Помимо заведования политическим сыском Ромодановский исполнял целый ряд других обязанностей. Поскольку исход Северной войны во многом определялся количеством и качеством артиллерии, Петр поручил ему снабжение этого рода войск, рассчитывая на свойственные ему крутые меры. Как главный начальник старой столицы, князь-кесарь заботился и о ее благоустройстве: в 1703 г. ведал Аптекарским и Сибирским приказами. Но постепенно из-за преклонного возраста и с выдвижением плеяды более молодых и энергичных сподвижников Петра отходит на второй план, оставив в своих руках лишь одно детище – Преображенский приказ, которым руководил до самой своей смерти. Данный факт красноречиво свидетельствует об искренней и нелицемерной приверженности князя-кесаря к делу политического сыска.
Тайная канцелярия была образована в феврале 1718 г. в Москве как временный следственный орган по делу царевича Алексея, однако после переезда в Петербург, где она разместилась в Петропавловской крепости, 20 марта этого же года была преобразована в постоянное ведомство. Поскольку следствие по делу царского сына было поручено П.А. Толстому, выманившему царевича из-за границы, костяк сотрудников нового учреждения составил небольшой штат помощников этого дипломата. Однако круг подозреваемых по делу царевича оказался достаточно широк, поэтому Петр укрепил руководство Тайной канцелярии своими доверенными лицами. Помимо Г.Г. Скорнякова-Писарева, ведшего следствие по делу матери Алексея, в него вошли гвардии майор А.И. Ушаков, приданный в помощь Толстому, и находившийся в Петербурге генерал И.И. Бутурлин, принявший в марте 1718 г. присланные из Москвы все бумаги по делу царевича. Эти четверо и составили руководство нового органа государственной безопасности.
В 1718–1720 гг. руководители Тайной канцелярии назывались «министрами», в начале 1720-х гг. – «судьями», иногда их именовали «инквизиторами». Формально все четверо «министров» были равны, однако главным среди них, безусловно, являлся П.А. Толстой. Помогавший им штат был весьма немногочислен: секретарь, 6 канцелярских служащих и необходимое количество заплечных дел мастеров. Тайная канцелярия стала первым в отечественной истории узкоспециализированным органом, целиком сосредоточившимся на вопросах политического сыска и ни на какие другие посторонние дела не отвлекавшимся.
С марта по август 1718 г. Тайная канцелярия занимается исключительно делом царевича Алексея, и на протяжении этого периода ее фактическим руководителем является сам Петр. Под его началом следствие было проведено достаточно быстро, широко и досконально. В беседе с Толстым царь сразу очертил круг подозреваемых: «Когда б не монахиня (насильно постриженная его первая жена Евдокия Лопухина. — Прим. авт.), и не монах (епископ Ростовский Досифей. — Прим. авт.), и не Кикин, Алексей не дерзнул бы на такое неслыханное зло. Ой, бородачи! многому злу корень старцы и попы; отец мой имел дело с одним бородачом (патриархом Никоном. — Прим. авт.), а я с тысячами». Действительно, через своего личного духовника Якова Игнатьева, близкого друга епископа Досифея, царевич поддерживал связь с заточенной в Суздальский монастырь матерью. Следствие установило, что кружок приближенных Алексея в сношениях между собой пользовался конспиративными кличками и шифрованной перепиской. Поскольку все эти люди никакого реального влияния не имели и тайнопись была для них наполовину игрой, то гораздо более опасной была деятельность А.В. Кикина – бывшего сподвижника Петра, пойманного царем на воровстве и после наказания примкнувшего к кружку царевича, став главным советчиком наследника. Именно этот человек был инициатором и организатором бегства Алексея в Австрию, и от него тянулись более чем подозрительные нити к лицам, обладавшим действительной военной и административной властью. При аресте у Кикина были найдены «цифирные азбуки» для переписки с князем В.В. Долгоруким, князем Г.Ф. Долгоруким, князем Я.Ф. Долгоруким, генерал-адмиралом Ф.М. Апраксиным, фельдмаршалом Б.П. Шереметевым, дипломатом С.В. Рагузинским, А. Волковым и А. Веселовским.
