К моменту смерти Грозного Василий и его братья Дмитрий и Александр служили стольниками, а их младший брат Иван Пуговка — рындой.
На первом этапе борьбы за власть при царствовании Федора Шуйским удалось существенно упрочить свои позиции. К 20 мая 1584 г., то есть еще до венчания Федора на царство, Василий Иванович получил боярство. В следующем году боярином стал его брат Александр, а в начале 1586 г. — и Дмитрий.
С началом царствования Федора Шуйские получают богатые кормления и земли. И. П. Шуйский был пожалован в кормление Псковом и Кинешмой. Боярин В. Ф. Скопин-Шуйский удостоился кормления городом Каргополем. Кравчий Д. И. Шуйский получил «в путь» город Гороховец.
Весной 1584 г. Василий Иванович Шуйский назначается главой московского Судного приказа. Кроме уголовных и административных дел московский Судный приказ разбирал и местнические споры мелкого и среднего дворянства, споры бояр и князей решал сам царь. Эта функция московского Судного приказа давала Василию Ивановичу большое влияние среди служилого московского дворянства. Поэтому Годуновы и Романовы постарались побыстрее убрать Василия Ивановича со столь важного поста, и весной 1585 г. его отправляют на воеводство в Смоленск.
В то время, несмотря на перемирие, отношения с Польшей были крайне напряженными, и посылку боярина в Смоленск воеводой можно считать повышением.
Но, вместо того чтобы укреплять город-крепость Смоленск, новый воевода вступает в тайные переговоры с поляками. Царская разведка не дремала, и уже в сентябре 1586 г. Василий Иванович отстранен от должности и вызван в Москву на разбирательство, а воеводой в Смоленске назначен Б. Ю. Сабуров.
Противостояние блока Годуновых — Романовых против Шуйских закончилось разгромом последних. По окончании следствия по делу Шуйских самого знаменитого из них Ивана Петровича сослали в Кирилло-Белозерский монастырь. Князь Андрей Иванович Шуйский был отправлен в Каргополь, где через полгода скончался при невыясненных обстоятельствах. В родовые вотчины у Галича и Шуи были сосланы братья Василий, Дмитрий, Александр и Иван Шуйские. На Скопиных-Шуйских опала вообще не накладывалась.
В ссылке в своих вотчинах братьям-Ивановичам Шуйским пришлось пробыть около двух лет. Не позднее конца 1590 г. они были возвращены в Москву. А в начале 1591 г. бояре Василий и Дмитрий Ивановичи Шуйские уже заседают в думе. Заметим, что на всякий случай Годунов оставил в ссылке сторонников Шуйских Головиных, Колычевых и других.
Причин для возвращения молодых Шуйских в Москву было несколько. Главная — противостояние Годуновых и Романовых. Борису были нужны союзники, так почему же не привлечь на свою сторону уже неопасных врагов?! Братья же Шуйские, отдохнув пару лет в вотчинах, не имели особых обид на Бориса.
В мае 1591 г. молодой глава рода Василий Иванович Шуйский назначается главой комиссии по расследованию смерти царевича Димитрия в Угличе. В главе «Борис Годунов» подробно рассказано, что Василий Иванович грамотно, для того времени, разумеется, провел расследование и не он, а церковный собор во главе с патриархом Иовом вынес окончательный вердикт, что смерть Димитрия «учинилась Божиим судом». Но, увы, участие в работе комиссии будет пожизненно крестной ношей Василия Ивановича.
В конце царствования Федора Иоанновича наблюдается все большее сближение Шуйских с Годуновым. В 1595 г. царь Федор с подачи Бориса жалует боярством братьев Александра и Ивана (Пуговку) Шуйских. В 1597 г. в Боярской думе заседают уже все четыре брата Шуйские.
