Осенью 1983 года Шебаршина пригласил к себе начальник информационной службы первого Главного управления генерал Николай Сергеевич Леонов, чья карьера в разведке сложилась благодаря тому, что он когда-то познакомился с Раулем Кастро, который вскоре стал вторым человеком на Кубе.
— Предлагаю должность заместителя, — сказал Леонов Шебаршину — Вам дается шанс проявить себя. Считайте, что работа у нас будет как бы испытанием для вас.
Шебаршину тон разговора не понравился, но предложение он принял с удовольствием. Информационную службу вскоре повысили в статусе, преобразовали в управление. Так что и Шебаршин из заместителей начальника отдела стал замначальника управления.
Он занимался афганскими делами. Летал в Кабул вместе с Крючковым, который обратил внимание на толкового молодого человека. В 1986 году они с Крючковым исполнили весьма деликатную миссию — заставили Бабрака Кармаля отказаться от власти и посадили в кресло хозяина Афганистана бывшего начальника госбезопасности Наджибуллу.
В апреле 1987 года ушел на пенсию по возрасту генерал-майор Яков Прокофьевич Медяник. Крючков сделал Шебаршина своим заместителем, отвечавшим за работу на Ближнем и Среднем Востоке, а также в Африке. Шебаршин вошел в состав высшего руководства первого Главного управления и переселился в дачный поселок разведки, что было одной из самых приятных привилегий его нового положения. На работу и с работы он отныне ходил пешком — несколько минут прогулки по лесу.
1 октября 1988 года Крючков ушел из разведки на повышение, став председателем КГБ. Вопрос о его преемнике решался долго. Несколько месяцев обязанности руководителя первого Главного управления исполнял Вадим Кирпиченко. В иной ситуации он бы и возглавил разведку. Но генералу Кирпиченко уже исполнилось шестьдесят шесть лет. Горбачев же требовал выдвигать молодых.
У Крючкова был очевидный фаворит — еще один заместитель начальника разведки Виктор Грушко. Ему еще не было шестидесяти. Но, видимо, эта кандидатура не прошла. В январе 1989 года Крючков передал Шебаршину свой кабинет и всю советскую разведку. 24 января Леонида Владимировича принял Генеральный секретарь Горбачев с кратким напутствием.
В пятьдесят три года Шебаршин оказался во главе огромной разведывательной империи. Численность первого Главного управления в те годы, по некоторым данным, составляла почти двенадцать тысяч человек. Каждый год на первый курс Краснознаменного Института имени Ю.В. Андропова принимали триста человек.
Но с катастрофической быстротой менялась жизнь в стране, и рушились устои работы советской разведки. Горбачев налаживал отношения с Западом, прежде всего с Соединенными Штатами. Он нуждался в помощи разведки, чтобы правильно понимать действия своих новых партнеров и прогнозировать их шаги. Но привычка видеть в американцах врагов мешала такому анализу, а отказаться от такой привычки разведчики не могли, да и не очень хотели. Для большинства из них картина мироздания оставалась прежней. Политика Горбачева поначалу представлялась им тактикой, а потом воспринималась в штыки.
Сам Шебаршин, более гибкий, чем большинство его подчиненных, старался приспособить жизнь первого Главного управления к требованиям времени. В декабре 1989 года начальник разведки впервые выступал публично — перед студентами МГИМО, учебного заведения, которое он сам закончил. В январе следующего Леонид Владимирович держал речь перед рабочими авиационного завода «Знамя труда». В апреле в «Правде» появилось первое интервью с начальником разведки.
В феврале 1990 года председатель КГБ Крючков представил президенту Горбачеву годовой доклад об итогах оперативно-служебной деятельности.
Отчет разведки стоял на первом месте:
«Важное значение придавалось добыванию документальных секретных материалов руководящих органов капиталистических государств и их военно-политических блоков, в том числе путем перехвата и дешифрования корреспонденции, приходящей по различным системам связи.
Осуществлен ряд крупномасштабных активных мероприятий в целях оказания долговременного выгодного воздействия на влиятельные зарубежные круги…
На научно-техническом направлении разведке Комитета удалось добыть ряд остро необходимых для оборонных отраслей промышленности образцов и документальных материалов…»
Отдельно говорилось об успехах управления внешней контрразведки, также подчиненного Шебаршину:
«Обеспечивалась безопасность советских учреждений и граждан за рубежом. Сорвано большое число провокационных акций спецслужб противника, в том числе направленных против сотрудников разведки. По информации КГБ досрочно отозваны из-за границы 274 советских гражданина. Не удалось предотвратить невозвращение на родину 118 советских граждан».
Телеграммы, поступавшие от резидентов, обрабатывали в информационно-аналитическом управлении первого Главного управления. Три раза в день начальник управления или его заместители докладывали свежие сообщения начальнику разведки. Самое важное за его подписью отправлялось Крючкову. Он решал, какую информацию докладывать Горбачеву, какую — членам политбюро. Все документы, исходившие из комитета, подписывал председатель.
По должности Шебаршин был и заместителем председателя КГБ. Ему оставили второй кабинет — на седьмом этаже главного здания на Лубянке, где до него сидели все начальники разведки, начиная с Фитина. Шебаршин приезжал в главное здание на заседания коллегии комитета или просто, чтобы пообедать с руководством КГБ, узнать последние новости, почувствовать, чем живут его коллеги. За обедом Крючков бывал откровеннее, чем в кабинете.
Крючков продолжал пристально следить за делами в разведке, что не очень радовало Шебаршина. Даже став членом политбюро, Владимир Александрович жил на даче в разведгородке, и генералы из первого Главного управления не упускали случая за спиной Шербаршина доложить председателю, что происходит в разведке.
Время от времени Крючков давал Шебаршину поручения, выходящие за рамки обязанностей начальника разведки. Летом 1990 года Шебаршину пришлось отправиться в Краснодар с невыполнимой задачей — помешать избранию бывшего генерала Олега Калугина народным депутатом СССР. Крючков своим приказом лишил Калугина генеральского звания и пенсии и тем самым обеспечил ему народную поддержку.
Участия в августовском путче 1991 года Шебаршин не принимал. Председатель КГБ Владимир Крючков таланты Шебаршина ценил, но у него были люди и поближе — их он и втянул в путч. Возможно, тогда Шебаршину было неприятно, что он не в числе приближенных. Зато в августе 1991 года он не попал в тюремную камеру.
Шебаршин пишет, что летом 1991 года он предложил Крючкову пересмотреть отношение к Ельцину: Горбачев не сумеет удержать страну от распада, нравится нам Ельцин или нет, стоит ориентироваться на Ельцина и Россию.
— Уверен, что у нас нет иного пути.
Крючков не стал спорить с Шебаршиным, напротив, поддержал его предложение развивать контакты с новой российской властью:
— Подумаем еще… Работайте, посылайте побольше информации Борису Николаевичу.