Отношения адмирала и есаула явно не клеились. В середине ноября 1918 г. Семенов телеграфировал в Омск об отказе признать верховную власть адмирала Колчака и предлагал на эту высшую должность в русском Белом движении свои кандидатуры — генералов Деникина, Хорвата или атамана Оренбургского казачьего войска Дутова. В телеграмме говорилось: «Если в течение 24 часов я не получу ответа о передаче власти одному из указанных мною кандидатов, я временно, впредь до создания на Западе [Сибири] приемлемой для всех власти, объявляю автономию Восточной Сибири… Как только власть будет передана одному из указанных кандидатов, несомненно и безусловно ему подчинюсь».
От слов бравый есаул перешел к делу и прервал телеграфную связь между Омском и Дальним Востоком, а на Забайкальской железной дороге задержал поезда с военными грузами, отправленными Антантой Верховному правителю России для создаваемой колчаковской армии.
Верховный правитель Колчак в конце ноября 1918 г. издал приказ № 60, в котором есаул Семенов объявлялся изменником. 1 декабря Колчак, встав на путь конфликта с Японией, издал приказ № 61 о ликвидации «семеновского инцидента». Приказ этот гласил: «Командующий 5-м отдельным Приамурским корпусом полковник Семенов за неповиновение, разрушение телеграфной связи и сообщений в тылу армии, что является актом государственной измены, отрешается от командования 5-м корпусом и смещается со всех должностей, им занимаемых».
Но за Семенова горой встало командование японского экспедиционного корпуса. Японский генерал Юхи заявил, что «Япония не допустит никаких мер против Семенова, не останавливаясь даже для этого перед применением оружия…». Именно такую инструкцию получила дислоцированная в Забайкалье 3-я дивизия императорской армии.
Колчак, без сомнения, был талантливым адмиралом, но в боевых действиях на суше и в политике разбирался слабо. В ноябре 1919 г. ему пришлось с остатками белых войск бежать из Омска к Иркутску. 15 января 1920 г. на станции Иннокентьевская (около Иркутска) он был выдан белочехами Политическому центру — организации меньшевиков и эсеров. 20 января этот Политический центр в Иркутске попросту разбежался, а власть в городе взял большевистский Военно-революционный комитет (ВРК). 7 февраля 1920 г. по постановлению ВРК Колчак был расстрелян.
Еще перед арестом, 4 января 1920 г., Колчак передал Семенову всю полноту военной и государственной власти «на территории Российской восточной окраины», а 8 января Семенов создал «Правительство Российской восточной окраины».
К весне 1920 г. передовые части Красной Армии были приостановлены на рубеже озера Байкал. Это было связано не с сопротивлением белых, а по чисто политическим причинам. Советское правительство желало избежать конфликта с Японией. А как говорил В.И. Ленин, «вести войну с Японией мы не можем и должны все сделать для того, чтобы попытаться не только отдалить войну с Японией, но, если можно, обойтись без нее…».
Поэтому советское правительство решилось на оригинальный ход — создание буферной Дальневосточной республики (ДВР). 6 апреля в Верхнеудинске (ныне Улан-Удэ) на Учредительном съезде полномочных представителей всего населения Забайкалья состоялось ее провозглашение. В республику организационно вошли Забайкальская, Амурская, Приморская, Камчатская области и Северный Сахалин. Ей же были переданы права России в отчужденной зоне КВЖД.
В январе прошло Учредительное собрание, где руководящая роль принадлежала большевикам. На этом собрании были созданы: орган верховной власти (правительство) во главе с А.М. Краснощековым и исполнительный орган — Совет министров под председательством коммуниста П.М. Никифорова.
Советское правительство признало Дальневосточную республику как дружественное независимое государство.
Народно-революционная армия (НРА) Дальневосточной республики располагала 36 пехотными, 12 кавалерийскими и 17 артиллерийскими полками, 11 бронепоездами, 10 танками, 17 самолетами и 145 автомашинами.
Первоначально власть Временного правительства ДВР фактически распространялась на территорию Западного Забайкалья. В августе 1920 г. исполком Амурской области согласился подчиниться Временному правительству ДВР. Западную и восточную части республики разделяла «Читинская проблема» — район, занятый семеновско-каппелевскими частями и японскими войсками.
Общая численность белогвардейских войск к концу марта 1920 г. в районе Читы составляла около 20 тысяч штыков и сабель, 496 пулеметов, 78 орудий. Активные действия восточнозабайкальских партизан вынуждали белогвардейское командование держать в районах Сретенска и Нерчинска свыше половины своих сил. К западу от Читы и в самом городе белогвардейцы имели до 8,5 тысячи штыков и сабель, 31 орудие и 255 пулеметов.
Японские интервенты у трупов расстрелянных ими рабочих-железнодорожников. Дальний Восток. 1920 г.
Японские войска (части 5-й пехотной дивизии) имели до 5,2 тысячи штыков и сабель при 18 орудиях.
К этому времени в состав НРА Дальневосточной республики (главнокомандующий — Г.Х. Эйхе) входили 1-я Иркутская стрелковая дивизия, партизанские отряды П.П. Морозова, Н.Д. Зыкина, Н.А. Бурлова и другие. Кроме того, в стадии формирования находились Забайкальская стрелковая дивизия и Забайкальская кавалерийская бригада. Для наступления на Читу насчитывалось около 9,8 тысячи штыков и сабель при 24 орудиях и 72 пулеметах.
Первая Читинская операция проводилась 10–13 апреля 1920 г. Учитывая, что японские войска держали под своим контролем железную дорогу, войска НРА вели наступление с севера, через перевалы Яблонового хребта. Было создано две колонны войск. Главные силы правой колонны (под командой Е.В. Лебедева; около 2,7 тысячи человек, 8 орудий, 22 пулемета) находились на железнодорожной магистрали, остальная часть наступала на город с юго-запада, стремясь отрезать белогвардейцам путь отступления на юг. Левая колонна (командир В.И. Буров; свыше 6 тысяч человек, 16 орудий, 50 пулеметов) наносила главный удар через перевалы Яблонового хребта.
9 апреля японцы начали отход к Чите по железной дороге. Части правой колонны продвинулись за ними до станции Гонгота. Дальнейшее наступление частей НРА было остановлено белогвардейскими и японскими войсками.
Войска левой колонны к 12 апреля вышли к северной окраине Читы, но японские войска в ходе упорных боев вынудили их отойти к перевалам. Основные причины неудачи наступления войск НРА — отсутствие достаточного превосходства в силах, особенно в технике и вооружении.
К началу второй Читинской операции (25 апреля-5 мая 1920 г.) НРА была пополнена Забайкальской кавалерийской бригадой и Верхнеудинской стрелковой бригадой. Для координации действий партизанских отрядов был создан Амурский фронт (командующий — Д.С. Шилов).
Японские войска пополнились пехотным полком и трехтысячным отрядом, переброшенным со станции Маньчжурия.
Командование НРА разделило свои войска на три колонны, которые наступали: первая (командир Кузнецов, около 5,5 тысячи человек, 6 орудий, 42 пулемета) — в обход Читы с юга; средняя (командир К.А. Нейман, около 2,5 тысячи человек, 3 орудия, 13 пулеметов) — с запада; левая (командир Буров, около 4,2 тысячи человек, 9 орудий, 37 пулеметов) — с севера и северо-востока. Главные удары наносились с юга и с севера. Партизанские отряды Амурского фронта (12–15 тысяч штыков, 7–8 тысяч сабель, 7 орудий, 100 пулеметов, 2 бронепоезда) должны были овладеть районами Сретенска и Нерчинска.