Басманов повсюду искал изменников своего нового государя и беспощадно карал их. По его навету все Сабуровы и Вельяминовы (37 человек) были ограблены донага и брошены в тюрьму.
Лжедмитрия привело в бешенство неподчинение главных бояр его приказу явиться в Тулу лично.
В начале июня к Лжедмитрию на поклон приехал с Дона казачий атаман Смага Чертенский с товарищами. Чтобы унизить посланцев боярской думы, самозванец допустил к руке казаков раньше, чем бояр. Проходя мимо бояр, казаки ругали и позорили их. Самозванец милостиво разговаривал со Смагой. Затем к руке были допущены бояре, и Лжедмитрий «наказываше и лаяше, яко же прямый царский сын».
Боярина Телятевского практически выдали казакам на расправу. Казаки избили его до полусмерти и бросили в темницу.
Из Тулы Отрепьев отправился в Серпухов. Дворовыми воеводами при нем состояли князь И. В. Голицын и М. Г. Салтыков, ближними людьми — боярин князь В. М. Мосальский и окольничий князь Г. Б. Долгоруков, главными боярами в полках — князь В. В. Голицын, его родственники князь И. Г. Куракин, Ф. И. Шереметев, князь Б. П. Татев, князь Б. М. Лыков. Из Серпухова на встречу Лжедмитрия выехали князья Ф. И. Мстиславский и Д. И. Шуйский, стольники, стряпчие, дворяне, дьяки и столичные купцы — гости.
В Серпухове самозванец организовал несколько пышных пиров для своих приближённых и московских бояр. В промежутках между пирами Лжедмитрий вёл напряжённые переговоры с боярами.
Ещё в Туле самозванец издал манифест о своём восшествии на престол. Рассчитывая на неосведомлённость большинства жителей Московского государства, Отрепьев врал, что он-де был узнан патриархом Иовом, всем Священным собором, Боярской думой и прочими чинами, как «прирождённый государь». 11 июня Лжедмитрий, будучи ещё в Туле, на своей грамоте пометил: «Писана в Москве». Вместе с этим манифестом самозванец разослал по городам текст присяги. Это был сокращённый вариант присяги, составленной при воцарении Бориса Годунова и его сына Фёдора. Лжедмитрий использовал тот же приём, к которому прибегли Борис и его сын. Борис, сразу же после смерти царя Фёдора Ивановича, велел принести присягу на имя вдовы его царицы Ирины и на своё имя. Фёдор Борисович в своей присяге тоже поставил на первое место вдовую царицу — свою мать.
Во время пребывания в Польше и северских городах России Лжедмитрий ни разу не упомянул о своей матери Марии Нагой, заточённой в Горицком Воскресенском женском монастыре под именем инокини Марфы. Теперь ситуация изменилась. Отрепьев знал о ненависти инокини Марфы к Годуновым и поэтому рассчитывал на её признание.
Самозванец велел разыскать Нагих или их родственников. Нашли лишь отдалённого родственника Марии Нагой дворянина Семёна Ивановича Шапкина. В Туле Отрепьев торжественно произвёл Шапкина в постельничии, заявив, что «он Нагим племя». Затем Шапкин с эскортом был экстренно направлен в Горицкий монастырь.
После беседы с Шапкиным с глазу на глаз инокиня Марфа признала сына. Трудно сейчас установить, что больше повлияло на её выбор — ненависть к Годуновым или нежелание быть отравленной или утопленной по дороге. В Горицком монастыре хорошо помнили судьбу княгини Ефросиньи Старицкой и великой княгини Юлиании, жены Юрия, родного брата Ивана Грозного.
Присяга на имя вдовы Грозного была рассчитана на эмоции малограмотных людей. Как могла царствовать монахиня, даже если она и была 20 лет назад седьмой женой царя Ивана?