При избрании Бориса Годунова на царство братья Шуйские вели достаточно осторожную политику, они не поддерживали Бориса, но и не выступали активно против. С воцарением Бориса Шуйские ничего не выгадали и ничего не проиграли. Все четыре брата имели высокий чин — боярство, детей или малолетних родичей у них не было, за исключением одиннадцатилетнего Михаила Васильевича Скопина-Шуйского, которого царь Борис в 1602 г. произвел в стольники.
Шансов овладеть престолом в 1598 г. у Шуйских практически не было. Они были слишком слабы, а глава рода 46-летний Василий Иванович еще ничем не проявил себя, за исключением углического дела. Умри Годунов в 1598 г., к власти гарантированно пришли бы Романовы, и Шуйские в самом лучшем случае остались бы в прежнем положении.
По этой причине и в 1600 г. Шуйские не только не поддержали попытку переворота, затеянную Романовыми, но и на суде в Боярской думе «пышаха аки звери и кричаха» вместе с другими боярами на Федора Никитича Романова с братией.
В 1601 г. заболел и умер Александр Шуйский. Но его смерть почему-то не приписали Годунову. Думаю, дело в том, что активная антигодуновская компания началась после 1601 г., когда об Александре романовские клевреты просто забыли.
После появления Лжедмитрия в Польше Василий Иванович Шуйский неоднократно один или вместе с патриархом Иовом выходил на Лобное место и рассказывал московским людям, как он сам видел мертвого царевича Димитрия и хоронил его.
Осенью 1604 г против самозванца царь Борис отправил большое войско, во главе которого поставил воеводу князя Федора Ивановича Мстиславского, а вторым воеводой шел Дмитрий Иванович Шуйский.
21 декабря 1604 г. войско Мстиславского подошло к стану Лжедмитрия. Пока воеводы медлили, самозванец решил контратаковать. Его пятнадцатитысячное войско двинулось на стотысячную московскую рать. Поляки ранили в голову главного воеводу Ф. И. Мстиславского. Остальные же воеводы Д. И. Шуйский, В. В. Голицын и А. А. Телятевский потеряли управление войском, в результате было убито до 4 тысяч московских ратников. Полностью разгромить огромное московское войско у самозванца не хватило сил. У Новгорода-Северского впервые проявилась абсолютная бездарность Дмитрия Ивановича Шуйского как полководца и его патологическая трусость.
После сражения Дмитрий Иванович Шуйский с воеводами даже не позаботились известить царя о битве под Новгородом-Северским. Борис узнал о ней из других источников и тут же прислал в войско чашника Вельяминова-Зернова, велев сказать Мстиславскому: «Государь и сын его жалуют тебя, велели тебе челом ударить, да жалуют тебя, велели о здоровье спросить». Князю Д. И. Шуйскому с товарищами царь велел поклониться и добавить: «Слух до нас дошел, что у вас, бояр наших и воевод, с крестопреступниками литовскими людьми и с расстригою было дело, а вы к нам не писали, каким обычаем дело делалось, и вы то делаете не гораздо, вам бы о том к нам отписать вскоре».
Царь Борис решил укрепить командование действующей армией и послал в помощь Мстиславскому… Василия Шуйского.
21 декабря 1604 г. войско самозванца потерпело тяжелое поражение у села Добрыничи, но к этой победе братья Шуйские имели весьма малое касательство.
После смерти царя Бориса три брата Шуйские присягнули царевичу Федору. Апрель, май и начало июня 1605 г. братья провели в Москве. Чем они занимались, историкам неведомо, видимо, просто ожидали развязки драмы.
Ни один из Шуйских не поехал вместе с другими боярами в Тулу присягать Лжедмитрию.
20 июня 1605 г. самозванец торжественно въехал в столицу. Вот тут бы Василию Ивановичу выйти ему навстречу и торжественно объявить, что-де злодей Борис заставлял его молчать 14 лет, что он сам хоронил в Угличе подставного ребенка и т. д. Однако Василий этого не сделал, его вообще не было среди встречающих.