Перевозки по озеру проходили в неимоверно трудных условиях. Ладога, тихая и безобидная в ясную погоду, осенью становится неузнаваемой: ветры силой до 10 баллов поднимают огромные волны, опасные даже для судов озерного типа. Для перевозок по озеру в спешном порядке были собраны все суда, какие только можно было собрать, 49 озерных и речных барж, из которых более 20 по техническим неисправностям и другим причинам раньше не использовались. Немало судов погибло от штормов и бомбежек. Ночью 17 сентября, например, штормом выбросило на прибрежные камни пароход «Ульяновск», захлестнуло волнами пароходы «Козельск», «Войма», «Мичурин» и другие суда с продовольствием для Ленинграда, затонула баржа с эвакуированными из Ленинграда женщинами и детьми. Тральщик № 122, подобравший около 200 человек с потерпевших аварию в десятибалльный шторм судов, был атакован девятью бомбардировщиками. В корабль попало две авиабомбы, но тральщик продолжал вести огонь из единственного 45-мм орудия до тех пор, пока не затонул.
15—23 сентября по решению командующего фронтом корабли флотилии эвакуировали войска с островов Коневец, Валаам, Баевых и Крестовых. Эвакуированные части были переданы в резерв фронта.
5 октября в ходе артиллерийской поддержки частей 23-й армии в районе Никулясы была повреждена авиабомбой канонерская лодка «Олекма». На следующий день она затонула. Поднять ее удалось лишь 6 июня 1944 г.
В середине октября противник, прорвав оборону на фронте 4-й армии, форсировал реку Волхов и начал продвигаться на север, к Тихвину и Волхову, чтобы соединиться с финскими войсками и тем самым полностью блокировать Ленинград. В связи с этим командование Ленинградского фронта поставило перед Ладожской военной флотилией задачу использовать весь боевой и вспомогательный состав флотилии для переброски частей Красной армии из Осиновца в Новую Ладогу.
Вечером 24 октября началась посадка частей 191-й стрелковой дивизии на корабли. 25 октября из Осиновца вышел первый эшелон в составе канлодок «Бурея», «Нора» и транспорта «Совет».
С 24 октября по 18 ноября корабли флотилии осуществляли перевозку в полном составе 191-й стрелковой и 44-й горно-стрелковой дивизий и 6-й отдельной бригады морской пехоты (более 20 тысяч человек), а также 129 орудий, 974 лошадей и другого имущества. Операция проходила при поддержке авиации противника. 4 ноября в базе Осиновец одиночным бомбардировщиком «Блейнхейм» был атакован сторожевой корабль «Конструктор». Самолет сбросил две 250-кг бомбы, одна из которых попала в носовую часть корабля. Носовая часть была разрушена, и корабль затонул. Погибли около 200 человек, среди которых 32 члена экипажа. Остальные, согласно советским популярным изданиям, были женщины и дети из блокадного Ленинграда, но, скорей всего, это были солдаты, перебрасываемые в Новую Ладогу.
В середине ноября 1941 г. из-за быстрого ледообразования, а также в связи с тем, что противник перерезал железную дорогу Тихвин―Волхов и занял Тихвин, было принято решение о переходе кораблей на зимнюю стоянку на западное побережье Ладожского озера, между Морье и базой Осиновец. 17 ноября из Новой Ладоги вышел первый эшелон кораблей (сторожевой корабль «Пурга», канонерские лодки «Селемджа», «Бира», катера М.О-216 и МО-175, бронекатера № 99 и 100), который прибыл в Морье 21 ноября. При этом 20 ноября были затерты льдами и затонули буксиры «Ижорец-9», «Ижорец-10» и «Ижорец-4», буксировавшие пароход «Козельск», сторожевые катера МО-175 и МО-216. В декабре 1941 г. катер МО-175 был поднят.
За осеннюю навигацию 1941 г. на восточный берег Ладожского озера были перевезены более 20 тысяч солдат и офицеров и из Ленинграда эвакуированы более 33,5 тысячи человек. На западный берег Ладожского озера было доставлено около 60 тысяч тонн различных грузов, в том числе 45 тонн продовольствия. Кроме того, в Ленинград было доставлено около 4500 винтовок, 1000 пулеметов, около 10 тысяч снарядов, более 108 тысяч мин и другое вооружение.
