Однако центральное правительство Японии решительно выступило против присутствия русских. Оно дало указание губернатору Хакодате Мурагаки Авадзи вступить в переговоры с русским консулом И.А. Гошкевичем о «принятии надлежащих мер с тем, чтобы немедленно удалить русский военный корабль из Цусимы». Параллельно правительство бакуфу обратилось за посредничеством к английскому посланнику Олкоку, который в середине августа 1861 г. отправил на Цусиму своего секретаря Олифанта с отрядом из двух кораблей под командованием вице-адмирала Хоупа. Последний незамедлительно послал письма на имя Лихачева, где требовал удаления русского корабля.
В это же время Лихачев, находившийся во Владивостоке, получил письма от Гошкевича. Он сразу же решил отозвать Бирилева и с этим приказом направил на Цусиму «Опричник», о чем и сообщил в письме Гошкевичу в Хакодате.
7 сентября 1861 г. Бирилев на корвете «Посадник» покинул Цусиму. Однако там остался «Опричник», а через некоторое время пришел и клипер «Абрек». Но в конце сентября обоим клиперам также пришлось уйти с Цусимских островов.
Министерство иностранных дел России предписало консулу Гошкевичу разъяснить правительству бакуфу, что военно-морская стоянка на Цусиме была основана Лихачевым и Бирилевым без санкции русского правительства. Японское правительство выразило удовлетворение этим объяснением, и на этом инцидент был исчерпан.
Впоследствии адмирал Лихачев писал: «Одного только мы, может быть, достигли: не дали Англии захватить этот остров». Намерения англичан подтвердили результаты беседы А.М. Горчакова с британским послом лордом Нэпиром, который в ответ на просьбу русского министра иностранных дел дать обещание, что Англия «никогда не завладеет Цусимою», уклонился от ответа.
Для Лихачева «Цусимский инцидент» закончился отстранением от командования эскадрой Тихого океана (тогда ее именовали «китайской»). Обиженный контр-адмирал подал в отставку, но получил отказ. А 8 августа 1863 г. его назначили командиром отряда судов на Балтике.
В итоге русским кораблям все-таки пришлось базироваться в Нагасаки. Первое время японские власти дружественно относились к русским морякам. Благо, с одной стороны, большое уважение внушали мощные корабельные пушки, а с другой, заход каждого корабля в японский порт приносил доходы как торговцам, так и чиновникам.
И все-таки случаи ксенофобии и даже нападения на русских были. В свое время широкую огласку получило «дело мичмана Мофета». В августе 1859 г. русская эскадра в составе 13 вымпелов прибыла в Эдосский залив. Наши суда должны были «морально поддержать» дипломатическую миссию в Японии генерал-губернатора Восточной Сибири Н.Н. Муравьева-Амурского.
13 августа на берег были отправлены мичманы Авинов и Мофет с корвета «Гридень» для закупки провизии для кораблей. Их сопровождали матрос Соколов и служащий Корольков. Офицеры прибыли на барказе в Иокогаму, где продукты были дешевле, чем в Эдо, но все равно пришлось торговаться. Закончив дела, Мофет, Соколов и Корольков пошли к барказу, а Авинов остался в лавке договариваться о доставке продуктов на корабли.
Внезапно на русских моряков набросились несколько японцев с саблями наголо. Завязалась драка. Наши при себе оружия не имели. Первым был убит матрос Иван Соколов. Роман Мофет получил удары в шею, плечо, спину и был повален на землю. Александра Королькова с перерубленной рукой спас японец, владелец небольшого магазинчика, буквально вытащив его из свалки и затащив в свою лавку. На крики прибежали лавочники и гулявшие по набережной матросы с американской шхуны «Фенимор Купер». Убийцы, захватив с собой деньги и оставив на месте преступления зонт и башмак, скрылись.
Тела русских моряков перенесли в дом американского капитана Брука. Мичман Авинов вызвал японского врача и врача американского консульства США. Мофету была оказана помощь, но, несмотря на усилия врачей, после четырехчасовых мучений Роман Самуилович скончался.
Узнав о происшествии, Н.Н. Муравьев отменил отплытие эскадры из Эдо и привел ее в боевую готовность.
Ночью в Иокогаму прибыли корвет «Новик» и клипер «Джигит». Капитан 1-го ранга А.А. Попов начал расследование, заявив местному губернатору решительный протест и требование найти и покарать убийц. Н.Н. Муравьев известил о случившемся японское правительство, и те немедленно послали к месту происшествия своего представителя.
Консулы Англии и Франции, перепуганные случившимся, попросили Муравьева обеспечить безопасность граждан их стран, так как французская и английская эскадры находились у берегов Китая.
После доклада А.А. Попова о результатах расследования и заверений правительства Бакуду об удовлетворении всех требований, Муравьев ушел с эскадрой, оставив у Эдо фрегат «Аскольд», дав его командиру капитану 1-го ранга И.С. Унковскому самые широкие полномочия.
Японскому правительству были предъявлены следующие требования:
1. Депутации высших сановников прибыть на «Аскольд» и принести официальные извинения.
2. Губернаторов Иокогамы и Канагавы освободить от должностей.
3. Найти убийц и наказать.
Первые два пункта были выполнены незамедлительно. Члены правительства прибыли на корабль, принесли извинения и соболезнования, предложили различные варианты компенсации нанесенного ущерба. Даже предложили прилюдно казнить полицейского этого района. Однако Унковский отказался, что, по мнению японцев, было очень благородно.
Губернаторы Мидзуно-Тикугоно Ками и Като-Икино Ками были отстранены от должностей.
Преступника самурая Кобаяси Кохати задержали в 1865 г. и казнили.
Мичмана Романа Мофета и матроса Ивана Соколова похоронили в торжественной обстановке на Иокогамском кладбище. На похоронах присутствовали новый губернатор Какэмото, а также консулы Англии и Франции.
Могилы Романа Мофета и Ивана Соколова сохранились до сих пор. В 1997 г. Японию посетил БПК «Адмирал Виноградов». 29 июня на могилы были возложены венки, отслужил службу епископ Владивостокский Вениамин.
Но нападения на русских в Нагасаки были редкостью, население в целом более чем гостеприимно встречало русских моряков. Инаса (Иноса) действительно стала русской деревней, хотя постоянных русских жителей там почти не было. Чтобы читатель лучше представил колорит этой «деревни», предоставлю слово писателю Всеволоду Крестовскому, посетившему этот райский уголок в 1880 г.
«Иноса лежит против города, на северо-западной стороне Нагасакской бухты, недалеко от ее пяты. Расположена эта деревня по берегу и на скалистых взгорьях западных холмов, так что пробираться от домика к домику нередко приходится разными закоулками, по каменным ступеням, мимо бетонных заборов и скалистых глыб серого и красного гранита, но всегда среди самой разнообразной растительности. Здесь наше правительство уже несколько лет арендует у местного жителя, господина Сига, учат сток земли, на котором построены у нас шлюпочный сарай, поделочные мастерские и небольшой госпиталь для своих моряков. Последний помещается в двух японских домах, переделанных и приспособленных, насколько было возможно, к госпитальным требованиям руками наших матросов, под руководством командиров и судовых врачей. Госпиталь, конечно, маленький, но по мирному времени больше, пожалуй, и не требуется…