21 января 1855 г. в городе Симода адмирал Е.В. Путятин подписал с японским правительством договор о торговле и границах. Этот договор получил название Симодского. По договору в Японии для торговли с Россией открывались три порта — Симода, Нагасаки и Хакодате. Торговля там разрешалась под контролем японских чиновников. По аналогии с американцами русские получили в этих портах право экстерриториальности (то есть их могли судить только российские суда), и на Россию распространялся принцип наибольшего благоприятствования.
Вторая статья договора была посвящена пограничному размежеванию между двумя странами. Там говорилось: «Отныне границы между Россией и Японией будут проходить между островами Итуруп и Уруп. Весь остров Итуруп принадлежит Японии, а весь остров Уруп и прочие острова к северу составляют владение России. Что касается Крафто (Сахалина), то он остается разделенным между Россией и Японией, как было до сего времени».
На основании достигнутых договоренностей в трактате (в 1-й статье) провозглашалось: «Отныне да будут постоянный мир и искренняя дружба между Россией и Японией».
Вновь Е.В. Путятин прибыл в Японию в июле 1858 г на винтовом фрегате «Аскольд». 18 июля в Канагава он встретился с японскими представителями Нагаи Гэмба-но-ками, Хори Орибэ-но-сё, Ивасэ Хиго-но-ками и Цуда Хансабуро. 7 августа 1858 г. в Эдо был подписан новый русско-японский договор о торговле и мореплавании, сохранявший свое действие до 1895 г. Согласно Эдоскому договору, кроме Хакодате и Нагасаки, японское правительство открыло для русских новые порты: с 19 июня 1859 г. — Канагава (вместо Симода), с 20 декабря 1859 г. — «один удобный порт на западном берегу Хонсю» и с 20 декабря 1862 г. — Хёго (с открытием консульства). Для совершения торговых сделок русским разрешалось посещать Эдо (с 20 декабря 1861 г.) и Осака (с 20 декабря 1862 г.).
В 1862–1867 гг. между Россией и Японией велись довольно напряженные переговоры по территориальному регулированию на Сахалине, поскольку обе стороны начали освоение этого острова.
В 1862 г. в Японии началась гражданская война. Описание ее выходит за рамки данной работы. Я же хотел бы отметить, что Россия не принимала участия в нападениях флотов Англии, Франции, Америки и других государств на японскую территорию. 2 и 25 августа 1864 г. объединенный флот, состоявший из семнадцати английских, французских и голландских военных судов и одного купеческого судна США (в связи с Гражданской войной США не имели своих кораблей на Дальнем Востоке), бомбардировал столицу княжества Тёсю город Симоносеки. Порт был полностью разрушен, уничтожены береговые батареи, а пушки перенесены на иностранные корабли.
Англия, Франция и Америка неоднократно пытались втянуть Россию в гражданскую войну в Японии, но натыкались на решительный отказ. 25 февраля 1864 г. министр иностранных дел А.М. Горчаков писал управляющему делами Морского министерства Н.К. Краббе: «Все наши торговые интересы сосредоточены в северной части Японии, где до сих пор все совершенно спокойно и где не происходит никаких столкновений с местным населением. В южной же части, где беспрепятственно повторяются эти столкновения, мы ничем не заинтересованы, а потому не было бы никакого основания для принятия судам нашей эскадры какого-либо участия в неприязненных действиях против Японии».
В апреле 1865 г. английский консул в Хакодате Гарднер обратился к капитану стоявшего там русского корвета «Богатырь» Л.А. Бухгольцу с просьбой высадить десант «и примерно наказать японцев» за убийство матроса английского китобойного судна. Бухгольц отказался удовлетворить просьбу консула, сославшись на то, что японские власти уже приняли меры к поимке преступника. Английский и американский консулы выразили свое неудовольствие действиями русского офицера. Через несколько дней консулы западных держав совместно пытались вовлечь его в другой конфликт. Но русский капитан и на этот раз отказался. Контр-адмирал Ендагуров одобрил его действия.
Летом 1865 г. русское командование отозвало все свои корабли из японских вод, оставив для обслуживания нужд консульства в Хакодате лишь один корвет «Варяг». Русское правительство дало строгую директиву своим представителям в Японии неукоснительно придерживаться нейтралитета во внутриполитической борьбе и уклоняться от всякого вмешательства в столкновения между японскими властями и представителями западных держав.
К 1870 г. гражданская война в Японии закончилась, вся власть в стране оказалась в руках императора Мэйдзи.
В феврале 1874 г. чрезвычайным и полномочным посланником в России был назначен Эномото Такэаки, которому и даны были инструкции по ведению переговоров о Сахалине. Помимо дипломатического ранга, Эномото Такэаки был присвоен высший в то время в Японии чин вице-адмирала. Русскую делегацию на переговорах с Японией в Петербурге в 1874–1875 гг. возглавил директор Азиатского департамента Министерства иностранных дел П.Н. Стремоухов.
В начале переговоров Эномото предложил поделить Сахалин между Россией и Японией пополам. Стремоухов твердо настаивал на проведении границы по проливу Лаперуза. Тогда Эномото предложил «обмен» территории южной части Сахалина на территорию Курильских островов, назвав этот «обмен» «компенсацией». 25 апреля 1874 г. был подписан трактат об «обмене» южной части Сахалина на Курильские острова. Русские дипломаты торопились с осуществлением соглашения. «Обмен» территориями должен был состояться немедленно после обмена ратификационными грамотами. Русские и японские подданные могли вернуться в свои государства или остаться на уступаемых землях. За ними сохранялись право собственности на принадлежавшее им имущество, свобода занятий промыслами и вероисповедания на одинаковых правах с местными жителями. Но они были обязаны подчиняться законам той страны, чья юрисдикция устанавливалась. Русская сторона разрешала японским судам посещать в течение десяти лет южносахалинский порт Корсаков без уплаты торговых и таможенных пошлин. Японское правительство могло назначить туда консула. Японским купцам и рыбопромышленникам предоставлялись права наибольшего благоприятствования при торговле в портах Охотского моря и Камчатки и рыбной ловле в прилегающих водах. В дополнение к 4-й статье трактата была подписана декларация о компенсации за движимое и недвижимое имущество японцев на юге Сахалина.
10 августа 1875 г. русский посланник К.В. Струве и министр иностранных дел Японии Тэрадзима включили дополнительную статью о правах жителей уступаемых территорий. В тот же день состоялся обмен ратификационными грамотами. 7 сентября на Корсаковском посту был поднят русский флаг. Исторические права России на весь Сахалин были подтверждены. За недвижимое имущество, оставшееся на Сахалине, русское правительство уплатило Японии 76 641 иену 91 сену (112 754 руб. 59 коп.).
В нарушение условий договора японское Колонизационное бюро пыталось заставить местных айнов перебраться на Хоккайдо. Для этого японские чиновники спаивали айнов, пытаясь таким образом уговорить их согласиться на переселение. Но Сахалин покинули только 861 человек, большая же часть населения предпочли остаться.