Такая близость с крестоносцами не могла ни привлечь внимание католической церкви. Папа римский, понимая трудное положение Киликии, вынужденной постоянно сражаться, стал предлагать свое покровительство в обмен на слияния армянской церкви с католической. Леон остался глух к этим предложениям. В это время пограничные споры с захваченной крестоносцами соседней Антиохией закончились миром и брачным союзом дочери Леона Алисии с Раймондом – сыном правителя Антиохии Боэмунда Тарентского. Но после смерти Раймонда, а затем Боэмунда разгорелись династические споры между Рубеном, сыном Алисии, и Рубеном Одноглазым, младшим сыном Боэмунда. В союзе с рыцарями Ордена Тамплиеров Рубен Одноглазый объявил войну Леону, поддержавшего права своего внука. Папа римский, поддержав противника Леона, отлучил киликийского царя от церкви. Но ничто не помогло. Леон быстро направился в Антиохию и отстоял права внука.
Рубен Одноглазый, заручившись новым союзом иконийского султана, двинулся вслед Леону. Леон быстро отбросил союзников от своих границ и окончательно утвердил права своего внука в Антиохии в 1211 г. После смерти Леона II в 1212 г. престол перешел к его несовершеннолетней дочери Изабелле. Муж Изабеллы Хетум I (1226 г.) стал правителем Киликии.
В это время в Малой Азии появилась новая сила. Монголы, стремительной лавиной спустившись по течению Куры, вытеснили турок из Великой Армении, заняли часть Сирии, Месопотамии, Кападокии и стали соседями Киликии. Хетум поспешил поднести хану Бату дары и заключил с ним договор о мире и дружбе.
Так, Киликия, защищенная новым союзом от турок и греков, могла спокойно заниматься своими внутренними делами. Между тем престол монгольского государства Хулагидов вступил внук Чингиз-хана Менгу-хан (Великий хан). Теперь Хетум сам отправился в Орду для поздравления и подношения даров. Менгу-хан подтвердил союз монголов с Киликией.
Как союзник монголов, Хетум участвовал в походе Менгу-хана против сарацин (египетских арабов, потомков Сарры). Вернувшись из похода, Хетум обнаружил, что иконийский султан Эддин захватил несколько киликийских городов. С помощью монголов царь Киликии не только вернул эти города, но и приобрел новые, а также, разбив алепского султана Мелек-Назара, присоединил к Киликии его столицу город Алеппо и часть его земель.
После смерти Менгу-хана в Орде начались внутренние беспорядки. Встал вопрос о выборе нового хана. Не желая пропустить такое важное для Киликии событие, Хетум отправился в Орду. В его отсутствие в Киликию вторгся египетский султан Бибарс. Мстя за участие Хетума в походе на Египет, он разорил Киликию, а старшего сына Хетума Леона взял в плен. Младший же, Торос, погиб в бою.
Предчувствуя подобный поворот событий, Хетум перед своим отъездом в Орду уступил папским легатам и подписал акт о соединении армянской и католической церквей. Этим он хотел приобрести мощного союзника в лице Рима. Но, вернувшись из Орды и выкупив сына, он прекрасно понял, что судьба Киликии мало волнует Папу. Аннулировав в одностороннем порядке акт договора, Хетум оставил трон сыну Леону III (1269–1288) и постригся в монахи. Леон направил все свои силы на восстановление страны, развитие ее культуры, учреждение школ. Тысячи переписчиков при монастырях и церквях трудились над переписыванием древних рукописей, составлением летописей.
Новое нашествие Бибарса (1275 г.), нарушившего мирный договор с Хетумом I, застало Леона врасплох. Он вынужден был бежать в Таврские горы, а мамелюки (воины-невольники, отличались прекрасной военной выучкой и особой жестокостью) разграбили город Тарс и захватили множество пленных. А после их ухода в стране началась эпидемия чумы. Вслед за этим Бибарс вновь появился в Киликии (1277 г.), но армяне на этот раз были готовы к битве. Они разгромили войска Бибарса, а он сам от полученных ран умер в Дамаске.
