Советское командование для охраны тыла войск Кавказского фронта было вынуждено проводить специальные операции, к которым привлекались значительные силы. Их результаты были впечатляющие. Только силами одного 141-го горнострелкового полка в течение 1942 года было уничтожено 529 и задержано 632 бандита. В ходе операций было изъято 2 миномета, 2 станковых и 11 ручных пулеметов, 17 автоматов, 913 винтовок 413 револьверов и пистолетов. Потери полка в ходе операций составили 65 человек убитыми, 28 ранеными, 34 винтовки, 12 автоматов и 2 ручных пулемета.
Кроме чеченцев, в антисоветских действиях в 1942 — начале 1943 года приняли участие бандформирования и других народностей Северного Кавказа. Так, по данным архивов НКВД, жители карачаевского населенного пункта Учкулане за неделю до прихода туда фашистов, сгруппировавшись в отряд численностью до 120 человек, захватили в плен маршевое подразделение, следовавшее безоружным из тыла на пополнение частей Красной Армии в составе 400 человек. Командный состав был уничтожен, а рядовой — передан фашистам в плен.
На территории Карачая в период оккупации ее фашистами и несколько месяцев спустя, по сведениям НКВД, действовало около 65 антисоветских группировок общей численностью до четырех тысяч человек. После ухода германских войск там продолжали орудовать три бандформирования. Одно из них, численностью до 60 человек, 10 февраля 1943 года вступило в бой с отрядом войск специального назначения и уничтожило 38 красноармейцев. Но в конце месяца банду выследили и разгромили. Причем ее главари Дудов и Магаяев были убиты своим же сообщником, который сдал их трупы в НКВД, за что сам получил помилование.
Другая банда, численностью до 20 человек, оказалась «интернациональной» и состояла из представителей различных народностей Северного Кавказа. Она действовала на границе Кабардино-Балкарии и Карачая вплоть до апреля 1943 года, пока не была разгромлена.
Третью банду численностью до 20 человек составляли исключительно жители осетинского селения Коста-Хетагурово. Их вожак Хетаг Хетагуров некоторое время вел себя весьма нагло и безнаказанно. Но в конце апреля 1943 года он допустил ошибку, в результате которой лишился большинства сторонников, а затем погиб и сам.
После освобождения Карачая от фашистов началось расследование о «массовом сотрудничестве населения с немецкими властями и предательской деятельности по отношению к советской власти и Красной Армии». В апреле 1943 года областным судом за различную антисоветскую деятельность было осуждено 270 человек. Вполне понятно, что в данный список не вошли бандиты и предатели, погибшие в боях, расстрелянные на месте преступления и вывезенные к тому времени из края органами НКВД.
Разгром фашистских войск под Сталинградом решил судьбу битвы за Кавказ. Гитлеровское командование, стремясь избежать окружения, с 1 января 1943 года начало отводить войска с Северного Кавказа, территория которого вскоре стала глубоким тылом Красной Армии. У советских властей появилась возможность подробно разобраться в обстановке и выявить тех, кто в трудное время сотрудничал с врагом и участвовал в бандформированиях. Нет сомнения, что предатели и бандиты составляли незначительную часть населения Северного Кавказа, большинство которого честно выполняло свой воинский и гражданский долг. Но вместо этого по распоряжению Сталина в конце 1943 — начале 1944 годов была осуществлена поголовная депортация ряда северокавказских народов с мест проживания в отдаленные районы Средней Азии и Казахстана.
Указ Президиума Верховного Совета СССР о выселении карачаевцев был подписан 12 октября 1943 года. Реализуя этот план, уже 2 ноября войска НКВД и Красной Армии погрузили в товарные вагоны и вывезли из родных мест всех карачаевцев. Несколько позже такая же участь постигла чеченцев, ингушей и балкарцев.
Подготовка операции по выселению чеченцев и ингушей из автономной республики началась в октябре — ноябре 1943 года. Она проходила скрытно и имела ряд предварительных этапов.
В январе 1944 года все трудоспособное население Чечено-Ингушетии было привлечено на работы по строительству и ремонту дорог и мостов, необходимых для вывоза людей из отдаленных селений к железнодорожным станциям. Параллельно под предлогом формирования вьючных рот для фронта, у населения производится конфискация скота, с которым оно могло бы уйти в горы. В это же время под различными предлогами осуществляется перепись населения края с точным указанием национальности и родственных связей. В результате проведенных мероприятий удалось к концу года определить объем и сложность планируемых мероприятий.
Руководство операцией по депортации чеченцев и ингушей было возложено на Л.П. Берию, Б.З. Кобулова и И.А. Серова, которые в середине февраля 1944 года прибыли в Грозный. Несколько дней спустя, 17 февраля, Берия телеграфировал Сталину: «Подготовка операции по выселению чеченцев и ингушей заканчивается. После уточнения взято на учет подлежащих переселению 459 486 человек, включая проживающих в районах Дагестана, граничащих с Чечено-Ингушетией, и в городе Владикавказе. На месте мною проверяется состояние дел по подготовке переселения и принимаются необходимые меры.
Учитывая масштабы операции и особенности горных районов, решено выселение провести (включая посадку людей в эшелоны) в течение 8 дней, в пределах которых в первые 3 дня будет закончена операция по всем низменным и предгорным районам и частично по некоторым поселениям в горных районах, с охватом свыше 300 тысяч человек. В остальные 4 дня будут проведены выселения по всем горным районам с охватом оставшихся 150 тысяч человек.
Среди чеченцев и ингушей отмечается много высказываний, в особенности связанных с появлением войск. Часть населения реагирует на появление войск в соответствии с официальной версией, согласно которой якобы проводятся учебные маневры частей Красной Армии в горных условиях. Другая часть населения высказывает предположение о выселении чеченцев и ингушей. Некоторые считают, что будут выселять только бандитов, немецких пособников и другой антисоветский элемент.
Приняты все необходимые меры к тому, чтобы выселение произвести организованно, в указанные выше сроки и без серьезных инцидентов. В частности, к выселению будут привлечены 6–7 тысяч дагестанцев и 3 тысячи осетин из колхозного и сельского актива районов Дагестана и Северной Осетии, прилегающих к Чечено-Ингушетии, а также сельские активисты из числа русских жителей тех же районов. Русские, дагестанцы и осетины также будут частично использованы для охраны скота, жилья и хозяйств выселяемых. В ближайшие дни подготовка к проведению операции будет полностью закончена. Выселение намечено начать 22 или 23 февраля».
К операции привлекалось более 30 полков и столько же отдельных батальонов Внутренних и Пограничных войск общей численностью более 50 тысяч человек. К двадцатым числам февраля все эти силы заняли исходные районы, организовав их охрану. Общение войск с местными жителями было сведено до минимума.
В очередной телеграмме от 22 февраля 1944 года Берия докладывал Сталину: «Для успешного проведения операции по выселению чеченцев и ингушей, после Ваших указаний в дополнение к чекистско-войсковым мероприятиям проделано следующее: