Наряду с проведением артиллерийских и торпедных стрельб постановкой минных заграждений план учения предусматривал высадку десанта на западное побережье Крыма и поддержку его артиллерийским огнем. Флот «синих» (им командовал Л.А. Владимирский) перед высадкой должен был форсировать оборонительное минное заграждение у побережья «красных». В артиллерийской поддержке участвовали крейсера «Красный Кавказ» и «Червона Украина», которые, кроме того, перевозили десантные части. На второй день учения в одесском порту началась погрузка на транспорты и боевые корабли 150-й стрелковой дивизии. Десант был успешно высажен, учения продолжались по плану и закончились 18 июня за три дня до начала войны. Корабли возвратились в Севастополь. Начальник Главного морского штаба адмирал И.С Исаков объявил руководству учением, что задерживаться дольше не может, и сразу же убыл в Москву, возложив разбор учения на Ф.С. Октябрьского.
К 22 июня 1941 г. корабли Черноморского флота дислоцировались следующим образом.
В Севастополе базировались:
эскадра в составе: линейного корабля «Парижская Коммуна», бригады крейсеров (крейсера «Красный Кавказ», «Червона Украина», «Красный Крым») и Отряда легких сил (крейсера «Ворошилов», «Молотов», лидеры «Москва» и «Харьков», эсминцы «Бойкий», «Быстрый», «Безупречный», «Беспощадный», «Бодрый», «Смышленый», «Сообразительный», «Незаможник» и «Шаумян»);
1- я бригада подводных лодок (13 подводных лодок, находившихся в строю): Л-5, Д-5, С-31, С-32, С-33, С-34, Щ-204, Щ-205, Щ-206, Щ-208, Щ-209, Щ-210, Щ-211;
2-я бригада подводных лодок (8 подводных лодок, находившихся в строю): М-31, М-32, М-33, М-34, М-35, М-36, М-58, М-62; в ремонте М-59, М-60, А-1, А-2, А-3, А-5;
1-я бригада торпедных катеров (в числе которых имелось 10 катеров Г-5 «волнового управления», которые должны были наводиться на противника с самолетов МБР-2), бригада траления, сторожевые корабли и катера охраны водного района (ОВР) Главной базы. В текущем ремонте (на заводе № 201): крейсер «Красный Крым», эсминец «Железняков»; подводные лодки Л-4 и Щ-207.
В капитальном ремонте подводные лодки Л-6, Д-4 и Д-6. Проходили заводские испытания подводные лодки Л-24 и Щ-216. Достраивались эсминцы «Способный» и «Совершенный».
В Одессе базировались: дивизион канонерских лодок в составе: «Красный Аджаристан», «Красная Армения», «Красная Грузия», а также старый крейсер «Коминтерн» (бывший «Кагул»).
На порт Очаков базировалась 2-я бригада торпедных катеров.
На военно-морскую базу Новороссийск базировались:
Корабли ОВР, 10-й отдельный учебный дивизион подводных лодок (7 единиц, из которых в строю в Новороссийске подводные лодки Щ-201 и М-52; подводная лодка Щ-202 — в Феодосии на испытании торпед; подводные лодки Щ-203, М-51 и М-55 — в различных видах ремонта в Севастополе, и подводная лодка М-54 — в среднем ремонте в Херсоне).
В военно-морской базе Поти находились: подводная лодка А-4 из состава 6-го дивизиона подводных лодок 2-й бригады подводных лодок, базировавшегося на Поти (остальные четыре подводные лодки находились на ремонте в Севастополе).
На военно-морскую базу Батуми базировались: эскадренные миноносцы «Фрунзе» и «Дзержинский», временно выведенные из состава эскадры и приданные ВМБ Батуми.
На ремонте в Николаеве находились: лидер «Ташкент» (на нем производилась замена вооружения: щитовые установки Б-13 заменяли на башенные Б-2ЛМ, а 45-мм пушки 21К — на автоматы 70К), эсминец «Бдительный», канонерская лодка «Красная Абхазия» и подводные лодки Щ-212, Щ-213, Щ-214 и Щ-215.