Из текста присяги самозванцу, по сравнению с присягой Годунову, были исключены запреты добывать ведунов и колдунов, портить его «на следу всяким ведовским мечтанием», насылать лихо «ведовством по ветру» и т. д. Подданные только кратко обещали не «испортить» царя и не давать ему «зелье и коренье лихое». Вместо пункта о Симеоне Бекбулатовиче и «воре», называющем себя Димитрием Углицким, в текст присяги вводился новый пункт о «Федьке Годунове». Подданные обещали не подыскивать царство под государями «и с изменники их, с Федкой Борисовым сыном Годуновым и с его матерью и с их родством, и с советники не ссылаться письмом никакими мерами».
Самозванцу было неудобно являться в Москву, пока там находились члены семьи Годуновых. Будь жив царь Борис, Лжедмитрий мог рассчитывать на какие-то политические дивиденды, устроив над ним судилище и приписав ему чудовищные преступления. Однако ни царица, ни царевич не успели совершить ничего ни хорошего, ни плохого, так за что же их казнить?
Однако время поджимало, и самозванцу пришлось пойти на мерзкое с точки зрения морали и глупое в политическом отношении убийство. В Москву была послана специальная карательная комиссия в составе князя В. В. Голицына, члена путивльской «воровской» думы В. М. Мосальского и дьяка Б. Сутупова. Вместе с комиссией в Москву был направлен П. Ф. Басманов.
Прибыв в столицу, комиссия немедленно начала чинить расправу над противниками самозванца. Начали с патриарха Иова. Патриарх в Успенском соборе Кремля готовился к совершению литургии, когда в храм ворвались вооружённые люди. Иова выволокли из алтаря и потащили на Лобное место. Там сторонники самозванца пытались линчевать патриарха за то, то он-де «наияснейшего царевича расстригой называет». Однако из Кремля сбежались попы и церковные служки, которые подняли крик в защиту патриарха. На помощь Иову кинулась и часть горожан. Стало ясно, что убийство патриарха приведёт к побоищу с непредсказуемыми последствиями. Тогда кто-то из агентов Отрепьева крикнул: «Богат, богат, богат Иов патриарх, идём и разграбим имения его!» Довод был неотразим, и толпа кинулась грабить патриаршие палаты.
Тем временем агенты Отрепьева отвели Иова обратно в Успенский собор. Туда прибыл вскоре и боярин П. Ф. Басманов. Вооружённые люди в спешке и без особых формальностей произвели низложение патриарха. С Иова сняли панагию и святительское платье и надели простую чёрную ризу. Басманов спросил, куда хотел бы Иов отправиться на монастырское житие. Тот выбрал Старицкий Успенский монастырь, где он принимал постриг и стал игуменом. Затем Иова вывели из собора, посадили на простую телегу и под конвоем отправили в Старицу.
Разобравшись с патриархом, комиссия занялась царём Фёдором и его семьёй. На старое подворье Бориса Годунова, полученное им в приданное от Малюты Скуратова, явились члены комиссии во главе с В. В. Голицыным и отряд стрельцов. Голицын, Мосальский, дворяне Молчанов и Шерефединов и несколько стрельцов вошли внутрь дома. Там раздались отчаянные крики. Через несколько минут на крыльцо вышел Голицын и объявил, что «царица и царевич со страстей испиша зелья и пороша, царевна же едва оживе». Естественно, что Голицыну никто из москвичей не поверил. Но утверждать, что народ оцепенел от ужаса, узнав о преступлении, и впал в безмолвствие, нет никаких оснований. История — не драматический театр. Большинство населения восприняло убийство царской семьи как должное или отнеслось к нему безразлично.
Что касается дочери Годунова Ксении, то её, видимо, не додушили. Князь Мосальский взял её к себе в дом и некоторое время держал взаперти, а затем отдал самозванцу «для потехи».
Желая угодить самозванцу, московские бояре надругались и над прахом семьи Годуновых. Царь Борис был по обычаю похоронен в Архангельском соборе Кремля рядом с другими московскими правителями. По боярскому приговору тело царя было выкопано, положено в простой гроб и перезахоронено в ограде бедного Варсонафьева монастыря на Сретенке. Следуя версии о самоубийстве, бояре запретили совершить традиционный погребальный обряд над телами царицы Марьи и царя Фёдора. Их отвезли в Варсонофьев монастырь и без всяких почестей и церемоний зарыли недалеко от Бориса Годунова.