Одновременно Японии удалось навязать России рыболовную конвенцию, согласно которой японским подданным было предоставлено право ловли рыбы, водорослей и морских млекопитающих, за исключением морских бобров и котиков. Лов и обработка продуктов моря могли производиться на особо выделенных для этой цели рыболовных участках, сдаваемых в аренду с торгов. Японцы, арендовавшие рыболовные участки, получали право пользоваться береговым пространством в пределах этих участков для обработки и хранения продуктов лова, починки судов, снастей и т. д. Русские рыбопромышленники на Дальнем Востоке, в свою очередь, получали право беспошлинного ввоза рыбы в Японию. Замечу, что они не могли составить серьезную конкуренцию японцам. Срок действия конвенции устанавливался в 12 лет.
Огромный материальный ущерб нашей стране наносили японцы, практически бесконтрольно ловившие морского зверя и рыбу в территориальных водах России — в Японском, Охотском и Беринговом морях. Вывоз рыбы японцами с русского Дальнего Востока только за 1907–1911 гг. возрос в три раза: с 2 млн. пудов в 1907 г. до 6,3 млн. пудов в 1911 г. Соответственно возросла и стоимость вывезенной рыбы: она увеличилась с 2,8 млн. иен в 1907 г. до 7,2 млн. иен в 1911 г. Значительная часть рыбы вывозилась для продажи в Китай и Корею.
Рыбоконсервные заводы на Камчатке почти полностью стали собственностью японских предпринимателей. К 1917 г. они давали до 500 тыс. т рыбной продукции. Только в районах Камчатки японские рыбопромышленники имели до двухсот шхун и несколько пароходов, вели меновую торговлю (торговали спиртным), оставляя на зиму своих агентов в камчатских селениях. В 1911 г. японские власти даже поставили вопрос об открытии на Камчатке японских школ.
Несмотря на ориентацию Военного ведомства на войну с Германией, в Приамурье и Приморье в 1907–1914 гг. все же был проведен ряд оборонительных мероприятий. Так, продолжалось строительство береговых и сухопутных укреплений в районе Владивостока; на Амуре была создана самая мощная в мире военная речная флотилия в составе 8 башенных мониторов типа «Шквал» и 9 канонерских лодок типа «Бурят» и «Зырянин», а также 10 посыльных судов (фактически бронекатеров) типа «Пуля». Все они к 1910 г. были введены в строй.
В сентябре 1912 г. в Приамурье были проведены первые двусторонние маневры с участием войск Приамурского военного округа и кораблей Амурской флотилии. Войска и корабли отрабатывали задачи по посадке подразделений на суда, по перевозке и высадке их на берег, по поддержке сухопутных войск огнем судовой артиллерии.
После заключения Портсмутского мира большинство крупных кораблей Владивостокской эскадры, а также интернированные корабли ушли на Балтику. В составе Сибирской флотилии, базировавшейся во Владивостоке, остались лишь крейсеры «Аскольд» и «Жемчуг». Кроме них к 1 августа 1914 г. в составе этой флотилии состояло 3 миноносца водоизмещением по 350 т. («Беспощадный», «Бодрый» и «Бойкий») и 9 миноносцев водоизмещением по 297 т («Инженер-механик Анастасов», «Лейтенант Малеев», «Сердитый», «Скорый», «Смелый», «Статный», «Твердый», «Точный» и «Тревожный»), а также канонерская лодка «Манчжур».
Силы Сибирской флотилии были ничтожны по сравнению с японским флотом, но у русского правительства не было желания усиливать ее. В 1913 г. для Сибирской флотилии в Данциге (Германия) было заложено два легких крейсера: «Адмирал Невельской» и «Граф Муравьев-Амурский», но с началом войны они были конфискованы и включены в состав германского флота. В начале 1914 г. русское Морское министерство планировало начать переброску крупных боевых кораблей на Дальний Восток в 1917–1918 гг., после ввода в строй линкоров-дредноутов типа «Севастополь» и тяжелых крейсеров типа «Измаил».
Особое внимание уделялось постройке новых и модернизации старых железных дорог. В конце 1906 г. было начато строительство Амурской железной дороги от станции Куэнга (на р. Шилке между Нерчинском и Сретенском) до Хабаровска. Уссурийская же железная дорога длиной 766 км, соединившая Хабаровск и Владивосток, вошла в строй еще в 1897 г. Таким образом, Приморье должно было связываться с Европой по железным дорогам, проходившим исключительно по территории Российской империи. Длина Амурской трассы составляла 2000 км (точнее, 1999 км). Дорогу строили, как и подавляющее большинство русских железных дорог, за казенный счет.
Строительство дороги было разделено на три участка: западный, средний и восточный. Западный участок от Куэнги до станции Керак (1044 км) был введен в строй в 1913 г. В следующем году поезда пошли по среднему участку длиной 675 км от Керака до станции Малиновка на реке Бурее. Последний участок дороги протяженностью 497 км — от Малиновки до Хабаровска — оказался самым трудным. На участке было устроено 8 двухпутных тоннелей. Самый длинный, в 1,5 км, был пробит через скалы Хангана. Через Амур у Хабаровска построили мост длиной 2590 км. Окончательно Амурская железная дорога была введена в строй в 1915 г. Теперь поезда от Петрограда до Владивостока шли без захода на китайскую территорию.
Параллельно со строительством Амурской железной дороги шла модернизация Транссибирской магистрали. К 1909 г. ее центральная часть, от Омска до Иркутска, стала двухпутной. Средняя скорость пассажирских поездов на Транссибе возросла до 40 км/час, а товарных — до 24 км/час.
В 1906 г. началось строительство железной дороги Омск — Тюмень длиной 550 км. Планировалось, что при пропускной способности до 40–48 пар поездов в сутки Транссибирская двухпутная дорога в Омске приобретет два однопутных выхода в сторону Москвы с пропускной способностью до 20–24 пар паровозов в сутки. В 1912 г. линия Омск — Тюмень была сдана в эксплуатацию.
После окончания русско-японской войны японский капитал начал активное освоение территорий Кореи и Южной Маньчжурии. Концерн «Мицуи» уже в 1906 г. захватил многие источники угля, железной руды и большие площади леса в Корее. С помощью государства этот концерн создал в конце 1908 г. Восточно-колонизационное общество, которое эксплуатировало обширные земли Кореи. В Южной Маньчжурии на базе Южно-Маньчжурской железной дороги был создан концерн, значительная часть акций которого принадлежала «Ясуде». В Корею и Маньчжурию устремились концерны «Мицубиси», «Сумитома», «Кухара» и другие.
Однако и русский капитал, вытесненный из Южной Маньчжурии, продолжал усиливать свои позиции в Северной Маньчжурии и Внутренней Монголии. К 1913 г. товары русского производства в Северной Маньчжурии составляли: лесные материалы — 98 %, табак — 53 %, металлоизделия — 47 %, сахар — 63 %, мануфактура — 26 %, бакалея — 24 %, керосин — 12 %.
После эвакуации русских войск из Северной Маньчжурии осенью 1907 г. КВЖД работала довольно удовлетворительно. Дорога и города Желтороссии охранялись Особым Заамурским округом Корпуса пограничной стражи. Для охраны дороги было направлено 5 батарей 76-мм конно-горных пушек. Кроме того, движение поездов обеспечивала и Заамурская железнодорожная бригада.
В 1908 г. правительство выделило КВЖД во Владивостокском порту транзитную гавань Эгершельд. Дорога ввела льготный тариф. Широко стала практиковаться выдача ссуд предпринимателям под поступавшие грузы (до 1 млн. руб. в 1906–1907 гг.).