Поначалу Петр Ратский решил, как ему и было предписано патриархом, осесть в Киеве, но по заведенному Киприаном обычаю ему пришлось еще поехать на утверждение в Орду. Золотоордынский хан Тохта 12 апреля 1308 г., а по другим источникам 21 апреля 1309 г., выдал Петру ярлык. В ярлыке, в частности, говорилось: «А как ты во Владимире сядешь, то будешь Богу молиться за нас и за потомков наших». Позже новый хан Узбек дал митрополиту Петру новый ярлык, где было добавлено, что митрополит Петр управляет своими людьми и судит их во всяких делах, не исключая и уголовных, что все церковные люди должны повиноваться ему под страхом гнева Великого хана.
Явление митрополита Петра вместо Геронтия вовсе не обрадовало тверских князей. И Михаил Ярославич решает сместить митрополита. Быстро нашелся и повод. Среди русского духовенства процветала симония, то есть торговля церковными должностями. Дело дошло до того, что митрополит Кирилл на владимирском соборе в 1274 г. установил верхний предел взяток. Так, за поповство и дьяконство было положено брать не более 7 гривен. А вот новый митрополит, видимо, не знал меры, и ряд иерархов церкви во главе с тверским епископом Андреем потребовали суда над митрополитом.
Однако место суда — город Переяславль, принадлежавший в то время московским князьям, был выбран противниками Петра неудачно. Там появился московский князь Юрий Данилович с дружиной. Лично он на соборе не выступал, но московские мечи оказали нужное действие на делегатов собора, и большинством голосов Петр был оправдан. Его противники послали делегацию в Константинополь к патриарху, но толку от этого быть не могло. Теперь Петр Ратский стал не владимирским, а московским митрополитом, всегда выполнявшим волю его покровителей.
Естественно, что противники Петра вскоре лишились своих кафедр: в 1311 г. — ростовский епископ Симеон, в 1312 г. — сарайский епископ Измаил и в 1315 г. — тверской епископ Андрей. Расправившись с врагами, митрополит начал думать и о смене резиденции. Спору нет, Владимир уже давно был столицей Северо-восточной Руси, там имелись большие каменные храмы и митрополичьи палаты, но великие князья владимирские назначались ханами, и, не дай Бог, завтра там вновь окажется тверской князь. Поэтому Петр перенес митрополичью кафедру в Москву.
Для поддержания своего престижа Петр упросил великого князя московского Ивана Калиту возвести в Москве каменный епископский собор, подобный тем, что украшали все главные города Северо-восточной Руси. Калита исполнил желание митрополита и 4 августа 1326 г. заложил в Кремле первую каменную церковь во имя Успения Богородицы. Петр, не ожидая конца строительства, собственными руками построил себе каменный гроб в стене церкви. И действительно, в декабре 1326 г. Петр преставился.
Калите был срочно нужен собственный святой, и вот «некий сухорукий юноша исцелился у гробницы Петра уже через 20 дней после его кончины. Потом чудесным образом Петр исцелил слепого. Князь Иван велел записывать все эти происшествия, а также составить краткое «житие» — рассказ о жизни святого.
Вскоре во Владимире-на-Клязьме состоялся поместный собор Русской Церкви. Исполнявший тогда обязанности митрополита ростовский епископ Прохор зачитал присланный из Москвы список чудес, случившихся у гробницы Петра. Для причисления к лику святых (канонизации) требовались три условия: чудеса у гроба; наличие письменного «жития» и нетленные мощи. Впрочем, иногда обходились и двумя первыми.
На владимирском соборе, по-видимому, присутствовал и великий князь Александр Тверской. Едва ли он желал появления у Москвы собственного святого. Однако в тот момент князю нельзя было усложнять свое и без того крайне шаткое положение новыми распрями с москвичами, а также и с иерархами, которые глубоко чтили Петра и желали его прославления. В итоге Владимирский собор утвердил местное, московское, почитание Петра как Святого. Это был первый шаг к его общерусской канонизации, состоявшейся в 1339 г. Тогда святость Петра была признана и константинопольским патриархом» .
Я опять даю длинную цитату, чтобы избежать обвинений в предвзятости. Таким образом, Калите удалось реализовать свою задачу только наполовину — Петр Ратский стал лишь местным святым.
Гораздо труднее было решить вторую задачу — поставить на кафедру своего митрополита. В последние месяцы жизни Петр Ратский подготовил себе преемника, некоего архимандрита Федора. Он, как и Петр, был с Волыни, возможно, из того же Ратского монастыря. И вот летом 1326 г. в Константинополь прибыли московские бояре со своим кандидатом Федором. Естественно, бояре привезли богатые дары патриарху и его иерархам. Но что-то не сладилось, и патриарх Исайя поставил митрополитом киевским и всея Руси своего придворного клирика Феогноста.
Новый митрополит оказался неглупым человеком — он не пожелал иметь кафедру в Киеве, но не поехал и в Москву, а отправился во Владимир. Это, естественно, не могло понравиться Калите, но он не повторил ошибки Михаила Тверского, поссорившегося с митрополитом Петром Ратским. С самого начала Калита стремился быть в хороших отношениях с Феогностом, проявляя показное почтение. Феогност несколько раз приезжал в Москву, где удостаивался торжественной встречи и останавливался во дворце покойного Петра. Ну а главное, Иван щедро распахнул свою «калиту» перед новым митрополитом. В итоге Феогност начал активно сотрудничать с Иваном, хотя ручным так и не стал.
В 1339 г. митрополит Феогност по настоянию великого князя московского Ивана Калиты добился у константинопольского патриарха согласия на общерусскую канонизацию Петра Ратского.
Умер митрополит Феогност весной 1353 г. во время «мора» (эпидемии чумы) в Москве. Незадолго до смерти грек по настоянию Симеона Гордого посвятил инока Алексея (Алексия) в сан епископа владимирского. Его-то московские бояре и решили сделать митрополитом всея Руси после почти одновременной смерти Феогноста и Симеона. Алексей уже по происхождению должен был стать ручным московским владыкой.
Алексей (мирское имя Алферий) был сыном боярина Федора Бяконта, пришедшего на службу к Даниилу Московскому. Крестным отцом Алферия был сам Иван Калита. До 20 лет Алферий служил при дворе московского князя, а затем принял постриг под именем Алексея. Что послужило причиной пострига молодого человека, неизвестно, но можно с уверенностью сказать, что это был не религиозный экстаз. Это было время, когда монахи уходили в глухие леса, на северные реки и озера, сами рубили себе там скиты, постоянно собирали послушников и основывали монастыри.
Как писал историк Р. Г. Скрынников: «Инок не помышлял об удалении в глухую пустынь, а остался в столице, обосновавшись в Богоявленском монастыре за Торгом, в Китай-городе, поблизости от Кремля. Московская знать покровительствовала Богоявленскому монастырю. Его ктиторами считались бояре Вельяминовы. Богоявленские иноки из постриженных бояр сохраняли тесные связи с великокняжеским двором и всегда были на виду. Алексей выделялся среди братии не только знатностью, но и незаурядными способностями. Митрополит Феогност удостоил его своим расположением и в 1340 году назначил наместником во Владимире. На плечи Алексея легло множество забот — судейство и другие дела, связанные с управлением митрополичьим домом» .