В Севастополе базировались:
эскадра в составе линейного корабля «Парижская Коммуна», бригады крейсеров (крейсера «Красный Кавказ», «Червона Украина», «Красный Крым») и Отряда легких сил (крейсера «Ворошилов», «Молотов», лидеры «Москва» и «Харьков», эсминцы «Бойкий», «Быстрый», «Безупречный», «Беспощадный», «Бодрый», «Смышленый», «Сообразительный», «Незаможник» и «Шаумян»);
1-я бригада подводных лодок (13 подводных лодок, находившихся в строю): Л-5, Д-5, С-31, С-32, С-33, С-34, Щ-204, Щ-205, Щ-206, Щ-208, Щ-209, Щ-210, Щ-211;
2-я бригада подводных лодок (8 подводных лодок, находившихся в строю): М-31, М-32, М-33, М-34, М-35, М-36, М-58, М-62; в ремонте М-59, М-60, А-1, А-2, А-3, А-5;
1-я бригада торпедных катеров (в числе которых имелось 10 катеров Г-5 «волнового управления»; они должны были наводиться на противника с самолетов МБР-2), бригада траления, сторожевые корабли и катера охраны водного района (ОВР) главной базы. В текущем ремонте (на заводе № 201) — крейсер «Красный Крым»; эсминец «Железняков», подводные лодки Л-4 и Щ-207.
В капитальном ремонте — подводные лодки Л-6, Д-4 и Д-6. Проходили заводские испытания подводные лодки Л-24 и Щ-216. Достраивались эсминцы «Способный» и «Совершенный».
В Одессе базировались дивизион канонерских лодок («Красный Аджаристан», «Красная Армения», «Красная Грузия»), а также старый крейсер «Коминтерн» (бывший «Кагул»).
В порте Очаков базировалась 2-я бригада торпедных катеров.
В ВМБ Новороссийска базировались корабли ОВР, 10-й отдельный учебный дивизион подводных лодок (7 единиц; из них в строю в Новороссийске подводные лодки Щ-201 и М-52; подводная лодка Щ-202 — в Феодосии на испытании торпед; подводные лодки Щ-203, М-51 иМ-55 — в различных видах ремонта в Севастополе, и подводная лодка М-54 — в среднем ремонте в Херсоне).
В ВМБ Поти находилась подводная лодка А-4 из состава 6-го дивизиона подводных лодок 2-й бригады подводных лодок, базировавшегося на Поти (остальные четыре подводные лодки находились на ремонте в Севастополе).
В ВМБ Батуми базировались эскадренные миноносцы «Фрунзе» и «Дзержинский», временно выведенные из состава эскадры и приданные ВМБ Батуми.
На ремонте в Николаеве находились лидер «Ташкент» (на нем производилась замена вооружения: щитовые установки Б-13 заменяли на башенные Б-2ЛМ, а 45-мм пушки 21К — на автоматы 70К), эсминец «Бдительный», канонерская лодка «Красная Абхазия» и подводные лодки Щ-212, Щ-213, Щ-214 и Щ-215.
Там же, в Николаеве, на плаву достраивались: легкие крейсера проекта 68 «Фрунзе» (техническая готовность 33 %, плановый срок ввода в строй 1942 г.), «Куйбышев» (27 %, 1942 г.); лидеры проекта 48 «Киев» (48,9 %, 1942 т.) и «Ереван» (25,4 %, 1942 г.); эсминец проекта 7У «Свободный» (83,8 %, 1941 г.); эсминцы проекта 30 «Огневой» (50,8 %, 1942 г.) и «Озорной» (21,2 %, 1942 г.); подводные лодки проекта ХІІІбис: Л-23 (89,9 %, 1941 г.), Л-25 (63,2 %, 1941 г.); подводная лодка проекта ІХбис: С-35 (40,4 %, 1941 г) [26] .
Кроме того, на стапелях находились линкор «Советская Украина», тяжелый крейсер «Севастополь», легкие крейсера «Свердлов» и «Орджоникидзе», пять эсминцев проекта 30, четыре сторожевых корабля проекта 29, три подводные лодки проекта ІХбис и три подводные лодки проекта XVI.
