Людей с причала переправляли на небольшом буксире «Папанин» на подводные лодки, находившиеся мористее. На лодки попадали только счастливчики, имевшие пропуска за подписью Октябрьского и Кулакова. В соответствии с решением Военного Совета СОРа эвакуации в первую очередь на двух подводных лодках и самолетах подлежал только высший и старший комсостав от командира полка и выше. В списке этом значилось всего 139 человек, из них 77 человек от Черноморского флота.
Подводная лодка «Щ-209» приняла на борт Военный Совет Приморской армии со штабом армии, всего 63 человека, и в 2 ч 59 мин 1 июля вышла на Новороссийск, куда и прибыла после сложного похода 4 июля около восьми часов утра. Подводная лодка «Л-23» приняла на борт 117 человек руководящего состава СОРа.
Взятые в резерв штаба СОРа сторожевые катера СКА-021 и СКА-0101 30 июня стояли замаскированные в камышах бухты Казачьей в ожидании распоряжения командования на выход.
Из своих укрытий катера вышли уже в сумерки 30 июня и подошли к причалу 35-й батареи. СКА-021 взял на борт 70 человек, причем из-за неорганизованной посадки к причалу он подходил несколько раз. Потом на катере возникли неполадки с мотором. Наконец в три часа ночи 1 июля СКА-021 вышел в море, взяв курс на Синоп. СКА-0101, взяв людей, вышел раньше, в час ночи.
На переходе СКА-021 был атакован немецкими самолетами и от полученных повреждений стал тонуть. Командир катера Гладышев был убит. В живых осталось лишь 16 человек. Их позднее сняли вышедшие из Севастополя сторожевые катера СКА-023 и СКА-053 и доставили в Туапсе. По другим же данным, людей с СКА-021 снял СКА-0101, который вернулся к нему и прибыл в Сочи 3 июля.
В ту же ночь, 1 июля, катера-тральщики «Ильич» и «Ревсовет», приняв людей, вышли из Севастополя на Кавказ, но в Батуми прибыли лишь на десятые сутки. Тогда же из Камышовой бухты на Кавказ, держась берегов Турции, ушли три катера-тральщика КАТЩ-85, 86 и 87 охраны района Камышовой бухты с командиром ОХРа старшим политруком А.И. Песковым и военкомом политруком И.И. Христенко. Всего на этих катерах вместе с командирами из 7-й бригады морской пехоты эвакуировалось 45 человек. Из-за плохой мореходности и поломки двигателей два катера пришлось бросить. До Батуми 4 июля дошел только один катер.
В 22 ч 00 мин 30 июля из Севастополя вышло гидрографическое судно «Грунт» с 12 членами команды и 16 эвакуируемыми. По пути судно было атаковано немецкими самолетами, зашло в Синоп и, получив там уголь, отправилось в Батуми, куда прибыло 7 июля.
Интересная история рейдового буксира «СП-2», вышедшего в ночь с 30 июня на 1 июля 1941 г. из Севастополя с 77 бойцами СОРа. Буксир пошел 7-узловым ходом к Турции. Топливо кончилось, когда на горизонте появились горы. Тогда моряки поставили самодельные паруса и шли со скоростью 1–2 узла. Подошедшие на катере турки с изумлением смотрели на «парусник». Но потом все же взяли его на буксир и доставили в Синоп. Под нажимом советского военного атташе в Турции местные власти согласились снабдить «СП-2» топливом, водой и продовольствием. В ночь на 4 июля «СП-2» покинул Синоп и взял курена Батуми. Буксир шел в пределах территориальных вод Турции и через 4 дня прибыл в Батуми.