Там же, в Николаеве, на плаву достраивались: легкие крейсера проекта 68 «Фрунзе» (техническая готовность 33 %, плановый срок ввода в строй 1942 г.), «Куйбышев» (27 %, 1942 г.);
лидеры проекта 48 «Киев» (48,9 %, 1942 г.) и «Ереван» (25,4 %, 1942 г.);
эсминец проекта 7У «Свободный» (83,8 %, 1941 г.);
эсминцы проекта 30 «Огневой» (50,8 %, 1942 г.) и «Озорной» (21,2 %, 1942 г.);
подводные лодки проекта XIIIбис Л-23 (89,9 %, 1941 г.), Л-25 (63,2 %, 1941 г.);
подводная лодка проекта IХбис С-35 (40,4 %, 1941 г).
Кроме того, на стапелях находились линкор «Советская Украина», тяжелый крейсер «Севастополь», легкие крейсера «Свердлов» и «Орджоникидзе», пять эсминцев проекта 30, четыре сторожевых корабля проекта 29, три подводные лодки проекта IХбис и три подводные лодки проекта XVI.
Итого к 22 июня 1941 г. Черноморский флот имел в строю и ремонте 1 линкор, 5 крейсеров, 17 лидеров и эсминцев, 2 сторожевых корабля, 44 подводные лодки, 4 канонерские лодки, 2 минных заградителя, 12 тральщиков, 78 торпедных катеров, 24 охотника за подводными лодками.
Командованию Черноморского флота подчинялась Дунайская речная флотилия, созданная летом 1940 г. в дельте Дуная после занятия советскими войскам Бессарабии.
К 22 июня 1941 г. в состав флотилии входили: 5 мониторов («Ударный», «Железняков», «Ростовцев», «Мартынов», «Жемчужин»), 2 канонерские лодки («Буг» и «Днестр»), 22 бронекатера проекта 1125,7 катеров-тральщиков, отряд глиссеров и несколько вспомогательных судов.
Следует заметить, что сразу же после начала Великой Отечественной войны Черноморский флот стал пополняться катерами морпогранохраны НКВД. Всего к 18 июля от погранохраны было принято 105 катеров, а также учебный корабль «Комендор», вооруженный 1— 75 мм и 4—45 мм пушками.
В составе флотской авиации находилось 625 самолетов, из них 167 — гидросамолеты. (По другим данным, всего было 624 самолета, из них 138 бомбардировщиков, 346 истребителей, 140 разведчиков.)
В подавляющем большинстве истребители были представлены старыми машинами типа И-16. Лишь перед самой войной авиация Черноморского флота получила новые истребители: 16 МиГ-З и 7 Як-1.
Суда вспомогательного флота недостаточно обеспечивали нужды боевых кораблей. К началу войны в составе Черноморского флота состояли три транспорта и танкера, 33 буксира, 74 баржи, 2 мотобота и 4 плавкрана, всего 116 вспомогательных судов.
Резервом Черноморского флота были суда транспортного флота. В его составе было 102 сухогруза и грузопассажирских судна (общей грузоподъемностью 191 тыс т) и 17 танкеров (общей грузоподъемностью 125,3 тыс т). Кроме того, имелось несколько десятков рыболовецких и различных служебных судов гражданских ведомств.
С началом войны в состав Черноморского флота было мобилизовано 147 судов.
Потенциальным противником Черноморского флота были румынский и болгарский флоты. Румынский флот состоял из четырех эсминцев, одной (!) подводной лодки «Дельфинул», трех торпедных катеров, а также нескольких малых сторожевых кораблей и минных заградителей.
На Дунае румыны имели довольно мощную речную флотилию, ядро которой составляли семь мониторов. Однако выход этих мониторов в Черное море был фактически исключен.
Береговая оборона Румынии к июню 1941 г. имела в своем составе десять 152-мм и четыре 120-мм пушки.