Итого к 22 июня 1941 г. Черноморский флот имел в строю и ремонте один линкор, пять крейсеров, 17 лидеров и эсминцев, два сторожевых корабля, 44 подводные лодки, четыре канонерские лодки, два минных заградителя, 12 тральщиков, 78 торпедных катеров, 24 охотника за подводными лодками.
Следует заметить, что сразу же после начала Великой Отечественной войны Черноморский флот стал пополняться катерами морпогранохраны НКВД, а также торговыми и рыболовецкими судами. Всего к 18 июля от погранохраны было принято 94 катера, а от гражданских ведомств — 147 судов.
В составе флотской авиации находилось 625 самолетов, из них 167 — гидросамолеты. (По другим данным, всего было 624 самолета, из них 138 бомбардировщиков, 346 истребителей, 140 разведчиков.)
В подавляющем большинстве истребители были представлены старыми машинами типа И-16. Лишь перед самой войной авиация Черноморского флота получила новые истребители: шестнадцать МиГ-3 и семь Як-1.
ВВС Черноморского флота состояли из 63-й бомбардировочной авиабригады (40-й бомбардировочный авиаполк, 2-й минно-торпедный авиаполк, две отдельные бомбардировочные эскадрильи), 62-й истребительной авиабригады (8-й, 9-й и 32-й истребительные авиаполки), трех отдельных истребительных авиаэскадрилий, морского разведывательного авиаполка, пяти отдельных морских разведывательных авиаэскадрилий и отдельного морского авиаотряда.
Командованию Черноморского флота подчинялась Дунайская речная флотилия, созданная летом 1940 г. в дельте Дуная после занятия советскими войсками Бессарабии. К 22 июня 1941 г. в состав флотилии входили пять мониторов («Ударный», «Железняков», «Ростовцев», «Мартынов», «Жемчужин»), две канонерские лодки («Буг» и «Днестр»), 22 бронекатера прожекта 1125, семь катеров-тральщиков, отряд глиссеров и несколько вспомогательных судов.
Помимо того, в состав Дунайской флотилии входили 96-я отдельная авиаэскадрилья (шесть истребителей И-154 и восемь истребителей И-15), зенитные и береговые артиллерийские батареи, стрелковая и пулеметная роты. С началом войны флотилии был придан 4-й Черноморский отряд погрансудов НКВД (четыре пограничных сторожевых катера типа «МО» и несколько малых катеров других типов).
Корабли флотилии базировались на порты левого берега Дуная: Измаил (главная база), Рени, Килия, Вилков. Все базы просматривались с противоположного румынского берега, что затрудняло скрытную перегруппировку сил и средств.
К 22 июня Черноморский флот располагал довольно приличной системой береговой обороны. Естественно, лучше всего была защищена главная база флота. С двух сторон (у деревни Любимовка и у мыса Херсонес) район Севастополя прикрывали две мощные башенные 305-мм батареи (№ 30 и № 35). В каждой батарее было по четыре орудия в двух башнях.
Остальные орудия стояли открыто (или с коробчатыми щитами) в бетонированных орудийных двориках. Батарея № 10 была вооружена четырьмя 203/50-мм пушками. Батарея № 12, № 18 и № 19 имели по четыре 152/45-мм пушки Кане; батарея № 28 — три 152-мм пушки; батареи № 26 и № 32 — по три 130-мм пушки; батарея № 13 — четыре 120/50-мм пушки; батарея № 2 — четыре 100-мм пушки.
Дунайская флотилия располагала двумя подвижными батареями № 724 и № 725 (по четыре 152-мм пушки МЛ-20), двумя стационарными батареями № 717 (три 130/55-мм пушки у села Жебрияны) и № 7 (75/50-мм пушки в г. Вилков).
Одесская ВМБ была прикрыта шестью 180-мм пушками МО-1-180 (батареи № 41 и № 412), тремя 203/50-мм пушками (батарея № 21), тремя 152-мм душками (батарея № 1) и шестью 130-мм пушками (батареи № 39 и № 718).