26 февраля началась переброска катеров флотилии в Вац — город на Дунае в 12 км к северу от Будапешта. В 9 часов утра бронекатера №№ 3, 111, 115, 161, 242, 243, 336 и минные катера №№ 18, 20, 21, 23, 24, 28 и 29 в сопровождении речного катера-тральщика № 212 вышли из Новисада в Вац — к месту новой дислокации. Переход совершался по реке Тисса и каналу Короля Петра I. К 23 часам 28 февраля катера прибыли по каналу в город Бая.
1 марта во исполнение приказания командующего 2-м Украинским фронтом Маршала Советского Союза Малиновского корабли Дунайской флотилии сосредоточивались в районе Будапешт — Вац. На переходе в этот район находилось 16 бронекатеров, шесть минных катеров и четыре речных тральщика с тральными баржами из состава 1-й и 2-й бригад речных кораблей. Одновременно по железной дороге в район Соб следовали четыре 122-мм орудия и четыре 76-мм самоходных орудия батарей Берегового отряда сопровождения флотилии.
Для взаимодействия с частями 3-го Украинского фронта в районе Опатовац — устье реки Драва были выделены бронекатера №№ 4, 231, 241 и 313 2-й Сулинской бригады, а для охраны переправ Эрчи и Чепель — бронекатера №№ 132, 134, 339, 423, 431 и 434 1-й Керченской бригады. Траление и навигационное обеспечение на Дунае в районе Джурджу — Новисад обеспечивала бригада траления (63 речных тральщика). На участке Батина — Будапешт находились четыре речных тральщика с тральными баржами.
Пятнадцать бронекатеров и шесть мониторов, находившихся в ремонте, по окончании его должны были перейти в район боевых действий флотилии.
Походный штаб Дунайской флотилии и штабы 1-й и 2-й бригад речных кораблей находились на переходе в город Будапешт. Речные тральщики продолжали траление фарватера на Дунае в районе Новисад — Земун и Белград — Панчево.
В 11 ч. 30 мин. 1 марта бронекатера №№ 154, 162, 163, 164, минные катера №№ 25, 30 и 31 вышли с буксиром из порта Галац к месту сосредоточения кораблей флотилии — в Будапешт.
В Измаиле после зимнего ремонта 1 марта на воду были спущены бронекатера № 323 и № 333 1-й Керченской бригады и речные катера-тральщики №№ 698, 700 и 731 7-го отдельного отряда.
Согласно донесению военной разведки от 3 марта, в состав вражеской флотилии на Дунае входили венгерские патрульные суда «Шолфоная» и «Сегед», бронекатера (типа ПАМ) №№ 1, 21 и 22, минные катера (типа AM) №№ 1,2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 и 10, пассажирский пароход «Сент Ласло», несколько немецких кораблей, немецкие десантные баржи №№ 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39 и флагманский корабль патрульных судов «Шопрон». Флотилия дислоцировалась в районе Лима — Мильк.
4 марта в 23 часа наши бронекатера №№ 3, 111, 115, 131, 161, 242, 243, 336 и 411, минные катера №№18, 20, 21, 23, 24, 28 и 29, речные катера-тральщики №№ 220 и 223 и два буксира с тремя магнитными баржами прошли железнодорожный мост у города Бая, следуя к месту сосредоточения кораблей флотилии — в район Будапешта. Из Белграда в город Бая по каналу Короля Петра I прибыли речные катера-тральщики №№ 221, 222и 729. На подходе к Бая находились катера-тральщики №№ 924 и 927.
Немцы вновь стали пускать вниз по Дунаю плавучие мины. В связи с этим командующий флотилией приказал усилить наблюдение, выделить катер для расстрела обнаруженных мин и в районе моста у Новисад а поставить противоминные сети. 6 марта в районе переправы Вац были обнаружены плавучие мины противника, 15 мин были расстреляны.