Для эвакуации раненых и летно-технического состава Херсонесского аэродрома 1 июля прилетела группа гидросамолетов авиации Черноморского флота: один МТБ-2 «Чайка», один ГСТ-9 и десять МБР. «Чайка» села в бухте Казачьей, туда же, отбомбившись по позициям противника в Севастополе, приземлился и ГСТ-9. На борт «Чайки» было принято 29 человек, на ГСТ-9 — 26 раненых и медработников во главе с военврачом 2 ранга Корнеевым и командиром 12-й авиабазы капитаном Пустыльником. «Чайка» долетела нормально, а ГСТ-9 из-за поломки двигателя сел на воду примерно в 30 милях от Феодосии. Утром 2 июля самолет был обнаружен шедшим из Севастополя базовым тральщиком «Щит», на борт которого и были приняты 33 человека с аварийного самолета, а сам самолет отбуксировали в Геленджик.
В ночь на 1 июля бомбардировщики ВВС Красной Армии в составе восьми ДБ-3 и девяти СБ бомбили войска и батареи противника на Севастопольском фронте. А авиация Черноморского флота в эту ночь совершила 32 самолето-вылета, нанося бомбовые удары по позициям противника в Севастополе.
Вечером 30 июня самолеты: шесть Як-1, семь Ил-2, один И-16, один И-15бис, два И-153 и один ЛаГГ-З перелетали из Севастополя в Анапу.
1 июля авиация СОРа боевых вылетов не производила. Вечером три Як-1, три И-16, один И-153 и один У-2 перелетели из Севастополя в Анапу. Четвертый Як-1, вылетевший из Севастополя, произвел вынужденную посадку на воду вблизи Туапсе. Самолет и пилот были подобраны. Три У-2, вылетевшие из Севастополя, пропали без вести.
Базовые тральщики «Защитник» и «Взрыв», вышедшие 1 июля из Новороссийска, около полудня пришли к пристани 35-й батареи, где при помощи катеров и Шлюпок приняли на борт 377 человек личного состава СОРа. В три часа ночи 2 июля тральщики вышли из района главной базы и в 20 ч 20 мин прибыли в Новороссийск.
Базовые тральщики «Щит» и № 412 на подходах к Севастополю были атакованы 12 германскими бомбардировщиками и в результате близких разрывов бомб получили небольшие повреждения. Из-за повреждений, а также из-за того, что огни на фарватере № 3 главной базы не горели, эти тральщики, боясь своих мин, без захода а район пристаней повернули обратно и в 23 ч 05 мин вернулись в Новороссийск.
1 июля немцы подошли к 35-й башенной батарее почти на 1 км. Батарея сделала шесть выстрелов шрапнелью, поставленной на картечь.
К ночи на 2 июля, по оценкам очевидцев, на берегу у причала 35-й батареи скопилось более 10 тысяч человек. Единственным путем вывода начсостава к причалу был подземный переход батареи с выходом наверх через левый командно-дальномерный пост. Однако особая трудность заключалась в том, чтобы провести несколько сотен старших командиров сквозь многочисленные массы людей, но иного выхода не было.
В 22 ч 00 мин 1 июля к причалу 35-й батареи подошел первый сторожевой катер СКА-052. Как только катер подошел к причалу, на него тут же, без всякой очереди, прыгнула масса людей. Катер накренился и дал задний ход, чтобы не лечь на борт. Потом с катера спустили шлюпку и подобрали еще несколько плавающих человек. В целях экономии топлива СКА-052 сначала пошел курсом на мыс Сарыч, а потом повернул круто на юг. Там СКА-052 пытался атаковать торпедный катер противника, но артиллерийско-пулеметным огнем катера был отогнан. В 40 милях от Крымского берега СКА-052 повернул к берегам Кавказа и, отбившись от двух налетов Ю-88, прибыл в Новороссийск.
В течение ночи на 2 июля с пристани 35-й батареи с эвакуированными на борту отошли сторожевые катера СКА-028, 029, 071, 088 и 046. На подходах к Севастополю сторожевые катера СКА-0105 и 014 встретили стоявший без хода подбитый СКА-029. На нем находились тяжелораненые, всего 51 человек. СКА-0105 снял на борт раненых, а СКА-014 взял на буксир подбитый катер. СКА-052 на подходах к Севастополю был атакован немецкими самолетами, получил повреждения и, не подходя к пристаням, повернул обратно на Новороссийск. Все эти сторожевые катера благополучно дошли до Новороссийска.