Как союзник татар, Леон принял участие в новом походе Орды в Египет. Но поход оказался очень неудачным, союзники потерпели поражение у города Хамса. В результате этого поражения Леон потерял и часть своих земель.
После смерти Леона III трон перешел его старшему сыну Хетуму II (1288–1293). Желая найти сильного союзника на Западе, Хетум возобновил переговоры с Папой Бонифацием VIII. Но римско-католическая церковь переживала трудный для себя период, когда власть королей настолько усилилась, что с Папой считались только в делах церковных. О политическом союзе киликийские послы отправились договариваться во Францию к Филиппу Красивому, чье влияние было особенно сильно в Европе. Прежде, чем посольство прибыло в Париж, египетский султан Мелек-Эддин напал на Киликию. Хетум заключил с ним договор, уступив несколько городов. После этого царь сложил с себя полномочия в пользу брата Тороса III (1293–1295) и ушел в монастырь.
Но через два года Хетум решил вернуться на трон и заключил дружественный договор с татарами. Он выдал замуж двух своих сестер: Марию – за сына греческого императора Андроника, Михаила, а Изабеллу – за брата кипрского короля Амори Лузиньяна. После этого он вторично отказался от трона в пользу другого брата Смбата I (1296–1298). Но через год Хетум вновь передумал и пожелал вернуться на трон. Однако Смбат же оказался не таким уступчивым, как Торос, и отказался вернуть корону. Оскорбленный Хетум стал искать союзников, чтобы силой вернуться на трон. Узнав от этом, Смбат приказал схватить и ослепить Хетума, а Тороса убить.
Возмущенный жестокостью брата, в защиту Хетума выступил младший из братьев Константин. Он вернул трон слепому Хетуму, который «в знак благодарности» тут же отправил его в Константинополь вместе с Смбатом и просил императора удерживать братьев при себе.
После третьего своего воцарения, Хетум в союзе с татаро-монголами принимал участие в войнах с сарацинами в Сирии, и как верный союзник в виде почетного дара отправил в Орду злейшего ее врага, дамасского эмира, плененного армянами. Но союз с Ордой продолжался только до принятия татарами мусульманства (около 1303 г.). После этого бывшие союзники вторглись в Киликию и целый год разоряли ее.
В это же время (1300 г.) султан Осман, один из предводителей турецких племен, вторгшийся в Армению во времена завоеваний Чингисхана, значительно укрепив свои позиции, основал вторую турецкую монархию у берегов Мраморного моря.
На киликийский престол взошел Леон IV (1305–1308), племянник Хетума II.
Понимая всю тяжесть положения небольшой христианской Киликии, окруженной мощными мусульманскими державами, Леон стал активно искать союза с Папой. Состоявшийся собор Армянской Церкви в городе Сисе даже обсуждал возможность внесения некоторых изменений в богослужение. Но сейчас Риму уже было мало соединения Церквей, он стал требовать и полной политической зависимости Киликии. Это вызвало сильное недовольство народа, вылившееся в мятеж, который стоил Леон VI жизни. Ему наследовал его брат Ошин I (1308 г.).
Он подавил мятеж и продолжил поиски компромиссных путей для союза с Западом, ведя переговоры сначала с Папой Клементом V, а затем с его преемником Иоанном XXII и королем Франции Филиппом V. Вслед за Ошином, на престол Киликии взошел его десятилетний сын Леон V. Юный возраст киликийского царя мало способствовал усилению страны. Разорительные набеги мамелюков, а затем и турок превратили киликийские города в развалины. Ища хоть какой-то передышки от набегов, армяне заключили пятнадцатилетнее перемирие с ежегодной выплатой дани мамелюку Мелек-Назару.