. с целью привлечь на сторону государственной власти бывших членов военных формирований и оппозиции, перешедших на сторону законного правительства, и отдельные племена, которые вели независимую политику. Они состояли из отдельных частей и подразделений и организационно входили в корпуса, дивизии, полки, в зоне ответственности которых они создавались. Эти войска комплектовались из добровольцев, которые ранее состояли в вооруженных отрядах оппозиции, а также из членов племен, временно призванных на военную службу. Лица, зачисленные в территориальные войска, обязаны были пройти подготовку в ближайшей воинской регулярной части и отслужить не менее трех лет.
Части и подразделения территориальных войск дислоцировались по месту постоянного жительства их личного состава. При этом часть военнослужащих (не менее 30 %) находилась на казарменном положении и несла боевую службу. Остальные находились дома в готовности прибыть на службу по первому сигналу командира. На должности командиров назначались кандидаты, предложенные старейшинами племен и бывшими главарями оппозиционных отрядов, а начальниками штабов и служб являлись офицеры регулярной армии.
Таким образом, основная тяжесть при выполнении задач вооруженной борьбы ложилась на плечи ограниченного контингента советских войск, находившихся в Афганистане, командование которого на первых порах целиком опиралось на основы оперативного искусства и тактики, принятые в Советской Армии, но затем было вынуждено их менять и дорабатывать с учетом специфических условий страны пребывания.
Для решения крупномасштабных задач вооруженной борьбы командованием 40-й армии готовились и проводились общевойсковые операции. По государственной принадлежности привлекавшихся войск они подразделялись на самостоятельные и совместные, а по количеству сил и средств — на армейские и частные.
Самостоятельные операции были особенно распространены во втором периоде войны. Они проводились исключительно силами войск 40-й армии по планам и под руководством ее командования. Всего за время пребывания ограниченного контингента советских войск в Афганистане было проведено около 220 самостоятельных операций.
Совместные операции широко практиковались в третьем и четвертом периодах войны. Проводились они по планам, разработанным советским командованием, но при участии не только советских, но и афганских правительственных войск. Всего за время войны в Афганистане было проведено более 400 таких операций.
Состав сил и средств для проведения каждой операции определялся исходя из ее масштабов, положения, характера действий противника и избранного способа его разгрома, а также особенностей местности. При этом учитывалось, что партизанский характер действий вооруженных формирований оппозиции в условиях гор требовал привлечения гораздо большего количества сил и средств, чем для выполнения такой же задачи в обычных условиях. Это обусловливало участие в ряде операций по четыре-пять и более общевойсковых соединений и ряд частей различных родов войск и специальных войск армии. В то же время в ходе войны нередко имели место небольшие по размаху частные операции. Для их проведения по решению командования армии привлекалась часть сил одного или нескольких общевойсковых соединений, усиленных частями и подразделениями родов войск и специальных войск армейского подчинения. Кроме того, в операциях всех масштабов широко использовалась авиация. Ее количество определялось в зависимости от районов расположения объектов противника, состояния его противовоздушной обороны, времени года и суток.