Между тем 4 апреля майор Ридигер из Илжи начал преследование Чаховского. Вечером Грелинский под прикрытием темноты ушел от Чаховского и оказался между отрядами генерала Ченгери и подполковника Эрнрота. 6 апреля он был разбит у деревни Брод. 10 апреля в лесу у деревни Стефанково на Чаховского напал отряд майора Донец-Хмельницкого. Майор Клевцов с двумя ротами и одним эскадроном выступил из Опатова 20 апреля, а 22-го около деревни Бория имел стычку с Чаховским, но в густом лесу попал в засаду и был убит. 24 апреля Чаховского настиг подполковник Несекин и начал у деревни Ржечнев теснить его арьергард. Когда несколько пуль попало в главные силы повстанцев, возникла паника и все бросились в Илжецкий лес.
Однако к 1 мая Чаховскому удалось вновь собрать и организовать большой отряд. Подчиненные ему паны Янковский и Кононович, не желая быть под его началом, после боя 2 мая с отрядом полковника Эрнрота в Рознишевских лесах ушли со своими людьми: Янковский — за Вислу, а Кононович — за Пилицу в Варшавском отделе.
Чаховский 14 мая имел стычку в Хрусцеховском лесу с отрядом полковника Булатовича из Радома, после чего ушел в Козеницкие леса. Его начал преследовать отряд полковника Суханина (три с половиной роты пехоты и один эскадрон конницы) и 30 мая настиг в лесах у деревни Ратай близ Вонхоцка. Но отряд Чаховского разбрелся по лесу, а сам предводитель, раненный пулей в руку, уехал в Краков.
После этого в Радомском отделе целый месяц не было ни одного повстанческого отряда, но летом они вновь появились. 27 июля Крук со своим отрядом напал на русский отряд в Жиржинском лесу. Пушечную пальбу из леса услышали в Казимерже, откуда немедленно выступил полковник Цвецинский. Но в Жиржинский лес он прибыл только после полудня, когда повстанцы уже ушли к Баранову и сожгли за собой мост на реке Вепрж. На следующий день Цвецинский сумел переправиться через реку и преследовал поляков Крука до деревни Радорицы, где повстанческий отряд разделился на группы, которые разошлись частью в Седлецкий уезд, частью — в Любартовские леса.
Зато полковники Еманов и Сологуб в Файславицком лесу 12 августа нанесли полякам сильное поражение. Повстанцы, попавшие между двух огней, после боя, продолжавшегося несколько часов, потеряли более двух третей убитыми и ранеными и 680 человек пленными.
В юго-западном крае, в Волынской губернии, в конце апреля появились шайки, перешедшие из Галиции. Затем они обнаружились в Киевской губернии, особенно в Васильковском уезде, в имении графов Браницких. В Подольской губернии восстания не было, главным образом из-за ее безлесья. В Киевском военном округе насчитывалось около 45 тысяч русских войск, и этого оказалось достаточно не только для подавления восстания в пределах округа, но и для помощи в сопредельных частях Люблинской и Гродненской губерний (отряды генерал-лейтенанта Рудановского и генерал-адъютанта графа Ржевуского на Волыни).
Местное население (украинцы) активно участвовало в истреблении шаек. Главным и наиболее многочисленным скоплением мятежников был отряд Ружицкого, сосредоточившийся близ местечка Полоннаго в Волынской губернии. После поражения у сел Мирополь (5 мая) и Миньковцы (10 мая) остатки этого отряда в ночь на 17 мая перешли в Галицию, где сдались австрийцам.
Последующие попытки крупных галицких отрядов вторгнуться в Волынскую губернию у местечка Радзивиллов (19 июня) и села Жджар (20 октября) закончились неудачно для мятежников. Вообще восстание было подавлено здесь быстро: со времени первого появления шаек (26 и 27 апреля) в Киевской губернии через восемь дней, а в Волынской — через двадцать дней не осталось ни одного вооруженного повстанца.
