Пока в Баку правил Совет, самозваное мусаватистское правительство (Временный национальный Совет) заседало в Тифлисе, где оно 28 мая 1918 г. провозгласило Азербайджан независимым государством.
4 июня 1918 г. в Батуме между делегациями Азербайджана и Турции был заключен договор о мире и дружбе Азербайджанской Республики и Оттоманской Турции. Согласно статье Батумского договора Турция, выполняя свои союзнические обязательства перед Азербайджанским государством, 5 июня 1918 г. ввела в Гянджу (Елизаветполь) части 5-й турецкой дивизии под командованием Мюрсель-паши. 6 июня в Гянджу из Иранского Азербайджана прибыл семитысячные отряд Назим-паши. Азербайджанское правительство с помощью турецких офицеров, еще до этого времени находившихся в Гяндже под командованием Нури-паши, смогло в короткий срок сформировать Особый Азербайджанский корпус, объединенный с турецкими войсками в Кавказскую исламскую армию. Общая численность этой армии достигала 20 тысяч человек.
Мусаватистское правительство 16 июня 1918 г. переехало из Тифлиса в Гянджу, а 17 сентября – в оккупированный турками Баку.
5 октября 1918 г. Совет Министров Азербайджанской республики принял постановление о денационализации нефтяной промышленности, согласно которому нефтяные промыслы и заводы, корабли Каспийского торгового флота возвращались нефтяным фирмам и судовладельцам. Важным шагом правительства в аграрном вопросе была отмена декрета Баксовнаркома о земле. Земля признавалась нерушимой собственностью землевладельца.
Однако к этому времени песенка османов – покровителей мусаватистов – была спета. После захвата 15 сентября Баку советское правительство разорвало Брестский договор в части, касающейся Турции.
19 октября турецкий кабинет министров во главе с великим визирем Талаат-пашой, военным визирем Энвер-пашой и морским министром Джемаль-пашой ушел в отставку в полном составе. Новое турецкое правительство обратилось к Антанте с просьбой о перемирии.
27 октября начались мирные переговоры с Антантой. Они проходили в порту Мудрос на острове Лемнос. Вел переговоры командующий британским Средиземноморским флотом вице-адмирал С. Калторп. 30 октября 1918 г. в Мудросе, на борту анг-лийского броненосца «Агамемнон», была подписана капитуляция Турции. Формально она имела вид перемирия.
В первой статье предусматривалось открытие Черноморских проливов для Антанты. Суда Антанты могли свободно проходить в обе стороны и выходить в Черное море. По статьям 6, 9 и 12 все военно-экономические и стратегические центры страны подлежали оккупации Антантой. В статье 5 предусматривалась демобилизация всей турецкой армии, а контингент, могущий обеспечить хотя бы как факт суверенитет Турции, подлежал особому определению.
Антанта отказалась признавать какие-либо государственные образования, созданные с участием турок на Кавказе.
По Мудросскому перемирию Турция вывела свои войска из Закавказья, а мусаватистское правительство вновь драпануло в Гянджу. 17 ноября 1918 г. в Баку опять вошли англичане во главе с генералом В. Томсоном, объявившим себя военным губернатором Баку. Ф.П. Коккерель был назначен комиссаром полиции союзных держав в Баку, майор Браун стал управляющим транспортом Каспийского флота. Общая численность союзных войск в Баку составила 5 тысяч солдат.
При вступлении войск в Баку генерал Томсон, заметив, что на пристани вместе с флагами Англии, США, Франции, Италии вывешен и флаг Азербайджанской Демократической Республики, приказал тотчас же его убрать.
Приказом генерала Томсона в Баку вводилось военное положение до того момента, когда «гражданская власть окажется настолько сильной, чтобы освободить войска от ответственности за поддержание общественного порядка». С введением в Баку военного положения английское командование фактически всю административную власть в городе и в Бакинской губернии брало в свои руки. Вся судебная и исполнительная власть оказалась сосредоточенной в руках генерала Томсона. 29 ноября 1918 г. все торговые суда Каспийского флота перешли в распоряжение английского командования. За девять месяцев, с декабря 1918 г. по август 1919 г., англичанами было вывезено из Баку до 30 млн пудов нефти на сумму в 113,5 млн рублей.
Британское правительство равно не желало перехода Закавказья под контроль как большевиков, так и Деникина. Поэтому с декабря 1918 г. по август 1919 г. английским командованием в Баку постепенно были сняты все ограничения к деятельности азербайджанского правительства. Англичане сняли свой контроль с управления водного транспорта и нефтяной промышленности, вернули правительству также и право контроля над печатью. В споре Азербайджана и Армении о Карабахе, Зангезуре и Нахичевани английское командование взяло сторону азербайджанцев (декларация генерала Шатерворта, апрель 1919 г.) о распространении власти генерал-губернатора Хосров-бека Султанова на все уезды Карабаха и Зангезура и поддержке его англичанами. 4 июня 1918 г. между Турцией и Арменией был заключен «Союз мира и дружбы». Турки согласились признать само существование Армении под сильным нажимом правительства Германии, которое понимало, что вынимать из Закавказья нефть и другие полезные ископаемые можно только в условиях относительной стабильности.
Условия договора были крайне тяжелыми и унизительными для армян. Туркам передавались все железные и часть шоссейных дорог. Армении оставлялась только часть ее нынешней территории: Араратская равнина – Арагац Каракилиса – Севан. Ее армия сильно урезалась и должна была располагаться в местах, которые укажут турки.
Генерал Андраник Сасунский не подчинился диктату турок. Его небольшой отряд (2 тыс. человек при 9 горных пушках) двинулся на юг. С ним пошли свыше 20 тысяч беженцев-армян, опасавшихся турецкой расправы. От армянских общин Нахичевани, Зангезура, Карабаха к нему направлялись делегации, просившие взять их края под защиту. Ведь эти области не вошли в состав урезанной Армении. Их жители оказались брошены на произвол судьбы.
Андраник решил пробиться в советское Баку. 14 июля он направил телеграмму чрезвычайному комиссару по делам Кавказа Степану Шаумяну, в которой говорилось, что Нахичеванский уезд «объявил себя неотъемлемой частью Советской Республики», и сам он со своим отрядом переходит в распоряжение и подчинение Центрального Российского правительства.
Об этой телеграмме турки, конечно же, узнали, что вызвало среди них сильный переполох. 17 июля Энвер-паша издал приказ: «Для установления нашей власти на Кавказе мобилизуйте всех магометан, умеющих обращаться с оружием. Закройте все дороги… перед Андраником, чтобы он со своим отрядом не смог прийти на помощь Степану Шаумяну… Если эти две силы объединятся, завоевание Баку будет уже невозможным». И на Нахичевань были спешно брошены две дивизии во главе с Залил-беем и Али-Мурад-беем. 19 июля, после ожесточенных боев, турки захватили Нахичевань и Джульфу. Андранику Сасунскому пришлось отступить в горы Зангезура.
Когда Андраник узнал о капитуляции Турции, он немедленно стал готовиться к походу на Шушу с целью освобождения Карабаха. Однако английский генерал Томсон прислал армянскому генералу ультиматум с требованием прекратить боевые действия.