8 марта 7-я гвардейская и 46-я армии 2-го Украинского фронта вели подготовку к наступательным боевым действиям. Была намечена высадка десанта — частей 83-й Отдельной бригады морской пехоты на кораблях флотилии в район Комарно ориентировочно 15 марта.
Противник частями 21-й пехотной и 11-й авиаполевой дивизий форсировал реку Драва в районе Волпово — Петриевци и к исходу дня 8 марта вел бой в 8 км от населенного пункта Бели Монастир, создав угрозу захвата населенного пункта Мохач, где дислоцировались бронекатера нашей Дунайской флотилии.
9 марта войска 3-го Украинского фронта отражали атаки крупных сил пехоты и танков противника, стремившегося захватить населенный пункт Эньинг. Мелкие группы немецких танков просочились в район Шимонторния. Противник, форсировавший реку Драва, захватил на левом ее берегу железнодорожную станцию Петрово Село, населенный пункт Болман и вел бои с нашими частями в районе Бели Монастир.
Б этот день в 6 ч. 45 мин. в районе Батина неприятельский катер неопознанного типа обстрелял наш понтонный мост и скрылся в реке Сенная.
10 марта корабли Дунайской флотилии продолжали сосредоточиваться в районе Вац для совместных действий с армейскими частями. В этом районе было сосредоточено десять бронекатеров и три мирных катера. Сосредоточение кораблей происходило медленно, поскольку понтонные мосты на переправах Батина, Бая и Дунапентеле разводились несвоевременно, что задерживало корабли в среднем на 6 суток. В районе Соб для поддержки кораблей флотилии при десантных действиях на огневых позициях была сосредоточена артиллерия Берегового отряда сопровождения флотилии.
Командующий флотилией контр-адмирал Холостяков 10 марта приказал форсировать сосредоточение кораблей в районе Вац — Будапешт; к 18 марта сосредоточить в районе Нови Сад мониторы «Азов» и «Керчь» и закончить подготовку их к поддержке приречных флангов армии; продолжать траление основного фарватера на Дунае от Джурджу до Новисада и произвести сплошное траление в районе Новисад — Будапешт.
В 12 ч. 30 мин. 10 марта бронекатера №№ 124, 324, 422 и 433 прибыли из Бездана в Бая по каналу Короля Петра I.
В начале марта германские катера, базировавшиеся, видимо, на реке Драва, начали активно действовать в районе Апатин — Батина. Так, 11—12 марта они потопили в районе Апатин югославский пароход «Кастелац» и четыре баржи.
13 марта командующий 2-м Украинским фронтом поставил флотилии задачу: высадить десант (500 человек) из состава 83-й отдельной бригады морской пехоты в районе насеченного пункта Несмей (на правом берегу Дуная). Десанту, взаимодействуя с частями 2-го гвардейского механизированного корпуса в районе Сомод — Таварош, надлежало отрезать противнику пути отхода из района Эстергом — Сомод. Для поддержки и прикрытия высадки десанта в районе Несмей были выделены самолеты из состава 5-й воздушной армии. Подготовку кораблей и десанта было приказано закончить к 22 ч. 00 мин. 16 марта. После высадки десанта корабли флотилии должны были перевозить войска для поддержки наступления частей правого фланга 46-й армии.
13 марта в 19 ч. 40 мин. из Измаила в Галац с буксиром «Джуль» вышли монитор «Измаил» и бронекатера №№ 323, 333, 335 и 433 1-й Керченской бригады для дальнейшего следования в район боевых действий флотилии. Монитор «Азов» в обеспечении минного катера № 19 в это время производил артиллерийские стрельбы на 910 км Дуная, после чего стал на размагничивание в порт Турнусеверин.
14 марта, выполняя приказ командующего 2-м Украинским фронтом о высадке десанта в районе Комарно, контр-адмирал Холостяков поставил частям флотилии следующие задачи:
1. К 15 марта все исправные бронекатера, батальон 83-й отдельной бригады морской пехоты (500 человек) и штрафную роту флотилии (100 человек) сосредоточить для посадки на корабли в населенном пункте Надь-Марош.