Одновременно с появлением вооруженных отрядов в Привислинском крае начали формироваться отряды и в соседней Гродненской губернии. У местечка Семятичи Вельского уезда образовался отряд Рогинского численностью до пяти тысяч человек. После боев 25 и 26 января с отрядом генерал-лейтенанта Манюкина (7 рот, 1 сотня, 4 пушки) отряд ушел, а отдельные его группы вернулись в Люблинский отдел.
В феврале появились повстанцы в Виленской губернии, а в первой половине марта — и в Ковенской. В Вильно из Петербурга приехал Сераковский, назвал себя Доленгом и сам себя провозгласил литовским и киевским воеводой. Он сформировал отряд, насчитывавший около трех тысяч человек, и направился встречать высадку на берегах Курляндии, которую затеял Центральный комитет, чтобы придать значение восстанию. Однако пароход, вышедший с польскими эмигрантами из Лондона, добрался только до порта Мальме в Швеции, где на него наложили секвестр. Сераковский так и не дождался высадки. Его отряд стоял в форте Кнебе среди большого густого леса к северу от местечка Оникшты Вилькомирского уезда.
Узнав о движении русских со стороны Вилькомира, повстанцы 21 апреля двинулись к местечку Биржи, на пути присоединив отряды Поневежского и Ново-Александрийского уездов.
22 апреля в Оникшты прибыл генерал-майор Гонецкий (пять с половиной рот, один эскадрон, 120 казаков). Чтобы отрезать повстанцев от Поневежских лесов, он направил майора Мерлина (полторы роты, 70 казаков) на деревню Шиманцы, а майора Гильцбаха (две роты, один взвод улан) в местечко Собоч. Остальные части Гонецкого 23 апреля перешли в Шиманцы. 25 апреля Мерлин настиг Сераковского (800 человек) у местечка Медейки, опрокинул его и начал преследование. Гонецкий соединился с Мерлином у Медеек.
26 апреля русский отряд обнаружил повстанцев у деревни Гудишки на хорошей лесной позиции. Гонецкий атаковал и быстро рассеял поляков, однако около трехсот человек успели присоединиться к находившейся невдалеке шайке ксендза Мацкевича. 27 апреля у деревни Ворсконишки шайка Мацкевича была разбита, ее остатки разбежались. Гонецкий возвратился в Медейки и в тот же вечер выслал конницу в Попель и Понедели. Кавалеристы захватили до 150 поляков пленными и ранеными, в их числе и самого Сераковского с его помощником Колышко.
Между тем Гильцбах 25 апреля настиг отряд в 500 человек у местечка Говенишки и рассеял его. 28 апреля Гонецкий двинулся обратно в Оникшты. На пути по Вилькомирскому уезду он очистил все окрестности от повстанцев.
В Ковенской губернии в апреле и мае 1863 г. восстание, поддержанное католическим духовенством и польскими помещиками, приняло большой размах.
В первой половине апреля появились первые небольшие отряды в Минской губернии (Траугута и Свенторжецкого), а затем в Витебской и Могилевской. 13 апреля у местечка Креславка близ Двинска шайка из местных помещиков под командованием графов Плятера и Миля напала на русский транспорт с оружием, но была разбита. В конце апреля повстанцы напали на местечко Горки Могилевской губернии и сожгли часть домов.
В Виленском военном округе находилось около 60 тысяч русских войск, но с февраля 1863 г. начали подходить подкрепления: восемь пехотных полков, два стрелковых батальона, восемь казачьих полков. Основная масса подошла в апреле и мае, а в августе были сформированы из резервных батальонов шесть пехотных дивизий (26-, 27-, 28-, 29-, 30– и 31-я). Назначенный в Вильно генерал-губернатором вместо Назимова М. Н. Муравьев прибыл 14 мая, а 24 мая вышла его «Инструкция для устройства военно-гражданского управления». Войска стали преследовать шайки до полного их истребления и водворения в данной местности спокойствия и порядка. Принятые энергичные, последовательные и хорошо продуманные меры быстро усмирили восстание. В конце июня действия войск Виленского округа ограничились поисками незначительных групп мятежников, скрывавшихся от преследования.