8 течение 1988—89 годов армяне постепенно уезжали из Азербайджана, и единственным городом, где их пока оставалось относительно много, был Баку (осталось 40 тыс. армян из ранее проживавших 200 тыс.), кроме того, они оставались в некоторых деревнях.
9 января 1990 г. на севере Азербайджана, в деревнях Ханларского и Шаумяновского районов произошли массовые столкновения между армянами и азербайджанцами, в ходе которых были взяты заложники и убиты 4 военнослужащих ВВ МВД СССР, пытавшихся остановить беспорядки.
11 января члены НФА штурмом взяли несколько административных зданий и захватили власть в г. Ленкорань на юге республики. На площади Ленина в Баку продолжались массовые митинги, причем количество уже было таким, что даже прибывшие в республику части ВВ МВД СССР не решались вступить с ними в столкновение.
А 13 января 1990 г. в Баку начался армянский погром. Избиения и убийства армян, нападения на квартиры, где они проживали, продолжались в течение недели, в ходе погрома были убиты от 66 армян (по азербайджанским источникам) до 300 (по армянским). У погромщиков, как и положено, были списки с адресами армян, а местная азербайджанская милиция не вмешивалась и не препятствовала убийствам и совершению других преступлений.
14 января 1990 г., в разгар погромов, в Баку прибыли Е. Примаков и министр обороны СССР Д. Язов.
В книге Т. де Ваала «Черный сад» сообщается: «По словам Э. Мамедова [активист НФ], Примаков предупреждал их, что не потерпит выхода Азербайджана из Советского Союза и дал понять, что может быть применена сила. «Примаков сказал мне: «Вы в двух шагах от независимости», — вспоминал Мамедов. Однако решение использовать войска еще не было принято. По некоторым слухам, Примаков в телефонном
разговоре пытался убедить Горбачева не давать добро на военное вмешательство. Учитесь дипломатии, господа! С одной стороны, Примаков сказал, что не потерпит выхода Азербайджана из СССР и дал понять, что может быть применена сила, а с другой стороны, намекнул, что до независимости осталось всего-то два шага и попытался убедить Горбачева силу не применять! Чего же он на самом деле хотел?
17 января НФА устроил непрерывный митинг перед зданием ЦК Компартии Азербайджана, заблокировав все проходы к нему. «Мирные демонстранты» поставили перед зданием виселицу. Наверно, собирались мирно повесить товарища Везирова, или, как они его обзывали, «Везиряна». Товарищ Везиров не стал ждать, пока его повесят, и сбежал в Москву. Советская власть в Баку и многих других городах Азербайджана пала.
Активисты НФА начали блокаду расположенных в Баку казарм войсковых частей. 19 января «фронтовики» заняли здание телецентра и отключили канал трансляции Центрального (т.е. московского) телевидения.
19 января 1990 г. чрезвычайная сессия ВС Нахичеванской АССР объявила о выходе этой автономной республики из состава СССР.
Горбачев понял, что дальше медлить нельзя. На подступах к Баку была создана войсковая группировка численностью около 50 000 военнослужащих, и в ночь с 19 на 20 января 1990 г. войска были введены в Баку. НФА подготовился к сопротивлению: в городе были построены баррикады, «мирные демонстранты» использовали бутылки с зажигательной смесью и огнестрельное оружие. 20-25 января 1990 г. Советская власть была восстановлена в Баку, Джалилабаде, Ленкорани, Нахичевани. Но при этом были убиты 82 чел..
В знак протеста тысячи азербайджанцев-коммунистов публично сожгли свои партийные билеты, а Председатель ПВС Азербайджана Э. Кафарова осудила действия «военных преступников». Вечером 21 января открылась сессия ВС Азербайджанской ССР, которая признала неправомерным ввод войск в Баку. В Азербайджане ввод войск в Баку и в другие города называют «Черный январь».
Многие народные депутаты СССР демократической направленности и различные правозащитные организации стали обвинять Горбачева и Советскую армию в чрезмерном и неоправданном применении силы, повлекшем гибель мирных граждан. Считается, что спорные вопросы надо решать за столом переговоров. Горбачеву надо было сесть за стол переговоров с Н. Панаховым и уговорить его не вешать Везирова, не захватывать города, не разрушать пограничные заграждения, не убивать армян, не блокировать воинские казармы, увести с улиц своих «фронтовиков». Возможно, Горбачев был плохой переговорщик и не умел разговаривать с такими бесспорно идеальнейшими людьми, какими были руководители НФА.
Единственное, за что можно упрекнуть Горбачева в случае с вводом войск в Азербайджан — это то, что он не ввел там прямое правление из центра и снова передал власть местной элите, что и привело в дальнейшем к выходу Азербайджана из СССР. Но мог ли он поступить по-другому под контролем чекистов, инициировавших «перестройку»? Опора могла быть только на армию. А с армией в дальнейшем возникли проблемы.
Операцией в Баку командовал лично министр обороны СССР генерал армии Д. Язов (с 28 апреля 1990 г. — Маршал Советского Союза), координатором военной операции был генерал-полковник В.А. Ачалов. В январе 1990 г. они действовали грамотно, решительно и подавили сопротивление сепаратистов. Зато в августе 1991 г. в Москве Язов и Ачалов проявили просто чудеса непрофессионализма, пацифизма и непротивления злу насилием. После января 1990 г. никаких попыток реально (а не на словах) остановить развал СССР больше не делалось. Почему так произошло — к этому вопросу вернемся в дальнейшем.
Какова была роль Алиева в январских событиях? Севиль Алиева, дочь Гейдара Алиева, в интервью газете «Известия» рассказала, что в январе 1990 г. ее отец отдыхал в подмосковном санатории «Барвиха», и «ему позвонил Горбачев и говорил с ним очень агрессивно». Чем был вызван такой агрессивный звонок Горбачева? Может быть тем, что он узнал о связях Алиева и Панахова? После поражения НФА в боях с Советской Армией, Панахов сбежал в Иран, затем оттуда — в Турцию и вернулся в Азербайджан только в 1991 г. В 1993 г. Г. Алиев, назначил Панахова своим советником. 27 января 1990 г. Везиров все-таки ушел в отставку, и вместо него 1-й секретарем ЦК КП Азербайджана стал А. Муталибов.
Муталибов не принадлежал к клану Алиева, но попытался с ним помириться. 4 февраля 1990 г. он поехал в Москву и встретился с находившимся там Алиевым. А на Востоке психология существенно отличается от западной. Если ты первым пошел на переговоры — значит, ты слабак. А позиции у Муталибова действительно были слабоваты. И Алиев сумел его постепенно убрать из Азербайджана.
З. Ализаде, азербайджанский политолог и один из основателей НФА, вышедший из него из-за разногласий с Алиевым-Эльчибеем и Панаховым, в книге «Конец второй республики» сообщает: «Фронтисты Нахичеванского отделения НФА разрушили государственную границу СССР. На конференции 6-7 января 1990 г. член Правления Н. Панахов раздавал отдельным делегатам, как сувенир, пятнадцатисантиметровые куски колючей проволоки, срезанные на государственной границе СССР как символ конца режима «русской империи». (…) Он старался приписать себе всю заслугу этого героического деяния, но я знал, что (…) координацию и непосредственное руководство через свою агентуру, осуществляет Г. Алиев. Знал, и кто был его главным человеком в НФА — А. Алиев. Знал, что роль Неймата Панахова — мальчик на побегушках».