Для гражданского управления Финляндией был создан Комитет по финляндским делам. В 1826 г. была введена должность министр статс-секретарь, он готовил все касающиеся Финляндии вопросы и представлял их царю.
Важную роль в управлении княжеством играл Императорский правительствующий совет, с 1816 г. — Императорский сенат, который был учрежден на основе принципов, разработанных комитетом во главе с Тенгстремом на сейме в Порвоо, а первые его члены избраны по предложениям сословий. Некоторыми своими чертами этот Сенат напоминал старый стокгольмский Государственный совет, своего рода высшую палату, на что указывало и наименование «Сенат». Кроме того, этот административный орган должен был рассматривать как хозяйственные, так и юридические вопросы. То, что первые члены Совета были назначены по представлению сословий, что срок их полномочий составлял три года, что половина членов Совета представляла дворянство, а другая половина — остальные сословия, придавало Сенату черты представительского органа — высшей палаты.
Сенат состоял из Правого департамента, который выступал в роли верховного суда, и Хозяйственного департамента, в который входило пять экспедиций: военная, гражданская, финансовая, камеральная и церковная. В состав Сената также входил и прокурор, в обязанность которого был вменен надзор за соблюдением законов Сенатом и другими чиновниками.
Формально председателем Сената являлся генерал-губернатор, но на практике он никогда не председательствовал, главным образом потому, что до 1900 г. рабочим языком в Сенате был шведский, затем — финский и лишь с 1913 г. — русский.
У каждого департамента был свой вице-председатель. В дальнейшем вице-председатель Хозяйственного департамента стал восприниматься и действовать как премьер-министр.
Во всех учреждениях Великого княжества Финляндского вся документация велась, как и раньше, на шведском языке. Финский же язык был довольно архаичен, да и не было единого языка, а существовало несколько диалектов, среди которых главными являлись диалекты савокарельский и «низжший диалект» (язык западной Финляндии). Забегая вперед, скажу; что усилиями ряда лингвистов через несколько десятилетий западнофинский язык стал основой современного финского языка.
Став русской, Финляндия поменяла столицу. При шведах административным центром края был город Або (Турку). Это удобный и самый теплый в Финляндии порт, открытый для навигации в течение 8 месяцев. А самое главное, он был очень близок к метрополии. Последний фактор после 1809 г. из достоинства превратился в недостаток.
Поначалу возникла идея перенести столицу Великого княжества Финляндского в Хяменминна — город, расположенный подальше от моря. Однако из-за ряда технических трудностей первые десять лет существования Великого княжества Финляндского столицей по-прежнему оставался Або.
Тем временем появилась мысль перенести столицу в Гельсингфорс (Хельсинки). У этого города было три серьезных преимущества: во-первых, он достаточно далеко отстоял от устья Финского залива; во-вторых, с моря его прикрывала мощная крепость Свеаборг; а в-третьих, в ходе боевых действий в 1808 г. город полностью выгорел, и его в любом случае надо была планировать и строить заново.
Решение о превращении Гельсингфорса в столицу Финляндии Александр 1 объявил 27 марта (12 апреля) 1812 г. По этому поводу финский историк Матти Клинге писал: «В 1812 г. работы были начаты, и вскоре Хельсинки превратился в гигантскую строительную площадку. На десятилетия привычными элементами городского пейзажа стали строительные леса. Город был переполнен рабочими: каменщиками, кровельщиками и малярами. К.Л. Энгель писал в одном из писем своему другу в Германию, что самым типичным звуком для Хельсинки был шум взрывов. Город приходилось строить на скалах прибрежных шхер. Для прокладки широких улиц, которые должны были подчеркивать статус города, для выравнивания и мощения больших площадей, необходимых для парадов императорских войск, было недостаточно осушения небольших болот и сноса городской церкви и других зданий. Нужно было прежде всего взорвать скалы. Постепенно вырисовывались контуры грандиозного замысла.
В рескрипте, касающемся Хельсинки, имелся аргумент, который мог бы вызвать легкую улыбку будущего читателя. Турку был удален от столицы империи, в случае возникновения войны он находился бы в зоне вероятных боевых действий. Но, кроме этого обстоятельства, император принял во внимание и то, что "расположенные ныне в Турку многочисленные учреждения не только вследствие дороговизны, но и из-за несовместимости с тем покоем, который необходим занимающимся науками, несомненно, гибельны для расположенной там Академии, а посему цель, которую мы преследовали, расширяя это учебное заведение для нужд развития населения Финляндии и для всеобщего просвещения, неминуемо оставалась бы недостижимой. Посему мы нашли полезным и необходимым для благополучия Финляндии и ее жителей.." переместить административные и правительственные органы из Турку в Хельсинки.
Будущее должно было ясно показать, что "развитие населения Финляндии и всеобщее просвещение" подразумевало тесное взаимодействие государственных органов и Университета, так как этот процесс в значительной степени зависел от чиновников, что, в свою очередь, приводило к тому, что подготовку чиновников следовало превратить во всех отношениях в главную задачу Университета…
Как уже говорилось, император еще в июне 1808 г. издал специальный рескрипт, касавшийся важных задач, стоявших перед Университетом. Это решение и позиция императора были непосредственно определены тем авторитетом, который сразу удалось завоевать архиепископу, вице-канцлеру Якобу Тенгстрёму. Университет и духовенство должны были выступить гарантом спокойствия народа до и непосредственно после завершения войны, равно как и в более отдаленной перспективе. Вместе с тем Университету отводилась главная роль в деле подготовки чиновников, которую необходимо было значительно расширить как из-за потребностей новых учреждений, так и по более общей причине — ради того "просвещенного" пути развития, о котором помышлял император. Руководство Университета быстро оценило связанные с этим возможности, и вскоре ректор Гартман отправился в составе финляндской делегации в Петербург, где выразил почтение императору, назвав его "Князем человечества" Гартман также занялся планами расширения Университета и размышлениями о том, кого из вельмож империи можно было бы пригласить в качестве канцлера.
Разрешение вопроса о канцлере продемонстрировало то, какую роль с точки зрения будущего Финляндии отводил Университету император, — канцлером стал Сперанский. В феврале 1811 г. Сперанский подписал новую, весьма щедрую смету расходов Университета, предусматривавшую шесть новых профессур, одиннадцать новых ставок адьюнкт-профессора, новые места для лингвистов и администраторов, более высокие оклады для преподавателей и более высокие стипендии для студентов, ассигнования на библиотеку, коллекции, закупку дров и освещение. В фонд реконструкции незамедлительно перечислялось 20 ООО серебряных рублей с обещанием дополнительных взносов. Потребовалось некоторое время на перечисление этих больших пожалований в Финляндию, но когда операция была осуществлена, Университет получил все основания считать Александра своим вторым основателем, а впоследствии носить его имя. Сперанского стали считать самым значимым, после графа Брахе, канцлером за все время существования Университета…