Весной 1891 г. началось строительство на Уссурийской линии, работы возглавил инженер О.П. Вяземский.
В 1893 г., с двухлетним опережением запланированного срока, правительство открыло финансирование строительства Средне-Сибирской дороги. Это было весьма своевременно, так как освободились рабочие и специалисты, завершившие в сентябре 1892 г. линию Златоуст—Челябинск, да и местное население страдало от неурожая и нуждалось в приработке.
Важным событием стало строительство моста через Обь. Рядом с мостом возник поселок, превратившийся потом в город Новосибирск. Средне-Сибирская железная дорога начиналась от восточного устоя моста и завершалась в Иркутске. Она была удалена от транспортных коммуникаций, при строительстве ее не хватало рабочих, и поэтому часто применяли труд каторжников. Из Центральной России приходилось доставлять не только рабочих, но и оборудование и материалы.
Барьерными объектами были и другие крупные реки, через которые пришлось сооружать большие мосты, в том числе длиной 515 м через Томь и еще более длинный — 950 м через Енисей.
Летом 1896 г. приступили к работе на участке от Иркутска до Байкала. В постоянную эксплуатацию эта часть Транссиба была принята в 1901 г. Из-за сложности рельефа, дальности подвоза и других причин перерасход средств при сооружении этого участка достиг 16 млн. руб., и километр дороги обошелся в 90 тыс. руб. По озеру от пристани Лиственничная была налажена паромная переправа до пристани Мысовая. Дальше дорога шла на Верхнеудинск.
Подвижной состав перевозился мощными паромами-ледоколами «Байкал» и «Ангара», которые регулярно курсировали на 73-километровой переправе. Такой смешанный способ транспортировки оказался впоследствии недостаточно эффективным, что особенно проявилось в период передислокации войск и военной техники на Дальний Восток. Это заставило ускорить рассмотрение вопроса об окончательных изысканиях и строительстве Кругобайкальской железной дороги.
Еще в 1891 г. рассматривалось два варианта обхода озера Байкал— северный и южный. Северный был более простым. Однако экспедиция О.П. Вяземского установила, что южный вариант, несмотря на его сложность, все же предпочтительнее, так как местность здесь лучше обжита. Поэтому остановились на нем. Трасса проходила по скалистому берегу, огибая Байкал.
На Кругобайкальской железной дороге длиной в 260 км построили 39 тоннелей общей протяженностью 7,3 км, 14 км подпорных стен, 47 предохранительных галерей, виадуки, волнорезы, многочисленные мосты и трубы. Эта дорога уникальна по концентрации разнообразных искусственных сооружений. Она представляет собой как бы наглядную энциклопедию инженерно-строительного искусства. Объем земляных работ при сооружении дороги составил свыше 70 тыс. кубометров на один километр. Не случайно эту линию сооружали шесть лет. Самоотверженный труд строителей позволил в 1905 г. (на год раньше срока) начать регулярное движение поездов. В то же время паромная переправа просуществовала еще почти 20 лет. Для этого соорудили новую пристань Баранчук близ станции Байкал.
После Забайкальской дороги (Мысовая—Сретенск) вначале предполагалось строить Амурскую. В соответствии с этим в 1893–1894 гг. произвели изыскания от Сретенска до станицы Покровская на Амуре и далее до Хабаровска. Однако сложность условий, суровость климата, а главное, занятие Россией Порт-Артура, заставили принять другое решение — вести железную дорогу к Порт-Артуру и Дальнему.
В конце 1895 г. по инициативе министра финансов С.Ю. Витте был основан Русско-Китайский банк. Он был учрежден группой французских банков и Петербургским международным банком под покровительством русского правительства, которое обеспечивало своими представителями руководящее положение в правлении. Устав банка предусматривал самые разнообразные операции на Дальнем Востоке. Помимо обычных банковских функций, имелось в виду финансирование китайских властей, хранение налоговых поступлений, получение железнодорожных и иных концессий на всей территории Китая. Банк имел специальный фонд для подкупа китайских сановников.
В середине 1890-х годов между империалистическими державами началась жестокая борьба за право постройки железных дорог вКитае. Наиболее активно действовали финансовые группировки Англии, Франции и США. Каждую финансовую группу поддерживало свое правительство. Тут опять следует учитывать китайскую специфику. Концессии на строительство железной дороги в Китае предусматривали не только ассигнование средств, создание технического проекта железной дороги и получение дивиденда. В случае постройки дороги управляющий и технический персонал будет состоять в основном из граждан страны, которой будет передана концессия, а для охраны железной дороги будут введены или иностранные войска, или китайская охрана, вооруженная и контролируемая руководством железнодорожной компании.
Банковский синдикат США предложил китайскому правительству грандиозный проект железной дороги Кантон—Ханькоу—Пекин и далее, через Манчжурию, до соединения с русской Транссибирской магистралью.
Министру финансов Витте удалось склонить Николая II к поддержке русского проекта Китайско-Восточной железной дороги (КВЖД).
Витте предлагал провести новую железную дорогу по территории Китая. Идея кратчайшего пути на Дальнем Востоке или идея «спрямления» не была нова. Еще в 1887 г. адмирал Копытов предлагал вести эту дорогу из Иркутска на Кяхту и из Кахты через Цицикар и Гирин к Владивостоку. В 1891 г., при открытии работ на Южно-Уссурийском участке этот вопрос был поднят снова. И вот в феврале 1895 г. Витте подал в МИД записку, в которой указывал на неудобства участка Сибирской железной дороги, шедшего вдоль дуги, образуемой рекой Амур. При этом направлении дорога не только значительно удлинялась, но и само строительство дороги, особенно на участке между Сретенском и Рейновой, сталкивалось со значительными техническими трудностями. Признавая необходимым во всяком случае довести Забайкальский участок железной дороги до Сретенска, откуда река Шилка становилась судоходной, Витте предлагал затем обойти Амурскую дугу. Новая линия должна была идти от одной из станций к западу от Нерчинска до Ново-Цурухайтуйского караула, оттуда — на Мергень, а далее — по готовой скотопрогонной дороге от Мергеня до Амура несколько ниже Благовещенска, где она и должна была соединиться с ранее проектируемой Амурской линией.
Полковник Стрельбицкий, только что вернувшийся из экспедиции по Маньчжурии, сообщил, что такое направление дороги в пределах Маньчжурии не встретило бы никаких серьезных технических трудностей. К тому же даже по приблизительным подсчетам длина пути сокращалась почти на 400 верст.
Обстановка, сложившаяся на Дальнем Востоке после успешного вмешательства трех держав в условиях Симоносекского договора, изменила намерения Витте, и во всеподданнейшем докладе от 30 октября 1895 г. он говорил о направлении железной дороги не на Благовещенск, а через всю Маньчжурию по направлению к Владивостоку.
Британская разведка, видимо, что-то пронюхала о планах Витте, и 13 октября 1895 г. в газете «Таймс» со ссылкой на «надежный источник» в Гонконге была опубликована статья о русско-китайском договоре. Согласно его условиям Россия получала право якорной стоянки флота в Порт-Артуре, право строительства и ввода в действие железнодорожных линий Нерчинск—Цицикар—Владивосток и Цицикар—Порт-Артур под русским управлением, а также другие торговые выгоды, к которым неприменимо понятие наибольшего благоприятствования. Китай оговаривал за собой право выкупа железнодорожных линий через 20 лет, причем размер суммы будет установлен по взаимному соглашению позднее.