В 1942 г. перевозки по Ладожскому озеру начались в середине мая. 28 мая база Ладожской флотилии подверглась массированной бомбардировке противника. В 10 часов утра канлодки «Бира», «Нора», «Селемджа» и «Бурея», стоявшие на рейде Кобоны, были атакованы неприятельскими бомбардировщиками. У «Виры» была разрушена носовая часть вместе с ходовой рубкой, убиты 14, ранены 37 членов экипажа. От близких разрывов бомб «Нора» получила около 1700 пробоин в корпусе, ранены 21 член экипажа. На следующий день «Виру» удалось увести на буксире.
Этот и другие налеты привели к усилению ПВО портов Ладоги. К середине июня 1942 г. их прикрывали 150 зенитных пушек калибра 76–85 мм, 40—37-мм автоматических установок и свыше 70 пулеметов, а также 25 станций «Прожзвук» и 65 прожекторных станций. 123-й истребительный авиаполк 7-го истребительного авиакорпуса ПВО прикрывал склады и пристани на западном берегу озера. 3-й и 4-й гвардейские истребительные авиаполки ВВС Балтийского флота прикрывали суда и корабли на переходах, Ладожский канал от Леднева до Новой Ладоги, склады и пристани в районах Леднево, Кобона, Новая Ладога, Сясьстрой и Колчаново. Три истребительных авиаполка ВВС Ленинградского фронта прикрывали склады и станции Лаврово, Жихарево, Войбокало, Пупышево, Волховстрой и Гостинополье.
9 апреля 1942 г. Государственный комитет обороны обязал командующего Балтийским флотом вице-адмирала В.Ф. Трибуца обеспечить зенитными установками суда Наркомречфлота, предназначенные для перевозки грузов в навигацию 1942 г.: Нарком ВМФ адмирал Н.Г Кузнецов 11 апреля 1942 г. выделил для этой цели 9 пушек калибра 45 мм и 109 пулеметов ДШК калибра 12,7 мм. Из судов Северо-Западного речного пароходства было предусмотрено вооружить 4 буксира и 51 баржу (40 новых и 11 отремонтированных). На буксирах устанавливалось по одной пушке и одному пулемету, на баржах — по два пулемета. Следует отметить, что пулеметы ДШК на тумбах легко переставлялись за час-два с одного судна на другое, то есть приходило судно в порт и передавало свои пулеметы на уходящее судно.
И немцы, и финны прекрасно понимали значение ладожских коммуникаций. Прекращение или даже резкое уменьшение их объема грозило гибелью Ленинграду. 22 января 1942 г. маршал Маннергейм подписал «Общую инструкцию для деятельности Ладожского отряда флота на время навигации 1942 г.», где говорилось: «Следует особенно обратить внимание на наступательные действия против коммуникаций противника, проходящих в южной части Ладожского озера».
2 апреля 1942 г. командир финской Ладожской береговой бригады полковник Ярвинен и начальник штаба подполковник Райнио направили начальнику Генерального штаба Главной квартиры «Разъяснения об обстоятельствах на Ладожском озере», где говорилось: «У Ладожской береговой бригады совершенно отсутствуют флот и авиасилы, необходимые для наступательной деятельности». Поэтому они считали, что «нападение в навигационный период морскими силами на неприятельский флот допустимо только в том случае, если на Ладожском озере будут получены подходящие для этой цели суда».
Финское правительство срочно попросило помощи у немцев. В мае 1942 г. немцы направили на Ладогу шесть катеров-тральщиков. Катер типа КМ имел скорость 25–32 узла и был вооружен двумя зенитными автоматами, нес четыре глубинные бомбы или мины. Четыре итальянские торпедные катера типа MAS прибыли в Сортанлахту 22 июля 1942 г. Они пароходом были доставлены в Хельсинки, а затем на буксире прошли шхерами до Выборга, затем по Сайменскому каналу, а последний участок до Лахденпохья — по железной дороге. Катера имели водоизмещение 20 тонн, скорость хода 47 узлов и были вооружены одним 20-мм автоматом.