21 июля 2012 года он подписал закон «О внесении изменений в отдельные законодательные акты Российской Федерации в части регулирования деятельности некоммерческих организаций, выполняющих функции иностранного агента». Отныне все некоммерческие организации, получающие финансирование из-за рубежа, должны зарегистрироваться в качестве иностранных агентов. Они будут внесены в особый реестр. При организации любой деятельности НКО должны обязательно указывать свой статус и раз в полгода публиковать свои отчеты. За нарушение закона предусмотрен штраф до миллиона рублей и лишение свободы до четырех лет. Этот закон наделал много шума в рядах НКО, получающих зарубежное финансирование, а также в рядах оппозиции и правозащитников. Не понравилось это и госдепу США. Дошло до того, что госсекретарь Хиллари Клинтон пообещала придумать для гражданских активистов в России «новые каналы для передачи денег». На деле же закон ужесточает лишь регистрацию и отчетность НКО, не перекрывая поступление денег из-за рубежа. Тем не менее МИД России расценил заявление госдепартамента США о продолжении финансирования в России отдельных НКО через посредников в третьих странах как неприкрытое вмешательство во внутренние дела страны: «Фактически речь идет о прямом подстрекательстве известных неправительственных и общественных структур к нарушению законодательных норм на территории России».
На расширенном заседании ФСБ Путин заявил: «Сегодня установлен порядок деятельности НКО в России, в том числе это касается их финансирования из-за границы. Любое прямое или косвенное вмешательство в наши внутренние дела, любые формы давления на Россию, на наших союзников и партнеров — недопустимы».
Президент поручил ФСБ создать единую систему отражения электронных атак, поставив задачи: бороться с терроризмом и экстремизмом, защищать экономические интересы страны, пресекать попытки вмешательства во внутренние дела России извне, следить за электронной и информационной безопасностью России. Не допускать молодежь в экстремистские структуры, блокировать попытки экстремистов использовать для своей пропаганды Интернет, социальные сети.
Путин подчеркнул, что конституционное право граждан на свободу слова незыблемо и неприкосновенно, однако ни у кого нет права сеять ненависть и тем самым ставить под угрозу жизнь, благополучие, спокойствие миллионов наших граждан.
По-прежнему полагая, что всем надо «учиться жить по закону», он не раз подчеркивал, что перед законом должны быть все равны. Надо сказать, что Путин никогда не обольщался в отношении коррумпированных гражданских чиновников. Нарастающая волна общественного мнения против коррупции в высших эшелонах власти сподвигла Путина к принятию жестких мер по пресечению этих негативных явлений.
В начале ноября 2012 года был уволен министр обороны Анатолий Сердюков, а вместо него назначен Сергей Шойгу, имеющий звание генерала армии и пользующийся большой популярностью в российском обществе. Председатель правительства Дмитрий Медведев объяснил, что Сердюков отправлен в отставку для того, чтобы избежать воздействия с его стороны на объективность следствия по уголовным делам «Оборонсервиса». Заговорили о том, что пора сажать экс-министра обороны Анатолия Сердюкова. Газеты пестрели заголовками: «Сестре Сердюкова зададут квартирный вопрос», «Как Сердюков торговал имуществом армии», «Клановые войны или новый курс Президента?» («Комсомольская правда»); «Министр темных дел («Аргументы и факты»; «Приказано продать Родину» («Московский комсомолец») и т. п.
Российское общество было потрясено отставкой Анатолия Сердюкова с поста министра обороны РФ и возникшим делом «Оборонсервиса». Одни приняли это с восторгом, другие настороженно. Пока либеральные СМИ гадали, система это либо борьба кланов, обнаружилось еще множество коррупционных дел во главе с высокопоставленными чиновниками.
2012-й стал годом разоблачений: расхитителей обнаруживают повсюду — от «Оборонсервиса» и «Росагролизинга» до «Роскосмоса».
Бывший министр сельского хозяйства Елена Скрынник оказалась замешанной в неблаговидных делах некогда возглавляемого ею «Росагролизинга». Следствие продолжается, выявляя все новых и новых коррупционеров.
А дальше пошла череда арестов высокопоставленных чиновников, особенно разнузданно занимавшихся последние годы хищением бюджетных денег. Каждый день вскрываются все новые и новые обстоятельства этих громких дел. Одновременно с этими расследованиями всплывают новые имена и открываются новые дела.
Поразили многих россиян и прошедшие обыски в фонде «Сколково», после чего прошла информация Следственного комитета и о том, что в банке, подотчетном Вексельбергу, якобы незаконно хранятся три миллиарда госбюджетных рублей. По слухам, именно из-за скандала с фондом «Сколково», когда, в частности, депутату-оппозиционеру Пономареву за десяток лекций выплачено было 750 тысяч долларов, 8 мая 2013 года Владимир Путин отправил в отставку Владислава Суркова, курирующего этот фонд. По словам генерал-майора Маркина, высокопоставленные фигуранты уголовных дел о коррупции, в том числе и депутаты, и губернаторы «смекнули, что в наше время статус записного оппонента власти очень даже выгоден». «Славу в социальных сетях заработать можно, а то и право на убежище в Лондоне. Отдельные виртуозы политпиара ухитряются делать подобные пируэты, даже находясь в руководстве власти, против которой протестуют».
Нити от тех, кто поддерживал оппозицию, по-видимому, тянутся и в высокие кабинеты чиновников, и к некоторым ельцинской поры олигархам. После выступления Маркина возникли предположения по поводу незаконного финансирования Пономарева из фонда «Сколково»: якобы таким образом, через Пономарева, поддерживалась оппозиция, выступавшая против Путина. Вспоминали случай с Ильей Яшиным и Ксенией Собчак, когда накануне очередного митинга оппозиции при обыске в квартире последней нашли полтора миллиона евро, разложенные по конвертам. Таковы слухи и версии, живущие в российском обществе по сей день.
Не менее знаковыми, чем истории с Сердюковым и Скрынник, стали и истории с Гудковыми и Пехтиным, депутатами Госдумы.
Пехтин, после того как была обнаружена незадекларированная им иностранная недвижимость, вынужден был сдать мандат и уйти из Госдумы, чтобы не компрометировать власть. Дмитрий Гудков посетил США и выступил с речью на форуме правозащитной организации, где предложил американским политикам ряд мер по давлению на властные структуры России, включая Госдуму, в рамках борьбы с коррупцией.
Коллеги из всех фракций подписали и направили запрос в комиссию Госдумы по вопросам депутатской этики в связи с высказываниями и призывами к вмешательству американских властей, нарушающему российский суверенитет. Сергей Железняк, зампредседателя партии «Единая Россия», утверждает, что поступок Дмитрия Гудкова демонстрирует «предательство национальных интересов». «Это спланированные действия Гудкова против суверенитета нашей страны… Искать поддержку своей политической борьбе у иностранных властей — метод в политической истории не новый, и название его известно давно».
В вину ставилось и то, что Дмитрий Гудков выступал не на русском языке, что должен был сделать, как депутат Госдумы РФ, а на английском. Парламентарии считают, что доклад Гудкова был подготовлен американской стороной, поскольку лингвистическая экспертиза показала высокий профессиональный уровень текста, а Гудков, начиная выступать, извинился за свой уровень английского.