В день прибытия эскадры Ушакова великий визирь вручил русскому посланнику В.С. Томаре декларацию, предназначенную для Ушакова. В ней говорилось: «Русские военные и транспортные суда будут иметь во все продолжение настоящей войны совершенную свободу проходить и возвращаться через Черноморский канал и Дарданеллы; они пользоваться будут великою безопасностию и пропускаемы будут по единому их предъявлению о себе, что они суда российские…
Во все пристани, принадлежащие Блистательной Порте, посланы будут нужные повеления, дабы Российской эскадре везде оказываемо было благоприятие, пособие и вспомоществование».
Кроме того, в декларации говорилось «о взаимной выдаче дезертиров и содействии санитарным мерам во избежание распространения заразных болезней» [52] .
Когда русская эскадра входила в Босфор, ни у Ушакова, ни у Павла не было конкретного плана ведения боевых действий. Так, в Константинополе Ушаков получил письмо от Григория Кушелева [53] с инструкцией на случай защиты Дарданелл от нападения французского флота. Однако при получении известия о разгроме французского флота при Абукире турки договорились с Томарой и Ушаковым о совместной операции по освобождению Ионических островов. По сему поводу Ушаков отправил к жителям островов воззвание, призывавшее народ к содействию союзному флоту в изгнании французов. Вместе с этим воззванием Константинопольский патриарх Григорий по приказанию султана передал греческому народу свое пастырское увещевание, предлагая «свергнуть с себя иго французского порабощения и учредить у себя под покровительством трех союзных дворов правительство наподобие французского или какое ими за благо признано будет».
Русская эскадра покидала Константинополь под грохот салюта. На берегу толпился народ. На веранде дворца стоял сам Селим III.
8 сентября русская эскадра [54] вошла в Дарданеллы. При выходе из Дарданелл эскадра Ушакова соединилась с турецкой эскадрой, которая состояла из четырех кораблей, шести фрегатов, четырех корветов и четырнадцати канонерских лодок. Командовал эскадрой вице-адмирал Кадыр-бей. Замечу, что в войну 1787—1791 г г. Кадыр-бей воевал против Ушакова, командуя 54-пушечным кораблем «Макдем-Бахри».
14 сентября из Дарданелл к берегам Египта ушел отряд капитана 2 ранга Сорокина в составе двух русских («Казанская Богородица» и «Святой Михаил») и двух турецких фрегатов, а также десяти русских канонерских лодок, выделенных для совместных действий с английской эскадрой адмирала Нельсона.
20 сентября объединенный русско-турецкий флот вышел из Дарданелл и направился к берегам Мореи. Ушаков решил для начала захватить острова с небольшими французскими гарнизонами и лишь потом заняться сильно укрепленной крепостью Корфу.
28 сентября к острову Цериго подошел отряд в составе русских фрегатов «Григорий Великия Армении» и «Счастливый», авизо «Панагия Апотуменгана», а также нескольких турецких судов. Русские фрегаты вошли в залив Святого Николая и несколькими выстрелами заставили гарнизон маленького французского порта бежать в более мощную крепость Капсали.
30 сентября соединенная русско-турецкая эскадра под командой вице-адмирала Ушакова, подойдя к острову Цериго, бомбардировала крепость Капсала.
1 октября отряд капитан-лейтенанта Шостака в составе двух фрегатов и одного авизо, подойдя к крепости Капсала, высадил десант из 300 русских и 250 турок при нескольких полевых орудиях. Получив отказ на требование о сдаче крепости, Шостак приказал открыть огонь из полевых орудий и пушек судов. После нескольких часов обстрела крепость сдалась. Трофеями союзников стали 20 пушек. Гарнизоны обеих крепостей насчитывали 111 человек, из которых 9 были убиты, а остальные капитулировали при условии, что их доставят во Францию и в дальнейшем они не будут участвовать в этой войне.
3 октября 1798 г. адмирал Ушаков и Кадыр-бей выдали жителям Цериго грамоту, предоставляющую самоуправление до тех пор, «пока и прочие острова не освободятся от французов, и какое решение воспоследует от держав наших». В крепости Капсала был оставлен русско-турецкий гарнизон – по 12 человек с каждой стороны.
13 октября к острову Занте (Закинос) подошел отряд капитан-лейтенанта Шостака в составе фрегатов «Григорий Великия Армении», «Счастливый» и авизо «Красноселье». Как и у Цериго, после небольшой перестрелки французский гарнизон сдался. Союзники пленили 441 человека. Из них 17 отпустили в Анкону, а остальных отправили в Морею к туркам. В крепости было захвачено 47 чугунных пушек, 7 медных полевых пушек, 2 медные гаубицы и 6 мортир малого калибра. Медные орудия русские и турки поделили между собой и взяли на суда, а чугунные оставили в крепости. На Занте был оставлен гарнизон из 15 русских и 15 турок.
14 октября корабль «Святая Троица», фрегаты «Сошествие Святого Духа» и «Счастливый» под командованием капитана 2 ранга И.С. Поскочина, а также турецкий фрегат подошли к острову Кефалония. Завидев корабли, французский гарнизон капитулировал без сопротивления. На остров был высажен десант в 180 человек, взявший в плен 197 офицеров и солдат. Трофеями русских стали 40 чугунных пушек, четыре 3-фунтовые полевые медные пушки и четыре 48-фунтовые медные мортиры. Медные орудия Ушаков приказал взять на эскадру, а чугунные оставить на острове. Очевидец капитан-лейтенант Егор Метакса писал: «Народ наполнял воздух радостными восклицаниями и клялся истребить всех французов и приверженцев их… Чернь, устремясь на один дом, начала оный грабить, называя хозяина якобинцем», но русский мичман «бросился в толпу, захватил зачинщиков и растолковал им, что дело это не касается до них, что должно оное оставить на рассмотрение самого адмирала…». Что этот случай не был единичным, доказывают следующие слова того же Метаксы: «Все благонамеренные граждане изъявили страх свой и подтвердили, что оба города (Ликсури и Артостоли) окружены множеством вооруженных деревенских жителей, которые намереваются ворваться в оные и их ограбить под предлогом злобы своей противу якобинцев» [55] .