Чеченские боевики на все эти события реагировали по-своему. В ночь на 9 сентября в Москве прогремел новый взрыв на улице Гурьянова в Печатниках. Был взорван 9-этажный жилой дом, частично разрушены еще два стоявших рядом дома. Около сотни погибших, десятки раненых и искалеченных.
В шестом часу утра в понедельник 13 сентября в Москве раздался еще один взрыв. На этот раз взлетел на воздух жилой дом на Каширском шоссе. В результате погибли еще 106 человек.
Спустя три дня в Волгодонске в 6 часов утра возле многоэтажного жилого дома был взорван «ГАЗ-53», начиненный 350 килограммами тротила. Фасад дома обрушился, похоронив под обломками людей и их имущество. 18 человек погибло, более трехсот получили ранения.
Пока оцепеневшая от ужаса Россия и ее столица оплакивали погибших и пытались организовать самооборону своих жилищ, в Дагестане начался новый этап войсковой операции. На рассвете 6 сентября отряд чеченских боевиков численностью до двух тысяч человек прорвался из Чечни в Дагестан и захватил семь сел и сам районный центр Новолакского района. После этого сразу же там были начаты фортификационные работы по созданию круговой обороны. Остальные четыре селения этого района оказались под обстрелом сепаратистов, занявших господствующие высоты в их окрестности. Бандиты также попытались захватить город Хасавюрт, но успеха не добились.
В то время в Дагестане федералы имели всего две бригады, по одной от Министерства обороны и МВД, суммарная численность личного состава которых не превышала 10 тысяч человек. При таком соотношении сил и средств боевые действия едва ли могли получить свое логическое завершение. Потребовались значительные подкрепления и перегруппировка сил.
А тем временем ожесточенные бои велись за каждый населенный пункт, за каждую высоту. Инициатива постепенно переходила к федеральному командованию. В воскресенье 12 сентября над развалинами Кара-махи и Чабан-махи были подняты российские флаги. В конце месяца было официально объявлено, что Дагестан освобожден от чеченских бандформирований. Это был первый военный успех правительства В.В. Путина в Кавказском регионе.
После завершения боевых действий в Дагестане федеральное руководство решило взяться за Чечню. Официальной причиной акции было объявлено наличие на ее территории многочисленных баз подготовки боевиков. Но об этих базах знали и раньше… Неофициальной — приближение парламентских выборов и стремление ближайшего окружения президента их сорвать путем введения в стране чрезвычайного положения. Для этого нужна была война.
23 сентября федеральная авиация «приступила к выполнению поставленных задач по уничтожению группировок боевиков, складов с оружием, центров подготовки террористов, дорог, мостов, горных перевалов, пунктов управления, включая радиолокационные станции, ретрансляторы, а также летательные аппараты, которые могут быть использованы боевиками для подвоза боеприпасов, оружия и других средств ведения вооруженной борьбы». В первую очередь на грозненском аэродроме точным ракетным ударом был поражен самолет АН-2, хотя рядом стоял самолет президента Аслана Масхадова.
Владимир Шаманов, командующий группировкой войск на Кавказе
На следующий день российская авиация совершила на территорию Чечни свыше 70 боевых вылетов. Были нанесены удары по нескольким нефтеперегонным заводам с тем, «чтобы нарушить снабжение сепаратистов топливом, затруднить их маневр как на территории республики, так и вне ее».
Наземная операция началась в начале октября 1999 года наступательными движениями федеральных войск на территорию Чечни одновременно с нескольких направлений. При этом в качестве первой ставилась задача занятия северной части республики и выход на рубеж реки Терек, а также в Надтеречный район. На востоке предусматривался захват господствующих высот на границе Чечни и Дагестана. На западе готовились удары по населенным пунктам Серноводск, Самашки, Ачхой-Мартан и Бамут.
На втором этапе операции федеральные силы должны были завершить захват наземной территории Чечни. Для решения этих задач были созданы три группировки войск: западная во главе с генералом Владимиром Шамановым, северная, руководимая генерал-лейтенантом Иваном Бабичевым и восточная под командованием генерал-лейтенанта Геннадия Трошева. Все эти военачальники участвовали в предыдущей чеченской войне, где себя «неплохо показали». Теперь они были призваны под боевые знамена с различных концов страны.
Начало наземной операции было успешным. К 5 октября федеральные войска вышли на линию Терека, потеряв всего 4 человек убитыми и 22 ранеными После этого в «освобожденных» районах началась организация федеральной власти. На первом этапе это происходило в форме учреждения районных комендатур и должностей военных комендантов. Так, комендантом Шелковского района стал заместитель командующего войсками Северо-Кавказского военного округа генерал-лейтенант Геннадий Николаевич Трошев. Наурский район был доверен командующему 58-й армией генерал-майору Владимиру Шаманову.
Параллельно с военной предпринималась попытка создания и гражданской власти в Чеченской Республике. Для этого были мобилизованы силы бывшей антидудаевской оппозиции, находящейся «в изгнании» на территории России. Было «воскрешено» Народное собрание Чечни — парламент созыва 1996 года, которое 7 сентября сформировало Госсовет — высший исполнительный орган республики, — и назначило его председателя. Им стал никому не известный 34-летний Малик Сайдуллаев, который тут же заявил, что сейчас самое главное — «очистить Чечню от тех, кто позорит народ и мешает всем нормально жить».
Новый чеченский лидер был, что называется, человеком сложной судьбы. Он родился в селе Алхан-юрт Урус-Мартановского района. В конце 80-х годов пытался стать фермером, но неудачно и до 1991 года трудился простым чабаном в Ставропольском крае. Затем, «подружившись» каким-то непонятным образом с Германом Стерлиговым, становится соучредителем биржи «Алиса» — одного из самых крупных «воздушных» проектов пореформенной России. После краха биржи с помощью Артема Тарасова Сайдуллаев основывает концерн «Милан», основные доходы которого формируются за счет «Русского лото». Теперь же этот бизнесмен решил стать еще и политиком.
Между тем усиливался поток беженцев из Чечни в сопредельные республики. По официальным данным на 8 октября 1999 года их было в Ингушетии около 112 тысяч человек, в Дагестане — 711,5 тысячи, в Ставропольском крае — более 1300 человек.
Чечня готовилась к большой войне. По сообщениям официальных федеральных источников информации, вдоль Терека и по Терскому хребту возводились оборонительные сооружения, для оборудования которых боевики насильно привлекали местное население. В Грозный со всех концов республики стягивались вооруженные отряды. Усиленно готовились мобильные диверсионно-террористические группы, для оснащения которых у населения изымался автотранспорт.