Пафнутий отслужил молебен, и князь Василий Иванович стал считаться царем. Злые боярские языки говорили, что Василий Шуйский был не избран, а выкликнут царем.
Целуя крест в соборе, Василий Шуйский говорил правду. После его воцарения репрессий не последовало, если не считать ссылок нескольких наиболее рьяных сторонников самозванца. Так, князь Василий Михайлович Рубец-Мосальский был сослан воеводой в Корелу Афанасий Власьев — в Уфу, Михаил Глебович Салтыков — в Иван-город, Богдан Бельский — в Казань. Надо ли говорить, что репрессии и назначения на воеводские должности — это «две большие разницы».
Став царем, Василий Шуйский в присутствии всей знати, включая Романовых и Черкасских, заявил, что царь Димитрий был чернецом Григорием, а в миру Юшкой Отрепьевым, служившим Романовым и Черкасским. Обратим внимание, ни тогда, ни потом Романовы даже не пытались опровергнуть это довольно неприятное для них утверждение.
По всем областям государства Российского была разослана грамота от имени бояр, окольничих, дворян и всяких людей московских с извещением о гибели Лжедмитрия и возведении на престол Шуйского: «Мы узнали про то подлинно, что он прямой вор Гришка Отрепьев, да и мать царевича Димитрия, царица инока Марфа, и брат ее Михайла Нагой с братьею всем людям Московского государства подлинно сказывали, что сын ее, царевич Димитрий, умер подлинно и погребен в Угличе, а тот вор называется царевичем Димитрием ложно; а как его поймали, то он и сам сказал, что он Гришка Отрепьев и на государстве учинился бесовскую помощию, и людей всех прельстил чернокнижеством; и тот Гришка, за свое злодейственное дело, принял от Бога возмездие, скончал свой живот злою смертию. И после того, прося у Бога милости, митрополиты, архиепископы, епископы и весь освященный собор, так же и мы, бояре, окольничие, дворяне, дети боярские и всякие люди Московского государства, избирали всем Московским государством, кому Бог изволит быть на Московском государстве государем; и всесильный, в троице славимый Бог наш на нас и на вас милость свою показал, объявил государя на Московское государство, великого государя царя и великого князя Василия Ивановича всея Руси самодержца, государя благочестивого, по Божией церкви и по православной христианской вере поборателя, от корени великих государей российских, от великого государя князя Александра Ярославича Невского; многое смертное изгнание за православную веру с братиею своею во многие лета он претерпел и больше всех от того вора, богоотступника и еретика смертью пострадал».
Вслед за этой грамотой Василий Шуйский разослал другую, уже от своего имени, в которой также объявлял о гибели Лжедмитрия, с подробным объяснением причин, а именно, объявлял о бумагах, найденных в комнатах самозванца: «Взяты в хоромах его грамоты многие ссыльные воровские с Польшею и Литвою о разорении Московского государства». Но Шуйский ничего не говорил о содержании этих воровских грамот, хотя вслед за этим упоминал о содержании писем римского папы. Затем Шуйский пишет о показании Бучинских, будто царь был намерен перебить всех бояр во время воинской потехи и потом, отдавши все главные места в управление полякам, ввести католицизм. Шуйский приводит также свидетельство о записях, действительно данных в Польше Мнишку и королю об уступке русских областей и заключает: «Слыша и видя то, мы всесильному Богу хвалу воздаем, что от такого злодейства избавил».
Шуйский заставил монахиню Марфу написать грамоту с объяснением своего поведения. Бедная вдовушка выкручивалась как могла. По ее словам, «…он [Лжедмитрий] ведовством и чернокнижеством назвал себя сыном царя Ивана Васильевича, омрачением бесовским прельстил в Польше и Литве многих людей и нас самих и родственников наших устрашил смертию. Я боярам, дворянам и всем людям объявила об этом прежде тайно, а теперь всем явно, что он не наш сын, царевич Димитрий, вор, богоотступник, еретик. А как он своим ведовством и чернокнижеством приехал из Путивля в Москву, то, ведая свое воровство, по нас не посылал долгое время, а прислал к нам своих советников и велел им беречь накрепко, чтобы к нам никто не приходил и с нами об нем никто не разговаривал. А как велел нас к Москве привезти, и он на встрече был у нас один, а бояр и других никаких людей с собой пускать к нам не велел и говорил нам с великим запретом, чтобы мне его не обличать, претя нам и всему нашему роду смертным убийством, чтобы нам тем на себя и на весь род свой злой смерти не навести, и посадил меня в монастырь, и приставил ко мне также своих советников, и остерегать того велел накрепко, чтоб его воровство было не явно, а я для его угрозы объявить в народе его воровство явно не смела».
Как видим, и Шуйский, и Марфа врали не меньше Отрепьева, при этом даже не пытаясь придать собственной лжи какой-то правдоподобный вид. Каждая такая грамота порождала больше вопросов, чем ответов. Естественно, что им верили лишь те, кому было выгодно верить Шуйскому.
Для разоблачения самозванца из Галича Шуйский велел привезти мать и младшего брата Юрия Отрепьева. Их вывели на Лобное место, где они рассказали, что именно их Юшка назвал себя царем Димитрием. Однако с момента появления самозванца они его ни разу не видели, и все их свидетельства были малоубедительны для народа.
Новому царю срочно потребовался и новый патриарх. Вполне логично было вернуть в патриархи Иова, находившегося в Старице. Но против кандидатуры Иова решительно выступили Шуйские, которые имели с ним давние счеты. Первоначально Шуйские хотели пропихнуть в патриархи Пафнутия, но это была столь одиозная личность, что против него ополчилось большинство бояр и высшее духовенство. Недовольные Шуйским бояре и иерархи церкви решили возвести в сан патриарха митрополита Филарета. Почему-то никого не смущало, что всего лишь год назад он был простым монахом и в делах религии себя вообще никак не проявил. В вопросе с патриархом царю Василию пришлось уступить. Филарет был объявлен патриархом, об этом даже сообщили польским послам.
Но тут хитроумный Василий Иванович разыграл блестящую комбинацию. Он предложил канонизировать царевича Димитрия. Предложив канонизировать Димитрия и перенести его останки из Углича в Москву, царь Василий одним выстрелом убивал трех зайцев. Во-первых, согласно христианским верованиям, самоубийцу, даже невольного, нельзя сделать святым, поэтому всем придется признать, что Димитрий был зарезан, и этим скомпрометировать Годунова. Во-вторых, торжественное перезахоронение останков царевича, по мнению Шуйского, должно было покончить со слухами, что Димитрий жив. В-третьих, такое важное мероприятие было поручено патриарху Филарету. Филарет должен был привезти прах царевича в Москву. Затем у гроба произойдут великие чудеса, и церковь объявит Димитрия святым. И вот тогда произойдет официальное возведение Филарета в патриархи и венчание на царство Шуйского.
Итак, царь Василий решил на время убрать Филарета из Москвы. Как ни странно, это совпадало и с желанием самого Филарета, поскольку тот хотел иметь алиби. Шуйский и Романов стоили друг друга. Шуйский хотел возвести на патриарший престол архиепископа Гермогена, за которым в Казань был послан гонец еще 19 мая. Филарет же со своей стороны вкупе с Ф. И. Мстиславским готовил государственный переворот в Москве, имевший целью свержение царя Василия.