11 апреля к русским подошло 5 рот осадной артиллерии, насчитывавших в своем составе 36 орудий (восемь 24-фунтовых и шесть 18-фунтовых пушек, десять 1 -пудовых единорогов, семь 5-пудовых и пять 2-пудовых мортир). Всего, таким образом, в главном корпусе стало 99 орудий.
В тот же день для усиления осадного корпуса и блокирования крепости со стороны реки прибыло 19 баркасов Дунайской флотилии под командованием капитан-лейтенанта Акимова.
17 апреля началась интенсивная бомбардировка Браилова. Прозоровский назначил штурм крепости на 3 ч ночи с 19 на 20 апреля. На штурм была составлена диспозиция, по которой все войска делились на три колонны. Каждая колонна состояла из трех батальонов. Впереди каждой колонны шел штурмовой отряд из 60 охотников, 10 солдат с лестницами, 30 пионеров и 2 офицеров. Задача штурмового отряда заключалась в том, чтобы захватить плацдарм для действий главных сил колонн. За каждой колонной следовал резерв из трех батальонов, восьми эскадронов и двенадцати конных орудий.
Всего для штурма было выделено 8 тысяч человек, что было явно недостаточно, если учесть, что гарнизон крепости составлял 12 тысяч человек.
Однако с самого начала операция пошла не по плану. Сигнальная ракета по ошибке была запущена не в 3 ч ночи, а на 4 ч раньше (в 23 19 апреля). Штурм не удался. Русские понесли очень большие потери — 2229 человек убитыми и 2250 человек ранеными. Узнав о неудаче, Прозоровский впал в истерику, рыдал, рвал на себе волосы. Кутузов, как мог, успокаивал его: «Не такие беды бывали со мной.
Я проиграл Аустерлицкое сражение, решившее участь Европы, и то не плакал». Тем не менее ответственность за неудачный штурм Браилова Прозоровский возложил на Кутузова и добился его отстранения от командования корпусом. В июле 1809 г. М. И. Кутузов был назначен литовским генерал-губернатором.
7 мая Прозоровский снял осаду с Браилова и два месяца бездействовал, спокойно наблюдая, как турки расправляются с его союзниками сербами. Лишь в конце июля фельдмаршал решил переправиться за Дунай.
Генерал А. А. Засс (1761—1815) овладел Исакчей, а 2 августа — Тульчей. В тот же день (2 августа) генерал М И. Платов (1751—1818) занял Бабадах.
9 августа в лагере за Дунаем Прозоровский умер. Вместо него командующим армией был назначен генерал от инфантерии князь П. И. Багратион (1765—1812). Заметим, что назначение Багратиона в Молдавскую армию не было связано ни с высшей стратегией, ни с личными заслугами князя. Дело в том, что Багратион еще в 1807 г. завел роман с 18-летней великой княжной Екатериной Павловной, родной сестрой царя. В то время Багратиону было 42 года, а главное, он был женат. Поэтому в апреле 1809 г. Екатерину Павловну срочно выдали замуж за ее двоюродного брата принца Георгия Ольденбургского (1784—1812). Затем принц был назначен тверским генерал-губернатором и отправлен в Тверь. Однако Екатерина уговорила мужа приехать на лето в Павловск к ее матери, вдовствующей императрице Марии Федоровне. А комендантом Павловска был Багратион, там же находилась и его дача. Терпение Александра I лопнуло, и 13 июля 1809 г. Багратион получил указ: «Признавая нужным нахождение ваше в Молдавской армии, повелеваю вам по получение сего отправиться к оной и явиться там к главнокомандующему генерал-фельдмаршалу князю Прозоровскому, от коего и имеете ожидать дальнейшего вам назначения».
25 июля 1809 г. Багратион прибыл в Галац и представился главнокомандующему Молдавской армии Прозоровскому. Приказом Прозоровского Багратион был назначен начальником главного корпуса армии, и ему было предписано «находиться на гаупт-квартире в рассуждении старости моих лет, а теперь и слабости моего здоровья, от которых я движимого исполнения делать не в состоянии и могу употребить его в надобных случаев для осмотров и пр.». Как говориться — нарочно не придумаешь!
Прозоровский не соизволил поделиться с Багратионом планом боевых действий. Хуже того, после смерти фельдмаршала Багратион не нашел среди его бумаг никаких планов или даже набросков.
Первой операцией русских войск при новом главнокомандующем стала осада крепости Мачин. 14 августа отряд генерал-лейтенанта Е. И. Маркова подошел к Мачину. В отряде состояло 5 тысяч человек, 20 батарейных и 6 конных пушек, 2 мортиры и одно осадное орудие.
Крепость Мачин была окружена четырехугольным ретраншементом, на углах которого находились четыре бастиона. Впереди ретраншемента проходил ров глубиной 4 метра. Внутри крепости находилась цитадель. Крепость защищал гарнизон, состоящий из 600 человек при 13 орудиях, установленных в бастионах и на ретраншементе.
Утром 16 августа была начата бомбардировка крепости. На следующий день к Мачину подошли суда русской Дунайской флотилии. пушки которой открыли огонь по крепости.
Вечером 17 августа гарнизон Мачина капитулировал. Русские захватили 338 пленных, 13 орудий, 1500 ядер и 250 пудов (4 т) пороха.
22 августа войска генерала Платова после двухдневной бомбардировки овладели крепостью Гирсово. Сразу же после занятия Гирсово русские начали строить понтонный мост через Дунай.
В конце августа русские войска численностью 5 тысяч человек при 40 орудиях под командованием генерала Засса подошли к крепости Измаил. В крепости был 4,5-тысячный гарнизон и 221 орудие. Кроме того, у стен крепости стояли турецкие гребные суда с 36 орудиями.
31 августа русская осадная батарея начала обстрел крепости. С 5 сентября в обстреле Измаила принимали участие и суда русской Дунайской флотилии, которые подошли к крепости с обеих сторон (потечению и против течения). Бомбардировка с небольшими перерывами продолжалась до 13 сентября, когда комендант Челиби-паша предложил начать переговоры о сдаче.
14 сентября русские войска вошли в Измаил. По условиям капитуляции его гарнизону было разрешено возвратиться в Турцию.
В крепости русские захватили 221 орудие, 9 судов, вооруженных 36 пушками, 5551 пуд (около 91 т) пороха и много снарядов.
Всего за время осады русская артиллерия сделала 857 выстрелов.
4 сентября Багратион разбил под Россеватом 12-тысячный турецкий корпус. 11 сентября Багратион осадил турецкую крепость Силистрию. В начале октября Багратион получил сведения, что к Силистрии якобы движется сам великий визирь с большим войском. В связи с этим 14 октября Багратион снял осаду с Силистрии и отвел войска на левый берег Дуная.
Отступление Багратиона дало повод Александру I снять его с должности командующего армией. Основной же причиной отставки был конфликт Багратиона со своими корпусными командирами А.Ф. Ланжероном и М. А. Милорадовичем (1763—1831).
Французский эмигрант граф Ланжерон был природным интриганом. Под Аустерлицем он интриговал против всех — от Пфуля до Кутузова. К русским генералам он вообще относился с презрением. Хохол Милорадович отличался личной храбростью, но был глуповат, ежедневно в Бухаресте организовывал грандиозные попойки с дамами. Багратиону в январе 1810 г. удалось добиться отзыва Милорадовича. Но месяц спустя и сам Багратион был уволен «в отпуск» на два месяца.
Четвертым по счету командующим Молдавской армией стал генерал от инфантерии Н.М. Каменский (1776—1811), сын фельдмаршала М. Ф. Каменского.