На основании доноса в начале следующего года Павел приказал послать на Кавказ специальную комиссию. Вполне понятно, что ее оценки были преимущественно негативные, в том числе и в отношении дальнейшего пребывания российских войск на побережье Каспия. Опираясь на выводы комиссии в том же году Павел I отозвал войска с Юго-Восточного Кавказа. Зубов был уволен с военной службы и подвергся опале. В 1804 году он умер в Москве от «водяной болезни» в возрасте 33 лет.
Уход русских с закавказских ханств был использован их противником. Персидский Ага-Магомед-хан двинулся в Закавказье во главе 60-тысячной конной орды. Перейдя Араке, он сумел захватить крепость Шушу и вступил в Ширвинское ханство. Несчастной Грузии вновь было суждено оказаться под ударом персидских полчищ.
Но все изменил случай. Шах, будучи разбуженным ночью ссорой невольников, приказал утром их умертвить. Но те, как позже выяснилось, имели сильных покровителей. Подкупив охрану, они смогли уйти из-под стражи и, не дожидаясь рассвета, сами напали на шаха и зарезали его. После гибели хана Ага-Магомеда в Персии началась традиционная междоусобная резня, в свете которой кавказские проблемы на некоторое время отошли на второй план.
Между тем обстановка на Кавказе начала складываться в пользу России. В середине января 1798 года умер грузинский царь Ираклий II и на престол вступил Георгий XII. Положение страны было катастрофическое. Уже несколько лет свирепствовали чума и голод. Шайки турецких разбойников из Ахалциха и лезгин из Дагестана то и дело разоряли грузинские города и села. К очередному вторжению готовилась Персия. Внутренние разногласия среди представителей правящего дома не позволяли сплотить силы народа для борьбы с внутренними проблемами и с внешним противником. Поэтому новый грузинский царь счел необходимым обратиться к Павлу I с просьбой принять его страну в подданство России.
Просьба Георгия XII была благосклонно воспринята российским императором. 26 ноября 1799 года небольшой воинский отряд под командованием генерал-майора И.П. Лазарева вошел в Тифлис, тепло встреченный представителями власти и населением. 12 декабря грузинский царь от себя и от имени своего народа в присутствии многих грузинских князей торжественно присягнул на верноподданство России.
Закрепить приобретение оказалось довольно сложно. О появлении русских в Грузии вскоре стало известно в Персии. Шах, воевавший в то время с афганцами, поручил своему сыну и наследнику Аббасу-Мирзе силой оружия изгнать «неверных» из Кавказа. Официальным предлогом для вторжения послужило обращение за помощью грузинского царевича Александра, строившего заговор против венценосного брата. Кроме персов в походе на Тифлис должны были участвовать аварский хан Омар и ахалцихский паша.
Ввиду этой угрозы грузинский царь Георгий в очередной раз обратился за помощью к России. Командующий генерал Кнорриног направил в Грузию мушкетерский полк генерал-майора Гулякова, который, выступив из Моздока, 23 сентября 1800 года прибыл в Тифлис. Русских торжественно у ворот города встречали царь, вельможи и огромная топа народа. Под пушечные выстрелы и колокольный звон полк вошел в Тифлис.
После прибытия в Тифлис полка Гулякова, в распоряжении царя Георгия находилось 3 тысячи русских войск с восемью полевыми орудиями. Для условий Кавказа это были значительные силы, которые позволяли грузинскому царю и его подданным несколько успокоится.
Но не успокоились противники Георгия, особенно царевич Александр. Ему удалось уговорить аварского хана Омара на нападение. Это было нетрудно. По воспоминаниям современников, аварский хан был «человек предприимчивый, отважный и храбрый, умевший пользоваться каждым обстоятельством в свою пользу» Собрав 20-тысячное войско, аварский хан двинулся на Грузию. Вскоре к нему присоединился царевич Александр. Было решено войско разделить на три отряда с тем, чтобы атаковать противника одновременно с разных сторон.
Генерал И.П. Лазарев пытался урегулировать инцидент переговорным путем. Он напомнил хану Омару, что тот еще совсем недавно вел переговоры с русским правительством о принятии его в подданство России. Но, чуя легкую добычу, хан объяснил свои действия против Грузии исключительно тем, что оказывает помощь своему гостю царевичу Александру.
Лазареву пришлось самому решать проблему защиты Грузии. Он уговорил царя не покидать столицу и созвать местное ополчение, а сам с небольшим отрядом из 1220 человек при четырех орудиях в конце октября 1800 года выступил из Тифлиса. В населенном пункте Сигнах к нему присоединился царевич Баграт с 3 тысячами грузин при двух орудиях. В начале ноября это объединенное русско-грузинское войско сблизилось с противником в районе реки Поры.
Лазарев еще раз попытался уговорить аварского хана прекратить агрессию и вернуться в свои владения. Но посланный для переговоров русский офицер был задержан аварцами, а на его послание никакого ответа не последовало. Намерения аварцев не вызывали сомнений.
Сражение состоялось 7 ноября 1800 года на переправе через реку Нору у деревни Кагабет. Русские не только отразили все атаки противника, но и пришли на помошь грузинским ополченцам, вооруженным одними кизиловыми палками, в тыл которым ударил отряд аварцев.
Таким образом, на реке Норе объединенный русско-грузинский отряд разгромил впятеро превосходившие его силы противника. Царевич Александр укрылся в Шуше, куда отступили и остатки персидских войск. Хан Омар бежал в Джары, а его воины рассеялись по горам. Нашествие на Грузию было пресечено силой русского оружия.
Лазарев, вернувшись в Тифлис, застал царя тяжело больным. Последние месяцы жизни Георгий XII, понимая, что его смерть станет причиной междоусобной войны между его сыновьями и братьями, целиком посвятил юридическому оформлению акта вхождения Грузии в состав Российской империи. Манифест был подписан 18 декабря 1800 года, а через десять дней Георгия XII не стало.
Ликвидация независимости Грузинского царства была неоднозначно воспринята представителями династии Багратидов. Сын умершего царя Давид обратился в Петербург с прошением подтвердить его династические права на грузинский престол, но Павел I отклонил эту просьбу. Императорским указом 12 сентября 1801 года Грузинское царство было ликвидировано, а его территория присоединена к России на правах губернии. Так Грузия стала первой территорией Закавказья, вошедшей в состав Российской империи.
Таким образом, уже к концу XVIII века Кавказ начал занимать важное место в восточной политике крупнейших европейских держав — Англии, Франции и России. Турция владела Балканами и держала в своих руках ключи к проливам, к которым тянулась Россия. Персия прикрывала пути в Индию и среднеазиатские ханства. Персия и Турция соперничали в захвате Закавказья. Таким образом Закавказье и Северный Кавказ втягивались в орбиту внешнеполитических интересов Англии, Франции и России. Они служили ставкой этих держав в дипломатической игре с Персией и Турцией.