Китайское войско быстро покинуло район Албазина и не успело снять урожай зерновых. Тем временем нерчинский воевода Власов выслал на помощь Толбузину отряд казаков под командованием обрусевшего шотландца Афанасия Байтона. Толбузин вернулся, собрал урожай зерновых и восстановил крепость Албазин.
7 июня 1686 г. Лань-Тань вновь появился под стенами Албазина с восьмитысячной армией и четырьмястами осадными орудиями. Причем осадной артиллерией китайцев командовал… монах-иезуит француз Вербье. В первые же дни обороны Албазина пушечным ядром был смертельно ранен Толбузин. Вместо него командование принял Афанасий Байтон.
Шотландский казак и его команда дрались отчаянно и отбили все приступы китайцев. Однако из-за нехватки продовольствия у оборонявшихся началась цинга, и к апрелю 1687 г. численность албазинского гарнизона уменьшилась до 82 человек. Тем не менее Байтон продолжал держать оборону крепости.
Тем временемиз Москвы на выручку Албазина прибыл окольничий Федор Головин с кнутом и пряником — с войском и со статусом «великого полномочного посла». Головин вступил в переговоры с Лань-Танем, и 6 мая 1687 г. осада с Албазина была снята. В августе того же года китайское войско ушло к Айгуну. К концу осады в Албазине в живых остались лишь Байтон и двадцать казаков.
В августе 1689 г. под стенами крепости Нерчинск начались переговоры Головина с китайскими послами. В составе китайской делегации были и отцы иезуиты — испанец Перейра и француз Жербильон. Иезуиты служили переводчиками и консультантами у китайцев.
Переговоры начались с жалобы Головина на китайское правительство, начавшее войну, он потребовал, чтобы боевые действия немедленно прекратились и китайцы вернули бы все награбленное. Китайцы же ответили, что казаки во главе с Хабаровым пришли в Китайскую землю, построили Албазин и притесняли китайских ясачных людей. Богдыхан послал войско, взял Албазин, но воеводу Толбузина китайцы отпустили, потому что он обещал назад не возвращаться и нового города не строить. Обещание это не было исполнено. Тогда богдыхан опять послал войско на Албазин, но как только узнал о приближении русского посла для переговоров, велел войску отойти. По его убеждению, земля, на которой построен Албазин, и вся Даурская страна принадлежит Китаю.
Головин возразил, что если были какие обиды со стороны русских людей, то богдыхану следовало об этом дать знать великому государю, как это принято у всех народов, а не начинать войну. Земля, где построены Албазин, Нерчинск и другие острожки, богдыхану никогда не принадлежала, а принадлежит русскому государству, и жившие на ней ясачные люди платили ясак русскому государю, а если кто и платил ясак богдыхану, то делал это поневоле, потому что места эти в то время были далеко от русских городов. А когда русские люди построили Албазин, Нерчинск и другие острожки, то даурские жители стали по-прежнему платить ясак великому государю.
Китайцы настаивали, что землями от Байкала до Амура русские никогда не владели, а владел ими богдыхан, так как земли эти принадлежат Монгольскому хану, а все монголы — китайские подданные.
Дело дошло до точного определения границ. Головин сказал, что граница должна проходить по Амуру до самого моря, по левую сторону от Амура — русская земля, по правую — китайская. Китайцы же утверждали, что река Амур во владении богдыхана со времен Александра Македонского. Головин отвечал, что разыскивать старые хроники не стоит, потому что после Александра Великого многие земли разделились под державы разных государств. Китайцы, оставив Александра Македонского в покое, упорно продолжали настаивать на границе по Байкалу, в противном случае грозясь пойти войной на Албазин. Головин заметил им, что во время переговоров не принято грозить войной, а если китайцы хотят войны, то пусть прямо об этом и объявят. Это Головин велел перевести на монгольский язык, заподозрив, что иезуиты, переводя с латинского на китайский, многое прибавляют от себя. Подозрение это подтвердилось, китайцы отвечали, что они говорили только о границах, а о войне не было сказано ни слова.
Но и на монгольском языке китайцы твердо стояли на границе по Байкалу. Головин предложил границу по реку Быструю. Китайцы предложили границу по Нерчинск: левый берег вниз по Шилке до Нерчинска — русский, а правый берег до реки Ононы и сама Онона по реку Ингоду — китайские. На этом китайцы стали требовать прекращения переговоров. Тогда Головин предложил границу по реку Зею. Китайцы только похихикали и отказались.
Тем временем к Нерчинску подошло многочисленное китайское войско. По приказу Головина стрельцы и казаки заняли боевые позиции перед острогом. Как позже доносил Головин: Hepчинский острог «был очень мал и худ, и к воинскому промыслу безнадежен — многие бревна погнили…»
Наконец 29 августа 1689 г. в Нерчинске был подписан договор с Китаем. Головину пришлось уступить. Граница была проведена по реке Аргунь. Город Албазин предписывалось разорить до основания. Но от Амура до реки Уды, впадающей в Охотское море, граница была проведена весьма условно. Дело в том, что на территориях севернее Амура, формально отошедших к Китаю, не было ни русских, ни китайцев. Мало того, обе стороны даже не имели нормальных карт этих территорий.
Русско-китайские отношения в Восточном Туркестане, то есть в районе современной границы Казахстана и КНР, отечественные историки всегда обходили стороной. В чем-то они были правы: ситуация там всегда была сложной, а любые оценки ее — спорными.
В 1635 г. в этом районе возникает Джунгарское ханство, основанное рядом калмыцких племен. Во главе его ставится Батур. В годы правления хана Галдана Церена (1727–1745) Джунгарское ханство вело непрерывные войны с Китаем за обладание Тибетом и Монголией. Лишь в 1739 г. Галдан заключил мир с Китаем, по которому граница между обоими государствами прошла от озера Усбанор на юг по восточным отрогам Монгольского Алтая.
После смерти Галдана Церена в 1745 г. в Джунгарии началась длительная междоусобная война за ханский престол. В течение чуть более 10 лет в Джунгарии сменилось шесть ханов. Постоянные междоусобные войны привели к распаду ханства и массовой миграции его жителей.
В 1755 г. двухсоттысячная китайская армия вступила в пределы Джунгарии и вскоре заняла большую часть ханства. Но уже к концу года здесь повсеместно вспыхнули восстания против захватчиков. В следующем, 1756 г. в Джунгарию вступает новая четырехсоттысячная китайская армия. Китайцы беспощадно вырезали целые города и селения. В середине лета 1757 г. началось антикитайское восстание в Монголии. В августе китайские войска были отозваны из северного Прибалхашья и брошены на подавление этого восстания.
Джунгария как самостоятельное государство перестала существовать. Огромное количество населения было перебито, еще больше умерло от свирепствовавшей оспы, многие были уведены в плен. Только малая часть калмыков (30–40 тыс. человек) спаслась бегством в Россию, где они нашли приют у своих единоплеменников в Прикаспии.
Однако китайские императоры по-прежнему считали Джунгарию своей. Четкой границы между Джунгарией и Россией не было.