В середине декабря 1586 г. Шуйские вновь организовали мятеж московских горожан. О подробностях мятежа официальные летописцы молчат. Но любопытно донесение витебского воеводы польскому королю, отправленное в конце декабря. Воевода писал, что мятеж горожан в Москве возглавил Андрей Иванович Шуйский. Восставшие якобы напали на двор Годуновых и разгромили его. При штурме двора были убиты сам
Борис и 800 человек его сторонников. На самом деле штурм годуновского подворья не удался и сам мятеж был подавлен.
Расправа над побежденными на сей раз была жестче. Купец Федор Нагай и шесть купцов – сторонников Шуйских были публично казнены у кремлевской стены. Десятки торговых людей разослали по разным городам «на житье».
Князья Шуйские были отправлены в ссылку в свои вотчины. Но в начале 1587 г. Борис Годунов приказал взять под стражу Шуйских. Князя Ивана Петровича Шуйского схватили по дороге, когда он ехал в свою суздальскую вотчину. Иван Петрович под караулом был отправлен на Белоозеро. Там его постригли в монахи под именем Иова. 16 ноября 1588 г. старец Иов преставился, причем недруги Годунова утверждали, что его удавили по приказу Бориса. Пока ни современникам, ни историкам не приходило в голову обвинить Бориса в глупости или патологической жестокости. Так зачем же ему понадобилось убивать весьма популярного в народе человека, героя обороны Пскова, который, став монахом, уже не мог участвовать в политической борьбе, даже если бы ему удалось бежать из монастыря?
Князь Андрей Иванович Шуйский был отправлен в Каргополь, где через полгода скончался при невыясненных обстоятельствах. Естественно, и его смерть приписали козням Бориса.
В города Галич и Шую были сосланы братья Василий, Дмитрий, Александр и Иван Ивановичи Шуйские. Опалы непосредственно не затронули В.Ф. Скопина-Шуйского, который находился «на жаловании в Каргополе» и не принимал участия в мятеже 1586 года.
По отдаленным городам были разосланы и сторонники Шуйских. Так, князя И.А. Татева сослали в Астрахань, И.Ф. Крюк-Колычева – в Нижний Новгород и т.д. На время из столицы был удален и свояк Шуйских князь Д.А. Ногтев-Суз-дальский. Его ссылка была почетной – он стал воеводой в Свияжске.
Сторонник Шуйских боярин Ф.В. Шереметев не подвергся опале вместе с Шуйскими и сохранил боярский чин. Но в
1589—1590 гг., видимо, не без связи с делом Шуйских, он был вынужден постричься в монахи.
Разгромив клан Шуйских, Борис дал ясно понять князьям Рюриковичам, что им и их сторонникам нечего и мечтать о престоле.
Управление Россией из коллегиального, как это было в 1584—1585 гг., постепенно переходит в единоличное правление Бориса Годунова. Естественно, это сказывается и на богатстве рода Годуновых. В 1584—1586 гг. царь Федор жалует Борису и его родне десять вотчин. Отметим лишь пожалование в 1586 г. Бориса большой северной волостью Вага.
Англичанин Горсей писал в 1589 г., что годовой доход Годуновых составляет 175 тысяч рублей, и они могли выставить в поле сто тысяч воинов. Цифры эти несколько преувеличены, но они показывают по крайней мере порядок богатства Годуновых.
Еще в 1586 г. Борису Годунову пришла в голову мысль учредить патриаршество на Руси. Не будем спорить, чего больше хотел достичь Борис – величия России или усиления своей власти. С началом царствования Федора Борис не разделяет свои интересы с интересами России. Позднейшие историки, в значительной своей части настроенные враждебно к Годунову, не найдут ни одного поступка боярина, а затем и царя Бориса, совершенного в личных целях и шедшего вразрез с интересами государства.
Как известно, Русь приняла крещение от Византии. Главой православной церкви был константинопольский патриарх. Русская митрополия первые три века своего существования рассматривалась в Константинополе как второстепенная периферийная епархия. Флорентийская уния 1438 г. (попытка объединения с католиками) и взятие в 1453 г. Константинополя турками необратимо подорвали авторитет константинопольского патриарха. Одновременно Московское княжество стало мощным государством. Греческая церковь превратилась в иждивенку Москвы. В такой ситуации вполне понятно желание Москвы иметь своего патриарха рядом с единственным тогда православным государем – царем всея Руси.
С учреждением патриаршества в Москве надо было спешить, так как польский канцлер Ян Замойский уже поднимал вопрос с константинопольским патриархом о переносе патриаршеского престола в Киев. Вспомним, что к началу XVII века чуть ли не две трети бывшей Киевской Руси с православным населением находилось в составе Речи Посполи-той. Учреждение патриархии в Москве было не только задумано, но и лично исполнено Борисом Годуновым. В «черновой» работе ему помогали дьяки братья Андрей и Василий Щелкаловы. Боярская дума и московский клир в этой трагикомедии выполняли лишь роль статистов. В 1588 г. константинопольский патриарх Иеремия прибыл в Москву по приглашению Бориса. Кстати, это был первый визит константинопольского патриарха на Русь. Переговоры с патриархом затянулись более чем на полгода и велись исключительно Борисом и Щелкаловыми. Хитрый грек приехал в Москву за щедрыми субсидиями, а о Московском патриаршестве поначалу и слышать не хотел. Казалось бы, ситуация безнадежная, так как учреждение патриаршества без согласия главы православной церкви могло привести к расколу и смуте на Руси. Борис буквально шел по лезвию бритвы. Им был подкуплен один из спутников Иеремии архиепископ элассонский Арсений. После очередных безрезультатных переговоров Иеремия в присутствии Арсения ляпнул, что патриарха в Москве он ни за что не поставит, а в крайнем случае сам готов остаться в Москве патриархом. Арсений немедленно сообщил об этом Борису. Естественно, такой блестящий дипломат не упустил свой шанс. Московские приставы, охранявшие патриарха, начали просить его стать патриархом в Москве. Вроде бы по секрету передавали, что царь и бояре только и мечтают видеть Иеремию в Москве. Лесть вскружила голову Иеремии, и он, не дожидаясь официального предложения, публично согласился учредить в Москве патриархию и самому стать во главе ее. Патриарх попал в ловушку Бориса. Царь Федор прислал официальную грамоту: «Будет похочет быти в нашем государстве цареградский патриарх Иеремия, и ему быти патриархом в начальном месте во Володимире, а на Москве бы митрополиту по-прежнему; а не похочет… быти в Володимире, ино на Москве учинити патриарха из московского собору».
Грек быстро навел справки и выяснил, что к тому времени Владимир стал захолустным городком. Иеремия категорически отказался. Борис и Щелкаловы поочередно вели задушевные беседы с патриархом. Борис обещал Иеремии несметные сокровища в обмен на грамоту о «постановлении митрополита Иова патриархом». Понятно, что никто другой Борису был не нужен. А Щелкаловы пояснили патриарху, что из Москвы он не уедет, пока не уступит. По одной версии грекам пригрозили утоплением в Москве-реке. Аргументы были неотразимы, и Иеремия уступил. 26 января 1589 г. константинопольский патриарх возвел Иова на московский патриарший престол. За это Иеремии из царской казны отвалили небывало большую сумму на построение новой патриаршей резиденции и нового собора в Константинополе.