Туркмены стали разводить скот на равнинной территории Грузии. Цветущие сады и виноградники превратились в пастбища для скота. Серьезная опасность нависла и над Картли. Фактически вся Восточная Грузия оказалась под угрозой уничтожения. Народ не мог этого больше терпеть и поднял восстание.
Во главе восстания стояли: Заал Эристави, Бидзина Чолокашвили, Шалва и Элизбар — ксанские эриставы. В восстании принимали участие: тушинцы во главе с Зезвой Гаприндаули, хевсуры под предводительством Надира Хошараули и пшавы во главе с Гоголаури.
Туркмены имели два укрепленных пункта — Бахтрионскую крепость и собор Алаверди, превращенный ими в крепость. Восстание началось в 1660 г. Войска арагвских эриставов и ксанских эриставов соединились в Ахмета. У Бахтроинской крепости собрались тушинцы, пшавы и хевсуры. Кахетинцы во главе с Бидзиной Чолокашвили подступили к Алавердской крепости. Грузины одновременно атаковали обе крепости и взяли их. Туркмены были разбиты наголову. Оставшиеся в живых туркмены обратились в бегство. Кахетия была спасена от физического уничтожения. По приказу разъяренного шаха Вахтангу V пришлось казнить Заала Эристави. Шалва, Элизбар и Бидзина сами явились к шаху, чтобы отвести от страны возможное карательное нашествие иранцев. Шах Аббас II передал руководителей восстания туркменам, соплеменники которых были уничтожены в Кахетии.
18 сентября 1662 г. туркмены учинили зверскую расправу над героями восстания. Впоследствии прах принесших себя в жертву грузин был захоронен на родной земле в монастыре Икорта. Грузинская церковь причислила их имена к лику святых.
Во время Бахтрионского восстания картлийским царем был Вахтанг V. Еще при жизни картлийского царя Ростом-хана Вахтанг отправился в Иран, принял мусульманство и стал называться Шахнавазом.
В 1658 г. картлийский царь Вахтанг продолжил политику Ростома. Своей показной покорностью шаху Вахтанг пытался сохранить с ним мирные отношения, что создавало нормальные условия для развития страны. После Бахтрионского восстания Вахтангу подчинилась и Кахетия.
Тем временем в Грузию из России вернулся внук Теймураза Ираклий, который попытался завладеть Кахетией, но был разбит Вахтангом V. Ираклий укрылся в крепости Торга, которая долгое время была осаждена картлийским царем Вахтангом. Вахтанг дал ему возможность бежать из осажденной крепости. Причина такого «великодушного» поступка была та же, что и тогда, когда Ростом-хан отпустил Теймураза, поэтому-то и шел шах на уступки Вахтангу V. К тому же Вахтанг не хотел портить отношений с Россией, а Ираклий был сторонником России. Побежденный Ираклий вновь вернулся в Россию.
В 1664 г. шах утвердил царем Кахетии Арчила (Арчил принял мусульманство и стал называться шах-Назар-ханом). В период его царствования Кахетия экономически окрепла, стали восстанавливаться церкви, строились новые сооружения. Удалось частично пресечь набеги лезгин. Несмотря на это, кахетинские тавады [10] не признавали Арчила законным царем, так как он был картлийским Багратиони; по этой причине Арчил женился на внучке Теймураза I — сестре Ираклия Кетеван.
В 1674 г. Ираклий вернулся из России в Кахетию. Вскоре шах вызвал его к себе. Арчил решил, что шах намерен утвердить Ираклия на царский трон в Кахетии, поэтому не спросившись отца покинул Кахетию и попытался воцариться в Имерети.
Шах бдительно следил за этими событиями. Он вызвал к себе Вахтанга V, который оставил своего сына Георгия правителем Картли, а сам отправился в Иран. В 1675 г. Вахтанг V скончался на пути в Иран.
По смерти Вахтанга V, сына царевича Теймураза, Картли досталась его сыну Арчилу. Однако его выгнали персы, а взамен поставили другого сына Вахтанга — Георгия. Обиженный Арчил послал в 1680 г. посольство к царю Федору Алексеевичу, прося дозволить ему с детьми приехать в Россию. Царь послал для охраны Арчила стрелецкого сотника с восемьюдесятью стрельцами. 30 апреля 1683 г. Арчил прибыл в русскую крепость Терки, где получил царскую грамоту о принятии его в российское подданство и позволении жить в городе Терки. В 1684 г. Арчил отправил своих детей Александра и Мамука (Матвея) в Москву, а в следующем году заявился туда сам. Арчил просил царей Ивана и Петра Алексеевичей дать ему войско, чтобы восстановить власть в Картли, но из-за войны с турками ему было отказано.
«После сего ответа царь Арчил с детьми поехал обратно в Грузию, но царица оставалась в Москве. Арчил приехал в Осетию, оставил там детей и, собрав несколько осетинскаго войска, пошел на Имеретию, с тем чтобы выгнать оттуда царя имеретинскаго Александра. Сперва покушение сие было неудачно, и дети его претерпевавшие крайную нужду возвратились в Москву, наконец, в 1691 году Арчил завладел столичным городом Кутайсом. Но не более 13-ти месяцев удержался там и выгнан был турками, а Александр по-прежнему вступил в правление имеретинскаго царства. По многом странствовании Арчил возвратился, наконец, в Москву (в 1699 году), где жил до смерти своей, последовавшей в 1713 году.
По смерти Георгия царя карталинскаго поставлен был от шаха персидскаго ханом Хозрой, племянник Георгиев, а по нем в 1703 году Вахтанг V. Сей царь содержан был семь лет под стражею в Испагане за отвержение магометанскаго закона, а между тем в Карталинии царствовал брат его Иессей два года, да сын Банарь пять лет. По освобождении своем (в 1719 году) он принял опять правление, но персияне, выгнав его, отдали Карталинию Константину, царю кахетинскому. Частыя перемены тогдашних персидских шахов, внутренния раздоры Персии и нападения от афганцев не подавали никакой надежды Вахтангу оставатся спокойным в Грузии. Сверх того (в 1723 году) напали на Грузию еще и турки, завладели всеми ея землями и поставили своих пашей.
В сих обстоятельствах Вахтанг решился в 1724 году с детьми, с пятью епископами, пятью архимандритами и со всею свитою своею переселится на жительство в Россию.
Таковое гибельное состояние Грузии не прежде кончилось как в 1732 году по заключению мирнаго трактата между Персиею и Грузиею или лучше сказать в 1736 году с возшествием на престол Софиев шаха Надыра, прозваннаго Тахмас кули ханом. От него поставлен был царем кахетинским и карталинским царевич Теймураз сын царя Николая Давыдовича, умершаго в плену в Казбине. Сверх того шах Надир отдал ему два небольшия татарския владения, назвываемыя Борчалы и Казахи».
Несколько царей, спасаясь от персидских и турецких поработителей, в разное время бежали в Россию: Арчил II (Имеретинский) — в 1699 г., Вахтанг VI (Карталинский) — в 1722 г. и Теймураз II (Кахетинский) — в 1761 п Они оставались в России до конца своих дней, непрерывно моля русских царей о принятии подвластных им народов в состав России.
Персидские шахи часто использовали картлийские войска в качестве наемников. Так, по указанию шаха две тысячи воинов-картвелов вместе с царем Георгием IX воевали в Афганистане. В 1709 г. они вместе с царем были перебиты афганским князем Мир-Вейсом. Новым царем Картли шах назначил племянника Георгия IX Кайхосро.