Подводя итог его политической карьеры, нельзя не согласиться с мнением, высказанном о бывшем начальнике Третьего отделения сенатором Е.М. Феоктистовым:
«Обладал он, кажется, умом блестящим, но поверхностным, не способным к серьезному мышлению; если о каждом государственном человеке следует судить по его делам, то Шувалов, сойдя с поприща, не оставил по себе ровно ничего, что могло бы быть поставлено ему в заслугу».
К 1880 г. в России вновь складывается революционная ситуация. С 1875 по 1879 г. в стране было зафиксировано 152 крестьянских выступления; 16 из них пришлось усмирять с помощью войск. География волнений постоянно расширялась: в 1878 г. они наблюдались в 14 губерниях, в 1880 г. ими были охвачены уже 34 губернии центра, юга и востока европейской части России. Одновременно нарастало рабочее движение: в 1875–1879 гг. происходят 165 выступлений пролетариата, причем больше половины их пришлось на последние два года. Венчала этот процесс революционная организация «Народная воля», возникшая в августе 1879 г. и объединившая в своих рядах около 500 членов. Народовольцы подготовили семь покушений на Александра II, и Третье отделение, несмотря на все свои усилия, так и не смогло пресечь революционный террор. Как уже говорилось, окончательно убедившийся в неэффективности ведомства, Александр II создает новую структуру государственной безопасности – Верховную распорядительную комиссию по охранению государственного порядка и общественного спокойствия.
Она была учреждена царским указом от 12 февраля 1880 г. для «положения предела беспрерывно повторяющимся в последнее время покушениям дерзких злоумышленников». В состав комиссии первоначально вошли 9 человек (генерал-майор свиты М.И. Батьянов, начальник штаба гвардии и Петербургского военного округа генерал-адъютант князь А.К. Имеретинский, управляющий делами Комитета министров М.С. Каханов, сенатор М.Е. Ковалевский, обер-прокурор Сената П.А. Макаров, правитель канцелярии МВД С.С. Перфильев, член Государственного совета К.П. Победоносцев, исполняющий обязанности шефа жандармов П.А. Черевин, сенатор И.И. Шамшин, с мая 1880 г. начальник Главного управления печати Н.С. Абаза), но поскольку она собиралась на свои заседания только три раза, то уже современники высказали достаточно обоснованное предположение, что эта структура представляла собой не более чем ширму, скрывающую фактически диктаторскую власть ее главного начальника графа М.Т. Лорис-Меликова. Ему были предоставлены все права петербургского градоначальника и ведение политического следствия в столице и Петербургском военном округе, а также верховный надзор за политическими расследованиями по всей стране. Все требования Лорис-Меликова по делам об охранении государственного порядка и общественной безопасности подлежали немедленному исполнению органами власти всех уровней, а распоряжения главного начальника Верховной распорядительной комиссии могли быть отменены только самим императором. Особым указом от 3 марта 1880 г. Александр II передал Лорис-Меликову управление Третьим отделением, прежде подчинявшимcя непосредственно императору, а 4 марта и Отдельным корпусом жандармов.
Одним из существенных факторов, препятствовавших эффективной борьбе правительства с революционным движением, являлось соперничество между органами политического сыска, привыкшими действовать бесконтрольно, и новыми судебными органами, появившимися в результате либеральных реформ Александра II и ревниво защищавшими свои ведомственные права. В своем отчете за март 1880 г. член Верховной распорядительной комиссии, управляющий делами Комитета министров М.С. Каханов писал Лорис-Меликову, что соперничество между жандармами и прокуратурой крайне отрицательно сказывается на борьбе с государственными преступниками. Юридические рамки по каждой процедуре были настолько строгими, что малейшее отступление от них со стороны следователя или прокурора почти автоматически приводило к оправданию в суде самого злостного террориста. Кроме того, «неподлежащие воззрения» реформаторов в прокуратуре часто приводили к поражению правительственной стороны в судебных политических процессах и вызывали ответную резко негативную реакцию жандармов. В целях преодоления этих недостатков Верховная распорядительная комиссия пыталась объединить усилия всех административных и судебных органов, ранее созданных для борьбы с революционным движением, и ускорить следствие по делам о государственных преступлениях, равно как и упорядочить вопрос об административной ссылке и о полицейском надзоре. Стремясь ликвидировать крайне непопулярное в народе Третье отделение, Лорис-Меликов направил туда для ревизии члена комиссии сенатора И.И. Шамшина. Последний представил отчет, свидетельствовавший о чрезвычайно неудовлетворительном состоянии дел в этом ведомстве. Воспользовавшись временным затишьем революционного террора, глава Верховной распорядительной комиссии решил сделать эффектный жест в сторону либеральной общественности, добровольно «отказавшись» от своих диктаторских полномочий, и 26 июля 1880 г. подал императору доклад, в котором предложил одновременно ликвидировать как саму комиссию, так и Третье отделение, а их функции передать Министерству внутренних дел, на пост руководителя которого Лорис-Меликов прочил самого себя. Идея была одобрена Александром II, и 6 августа 1880 г. на свет появился царский указ «О закрытии Верховной Распорядительной Комиссии, упразднении III отделения собственной Его Императорского Величества канцелярии и об учреждении Министерства почт и телеграфа». Просуществовавший всего семь месяцев чрезвычайный орган прекратил свое существование, а его главный начальник, почти ничего не потерявший из своих властных полномочий, пересел в кресло министра внутренних дел.
Пункт второй указа от 6 августа 1880 г. гласил:
«III отделение Собственной нашей Канцелярии упразднить, с передачей дел оного в ведение министра внутренних дел, образовав особый для заведывания ими в составе Министерства внутренних дел Департамент государственной полиции...»
Так одновременно с упразднением старой структуры был создан последний в истории Российской империи орган государственной безопасности. У многих современников, привыкших к лицемерию царского правительства, возникло убеждение, что на деле произошла не ликвидация, а простое переименование органа политического сыска и вся реформа в очередной раз свелась к простому изменению вывески с сохранением прежнего кадрового состава. Либеральный журналист Г. Градовский, например, писал:
«При старом режиме были и хорошие, показные стороны в обособленном и независимом существовании III отделения, этой полиция над полицией или сверхполиции. На деле вышла пересадка, а не упразднение. Корпус жандармов с его шефством даже не умирал, а «отделение» превратилось в департамент государственной полиции. Все функции остались в неприкосновенности, а исчезла лишь прежняя возможность контроля над Министерством внутренних дел. При хорошем министре, в благополучные времена, такое совместительство было безвредно; но имели ли мы благожелательных министров внутренних дел после Лорис-Меликова?»
Подобную точку зрения разделяют и некоторые современные историки. Однако факты заставляют внести серьезную корректировку в подобную схему.