Вскоре появились слухи, что в Ванкувере собирается много поляков, которые замышляют нападение на суда Русско-Американской компании. Контр-адмирал Попов упомянул об этом в своем рапорте. Для проверки этих слухов корвету «Абрек» было приказано из Ситхи зайти в Ванкувер.
Все эти сведения частично подтвердились. Выяснилось, что действительно капитан Маньяк с другими выходцами из поляков приобрел в Англии для корсарства одномачтовый колесный пароход «Princess» и переименовал его в «Prince Poniarovski». Этот пароход вышел из Нью-Кастля в Анкону. Выяснилось также, что главный театр действий корсар предполагался в Черном море у устья Дуная. И план бы этот удался, но Турция, боявшаяся войны с Россией, решительно заявила, что будет поступать с поляками как с пиратами.
За время пребывания в Америке, с сентября 1863 г. по июнь 1864 г., отдельные корабли Атлантической эскадры, имея своей главной базой Нью-Йорк, посетили Балтимор, Ана-полис, Гамптон, Карибское море, Мексиканский залив, Кубу, Гондурас, Гавану, Ямайку, Кюрасао, Картагену, Бермудские острова и Аспинваль. Суда эскадры Тихого океана, базировавшиеся на Сан-Франциско, ходили в практическое плавание в Гонолулу, в Южное полушарие, Ситху и Ванкувер.
Во всех городах Северного Союза, где бы ни появлялись русские моряки, несмотря на самый разгар Гражданской войны, немедленно закрывались магазины, вывешивались русские и американские флаги, устраивались военные парады, торжественные банкеты, балы и т. д. Постоянно гремела музыка, произносились речи, все имело праздничный, радостный вид.
Политическое значение американской экспедиции было еще раз подчеркнуто на прощальном банкете, данном в Бостоне в честь русской эскадры. Мэр города произнес речь: «Русская эскадра не привезла к нам с собою ни оружия, ни боевых снарядов для подавления восстания. Мы в них не нуждаемся. Но она принесла с собой более этого: чувство международного братства, свое нравственное содействие».
Сразу же после прибытия эскадр в Америку антирусская коалиция развалилась. Первой поспешила отойти Австрия, которая, сразу почуяв всю шаткость положения, предвидя близкую размолвку Англии и Франции, побоялась принять на себя совместный удар России и Пруссии. Австрия, круто изменив свою политику, не только пошла на соглашение с Россией, но даже стала содействовать усмирению мятежа в Царстве Польском.
Английским дипломатам с большим трудом удалось задержать на полпути, в Берлине, грозную поту с угрозами в адрес России, которую должен был вручить Горчакову лорд Непир. Теперь Форин оффис пошел на попятную.
Пытаясь «спасти лицо», император Наполеон III предложил, как последнее средство, созвать конгресс для обсуждения польского вопроса. Но и эта его попытка не была принята ни Англией, ни Австрией. Наполеон, оставшись в одиночестве, вынужден был и сам отказаться от всякой мысли о вмешательстве.
Исход кризиса 1863 г. без единого выстрела решили наши храбрые моряки, готовые драться с англичанами на всех широтах. Не меньшую роль сыграли и наши солдаты, которые совместно с польскими и малороссийскими крестьянам укротили буйное панство.
После урегулирования польского кризиса весной 1864 г. русские крейсерские суда перешли на положение мирного времени. Часть их ушла в Кронштадт, а часть продолжала патрулирование в Средиземном море и в дальневосточных водах, фрегаты «Ослябя», «Пересвет» и корвет «Витязь» в июне 1864 г. вернулись в Кронштадт. Фрегат «Александр Невский» в июле 1864 г. отправился из Нью-Йорка на Средиземное море в Пирей на смену фрегату «Олег».
Корвет «Варяг» и клипер «Алмаз» пошли на Тихий океан для усиления эскадры Попова. Вышли они из Нью-Йорка соответственно 15 мая и 28 апреля 1864 г.
Однако обострение политической ситуации на Средиземном море во второй половине 1864 г. меняет планы Морского ведомства. «Олегу» пришлось остаться в Средиземном море. В сентябре 1864 г. из Кронштадта туда же направился корвет «Витязь», а затем последовал и фрегат «Дмитрий Донской». Клипер «Алмаз», шедший, как мы знаем, на Тихий океан в Рио-де-Жанейро, застает приказ тоже идти на Средиземное море в состав эскадры контр-адмирала Лесовского.