Для получения подробных признаний царь не остановился перед пыткой сына. Так, например, с 19 по 24 июня 1718 г. Алексея шесть раз подвергали пыткам в каземате Петропавловской крепости, причем в первый день пытали дважды – с полудня до часа и с 6 до 9 вечера. Под пыткой у него удалось вырвать признание, что ради захвата власти царевич готов был даже согласиться на австрийскую интервенцию в пределы Отечества.
Собранные в ходе следствия доказательства были представлены Верховному суду из генералитета, сенаторов и Синода, который 24 июня 1718 г. приговорил сына Петра I к смертной казни. По официальной версии, царевич Алексей скончался в Петропавловской крепости от апоплексического удара, а по ходившим тогда слухам, был задушен, отравлен или забит насмерть кнутом. Хотя этот самый громкий процесс Петровской эпохи и закончился казнью главного виновника и его ближайших помощников, тем не менее, по мнению некоторых исследователей, Петр намеренно не стал доводить расследование до логического конца, поскольку уже имеющиеся материалы указывали на весьма широкий крут высокопоставленных лиц, которые если и не состояли непосредственно в заговоре, то были в той или иной степени оппозиционно настроены по отношению к Петровским реформам.
Поскольку в качестве центрального органа государственной безопасности в России уже существовал Преображенский приказ, то по окончании дела царевича Алексея Тайную канцелярию должны были бы упразднить, однако Петр решил по-иному. Сразу по завершении процесса царь 8 августа 1718 г. поручает Толстому расследование «адмиралтейского ревельского дела» – дела о грандиозных хищениях по военно-морскому ведомству в Ревельском порту. В том же году Тайная канцелярия проводит несколько важных процессов, относящихся к категории «слово и дело» в трактовке царского указа от 26 января 1715 г. («трех пунктов»): уголовное дело фаворитки Петра Марии Гамильтон, укравшей царские драгоценности; о злоупотреблениях в Астрахани; группу дел, «касающихся к расколу»; дело по доносу Зверева на майора Фуникова по расхищению им казенных денег и имущества; о краже корабельных лесов на Днепре; дело поручика Друккерта, подделавшего подпись и печать А.Д. Меншикова; об обвинении русского посла в Польше Г.Ф. Долгорукова в измене и взяточничестве и ряде других «тайных дел». Сложившийся параллелизм в деятельности двух органов госбезопасности был закреплен Петровским указом от 28 апреля 1722 г., предписывавшим местным властям направлять все дела о государственных преступлениях в Преображенский приказ или Тайную канцелярию. Судя по всему, решающую роль в этом дублировании сыграл географический фактор. С одной стороны, Петр рассматривал Москву центром крамолы против всех его начинаний и не считал возможным вывести из старой столицы Преображенский приказ, но с другой – царю был необходим и орган политического сыска, что называется, «под рукой», в Санкт-Петербурге.
Хотя с завершением дела царевича Алексея Петр и перестает быть фактическим главой Тайной канцелярии, тем не менее он не обходит ее своим вниманием. О том, сколь важную роль придавал первый русский император политическому сыску, наглядно свидетельствует тот факт, что начиная с 25 ноября 1716 г. Петр специально выделял один день в неделю (понедельник), когда приезжал в располагавшуюся в Петропавловской крепости Тайную канцелярию и самым внимательным образом вникал во все ее дела, оказывая решающее влияние на ведение следствия и вынесение приговоров. Тем не менее основной объем работы по-прежнему приходился на Преображенский приказ. С 1719 по 1724 г. это ведомство рассмотрело 1363 дела, а Тайная канцелярия за этот же период – лишь 280. При Екатерине I в Тайную канцелярию вообще поступило 3–4 дела.