Путин понимал, что уход под американское крыло, превращение компании «ЮКОС» в независимого от России игрока на мировом рынке ослабит государство, так как только нефть способна восстановить экономику России.
Началось официальное расследование деятельности компании «ЮКОС», связанной с неуплатой налогов.
Летом Институт национальной стратегии представил аналитический доклад политолога Станислава Белковского «Государство и олигархи», в котором говорилось о том, что олигархи готовят государственный переворот, собираясь взять под контроль Государственную думу. Когда кто-то из журналистов задал вопрос Владимиру Путину на пресс-конференции о том, знает ли он о докладе Белковского, то получил неожиданный ответ: «Я абсолютно убежден, что за последние годы пресловутая равноудаленность различных представителей бизнеса от органов власти и управления в стране все-таки состоялась… Что до тех, кто не согласен с этой позицией, то, как раньше говорили, иных уж нет, а те далече».
11 июля 2003 года в штаб-квартире «ЮКОСа» был произведен обыск, были конфискованы документы. Это был первый посыл Ходорковскому о том, что ему угрожает в будущем. Задаваясь вопросом, почему Ходорковский не поступил так, как Смоленский, Березовский и Гусинский, которые уехали из России, поселившись на Западе, можно ответить: Михаил Касьянов и Александр Волошин, поддерживая Ходорковского, дали ему гарантии.
Шестого августа в офисах, принадлежащих компании, были изъяты электронные файлы. Никто, правда, еще и не подозревал, что олигарха такого уровня можно подвергнуть аресту. Однако изъятые документы компании рассказали о многих нарушениях российского законодательства. И тем не менее Ходорковский продолжал свою деятельность. В октябре, буквально перед арестом, Ходорковский посетил Берлин, где выступил с речью в Канцелярии федерального канцлера, пообещав посвятить себя созданию российского гражданского общества, попросив при этом у Германии поддержки в его борьбе с Кремлем. Ходорковский посетил и Великобританию. Президент компании ВР Джон Браун, которому Ходорковский предложил приобрести 25 % акций «ЮКОСа», поразился той уверенности, с какой олигарх говорил о том, «как проводит людей в думу, как может обеспечить нефтяным компаниям не платить большие налоги, и о том, как много влиятельных людей находится у него под контролем». По его признанию, Ходорковский показался слишком могущественным.
В октябре 2003 года Ходорковский был арестован.
После ареста Михаилу Ходорковскому было предъявлено обвинение в мошенничестве, совершенном организованной группой, в хищении имущества, вверенного виновному, в причинении имущественного ущерба собственнику или иному владельцу имущества путем обмана или злоупотребления доверием.
Соратники Ходорковского Невзлин, Пичугин и Лебедев, кроме того, обвинялись в убийствах людей.
Арест Ходорковского стал лакмусовой бумажкой, по которой можно было определить настроение разных слоев общества.
Спустя годы некоторые западные писатели определят Ходорковского как «хитроумного махинатора». А пока арестом Ходорковского были потрясены лидеры партий «Яблоко» и СПС. Они даже выступили с совместным заявлением, в котором говорилось: «Масштаб происходящего совершенно независимо от намерений правоохранительных органов в худшую сторону изменяет политическую ситуацию в стране и ставит под сомнение незыблемость конституционного строя в России».
Исполком СПС пошел еще дальше, распространив заявление о том, что арест Ходорковского наносит ущерб репутации и экономическим интересам России, провоцирует бегство капиталов и сокращение инвестиций в российскую экономику, может привести к сокращению темпов экономического роста.
Волнение, которое они испытали, было неслучайным: эти партии финансировались «ЮКОСом», и в момент предвыборной кампании они оказались лишенными мощной финансовой поддержки, а следовательно, должны были рассчитывать только на себя либо на незаконную поддержку Запада.
Не молчала и западная пресса. «Гардиан» (Великобритания): «Аналитики выражали надежду, что продолжающиеся уже три месяца нападки на российский нефтяной гигант «ЮКОС» — не более чем предвыборная страшилка для напоминания представителям большого бизнеса держаться подальше от парламента и президентских выборов… Силовики, или «ястребы», пытаются расправиться с оставшимися элементами ельцинского режима, известными как «семья».
«Ле Монд»: «Ходорковский заявил на этой неделе о политических мотивах проверок компании «ЮКОС», которая, по мнению зарубежных инвесторов, является одной из самых «прозрачных» российских компаний. Аналитики объясняют арест Ходорковского реакцией власти на его президентские амбиции. В начале 2003 года Ходорковский объявил о том, что хотел бы в скором будущем оставить бизнес и заняться политической деятельностью. Не случайно одновременно с этим заявлением он усилил финансирование различных партий и общественных движений, в особенности «Яблоко», и даже добрался до КПРФ. Газеты запестрели публикациями о том, что олигарх вполне мог бы возглавить российское правительство. Политическая активность Ходорковского сопровождалась попытками увести свои активы из России, причем не только регистрацию, капитал, но и само управление российским нефтяным бизнесом. По задумкам олигархов, во главе с Ходорковским нефтяной бизнес России должен быть выведен в транснациональную компанию, неподвластную президенту России. Иначе говоря, компрадорский капитал был ориентирован не на интересы России, а на западных партнеров. Неудивительно, что Ходорковский на собрании германской экономической элиты в отеле «Адлон» 29 сентября, то есть незадолго до ареста, обронил такую фразу: «Не позволю, чтобы мне диктовали, что делать с моими миллиардами».
Владимир Путин понимал, что олигархи все еще надеялись на соблюдение негласных правил, идущих еще от Ельцина, охраняющих исключительность их существования. Не случайно они апеллируют к лидерам других государств, рассматривая их в качестве гарантов сохранения на политико-экономическом пространстве России.
Важные черты олигархической системы ценностей — вакханальный гедонизм, культ денег как орудия власти, нарочитое пренебрежение к жизненно важным интересам страны — показывали, что их базовые ценности, в сущности, были антинациональными.
Ощущение олигархами собственной исключительности наиболее ярко и полно выразилось в заявлении Российского союза промышленников и предпринимателей, общероссийских организаций «Деловая Россия» и «Опора России»: «Эскалация действий власти и правоохранительных структур по отношению к российскому бизнесу в последнее время резко ухудшила атмосферу в обществе. Подорвано доверие бизнеса к власти и фактически прерван их диалог. Под жернова правоохранительных структур попадают именно те бизнесмены, которые пошли на публичное раскрытие информации о своих компаниях и прозрачную уплату налогов.
Сегодня российский бизнес не доверяет действующей правоохранительной системе и ее руководителям. От их произвола ежедневно страдают тысячи средних и мелких предприятий.
Компании вынуждены пересматривать свои инвестиционные стратегии, отказываясь от значимых для страны проектов. Грубые ошибки власти отбросили страну на несколько лет назад и подорвали доверие к ее заявлениям о недопустимости пересмотра результатов приватизации.