Между тем в октябре 1864 г. с Дальнего Востока в Кронштадт вернулись корвет «Рында» и клипер «Гайдамак».
После того как напряженность в Средиземноморском бассейне несколько спала, эскадра Лесовского в составе «Александра Невского», «Олега», «Витязя» и «Алмаза» вернулась 21 мая 1865 г. в Кронштадт. На борту флагмана находился прах наследника престола великого князя Николая Александровича, умершего в Ницце. Вместо пришедших судов 30 июня 1865 г. в Пирей ушел фрегат «Пересвет».
Летом 1865 г. с Тихого океана вернулись корветы «Богатырь», «Калевала» и клипер «Абрек», а взамен туда ушли корвет «Аскольд» (31 июля 1865 г.) и клипер «Изумруд» (4 августа 1865 г.). Вслед за ними на Тихий океан 4 августа
1865 г. ушли канонерская лодка «Соболь» и шхуна «Алеут». В октябре 1866 г. последовало Высочайшее повеление об ограничении сметы Морского ведомства, что привело к существенному уменьшению числа дальних плаваний русских кораблей. Тем не менее Андреевский флаг продолжал развеваться во всех океанах и на Средиземном море.
В 1867 г. вернулись из кругосветного плавания корветы «Аскольд», «Варяг» и клипер «Изумруд». 28 сентября 1868 г.
из Кронштадта на Тихий океан отправился клипер «Всад, ник».
Архангельские клипера, построенные в военное время на скорую руку, к середине 60-х годов XIX века порядком поизносились и морально устарели. В Морском ведомстве рассматривались проекты их тимберовки, то есть капитального ремонта деревянного корпуса с заменой многих элементов. Однако по зрелому размышлению решили их не ремонтировать и не перевооружать. 16 июля 1866 г. приказом по Морскому министерству «Наездник», «Разбойник», «Джигит» и «Стрелок» были отчислены к Кронштадтскому порту. В январе 1867 г. из списков судов флота исключили клипер «Разбойник» и вскоре сдали его на лом.
В ходе учений Балтийской броненосной эскадры 2 июля 1869 г. на Транзундском рейде был расстрелян артиллерийским огнем корпус «Джигита», обращенный в мишень, а корпус «Наездника» был подорван буксируемой миной.
Клипер «Стрелок» несколько лет использовался в качестве учебного судна Морского кадетского корпуса. К 1871 г. он служил плавказармой в Кронштадте. 4 ноября 1878 г. «Стрелок» был исключен из списков судов флота и продан на слом.
Несколько слов стоит сказать и о судьбе других клиперов первого поколения. Так, «Гайдамак» 28 августа 1861 г. при стоянке на якоре у поста Дуэ на о. Сахалин сильным штормом был выброшен на прибрежные камни. 5 мая 1862 г. клипер был снят с камней, исправлен и вновь введен в строй. С 12 мая 1862 г. по 13 июля 1863 г. он входил в состав Сибирской флотилии. В 1869–1870 гг. три гладкоствольные 60-фунтовые пушки № 1 на «Гайдамаке» заменили на три нарезные 6-дюймовые пушки образца 1867 г.
В 1875 г. клипер ходил к берегам Чукотки. В его честь мыс на восточном берегу бухты Провидение был назван мысом Гайдамак. Направляясь далее в пролив Сенявина, клипер оставил чукчам для передачи иностранным судам печатные декларации, запрещающие им вести промысел и торговлю в русских территориальных водах. В заливе Лаврентия «Гайдамак» задержал американскую шхуну «Тимандра», которая к этому зремени успела распродать свои товары. В чукотской юрте командир клипера СП. Тыртов обнаружил бочку водки, выменянную за 20 пар клыков и 15 китовых усов. «Я тотчас же, — написал Тыртов в отчете, — послал офицера на шхуну потребовать от шхипера обратно незаконно выменянный товар, и, когда тот отказался, я приказал открыть трюм, взять оттуда означенное количество клыков и ус и возвратить чукче, бочку же с водкой разбил на берегу, остальную водку отобрал, но чтобы не разорять окончательно ничего не знавшего чукчу, я выдал ему на этот раз 3 пуда табаку, подтвердив в сем, что на будущий раз водка будет взята даром и уничтожена. Конфискованной водки оказалось около 30 ведер и по измерению Тралесом не превышала 30°». После этого шхуну отпустили с миром.