Интервью Корабельникова было напечатано в «Известиях» в ноябре 2006 г., и тогда никто не ставил вопроса о том, насколько его ведомство необходимо для защиты национальных интересов России или о том, насколько оно соответствует современному уровню развития вооруженных сил. При Корабельникове это была самая продвинутая в российских ВС служба. Но вот пришел в Минобороны г-н Сердюков. С Корабельниковым он также не сошелся, как и с Балуевским. Начались конфликты. Появились сообщения, как писала весьма осведомленная Интернет-газета «Частный корреспондент», что «генерал Корабельников положил на стол вышестоящей инстанции рапорт — не хочу, мол, дальше лямку тянуть под вашим началом, уж увольте… Но этот рапорт якобы не был подписан, потому что все его заместители дружно… «отказались от предложения занять эту должность»! Если бы все это было чистой правдой — это даже не просто скандал, а почти бунт на корабле, казус поистине беспрецедентный. ГРУ — не контора, где просят и уговаривают, а организация сугубо военная, где пререкания, обсуждения приказа (публичные!) и прочие разговорчики в строю немыслимы по определению. А тут еще источники утверждали, что консолидированная позиция руководителей этого ведомства — демарш, направленный против начавшейся ликвидации ряда бригад спецназа ГРУ».
Слухи об отставке Корабельникова, гулявшие несколько месяцев по страницам и сайтам российских СМИ подтвердились 24 апреля 2009 г. В тот день пресс-служба президента сообщила, что Медведев подписал приказ о его отставке, точнее подписал рапорт начальника ГРУ с просьбой уволить его «по достижении пенсионного возраста». Героя России Корабельникова проводили с почестями, наградив орденом «За заслуги перед Отечеством III степени». В неофициальной иерархии орденов РФ это означает, что не признать заслуг не могли, но обласкать и приблизить не пожелали. Теперь уже известно, что уход генерала со своего поста стал результатом некоей многоходовой игры, которую вел Сердюков по указаниям из Кремля. «Решение об уходе Корабельников принял из-за несогласия с планами реформирования ведомства, которые подразумевали переподчинение некоторых частей ГРУ службе внешней разведки и командованию военных округов, — сообщил сайт «Русская линия» в день его отставки. — В частности, планировалось передать командованию сухопутных войск бригады спецназа ГРУ».
«Бессмысленное расформирование бригад спецназа: это наглядная демонстрация того, что власть хочет взнуздать «империю ГРУ», не считаясь с последствиями, — писал «Частный корреспондент». — Уже одно то, что о секретной службе, каковой по определению является военная разведка, судачат, чуть ли не на каждом углу, — событие серьезное, явный признак интриги. Вброс таких данных в СМИ явно не в интересах руководства ГРУ, потому, похоже, именно ему и адресован. Назовем вещи своими именами: военная разведка ныне спецслужба не просто достаточно самостоятельная и обособленная — фактически самодостаточная. И удивительно стабильная: хотя попыток подчинить эту структуру людям со стороны хватало, за последние 17 лет начальников в ГРУ было лишь два! И это в то время, когда президентов — три, министров обороны — пять, а руководителей Генштаба — шесть. Что уже говорит: структура эта не просто грозная — непробиваемо кастовая и чрезвычайно замкнутая. И в составе Генштаба находящаяся, в общем, номинально. Да и в военном ведомстве, если уж разобраться: у нее собственная система подбора кадров, их подготовки, да много чего еще своего. Центральный аппарат МО эту службу если и контролирует, то символически. Чужаков мощный организм ГРУ всегда успешно отторгал. Или переваривал. И ничего поделать с этим было нельзя — столь велики и потребность в этой службе, и ее возможности. Конечно, совсем уж бесконтрольной служба не была: существовали достаточно серьезные рычаги воздействия на нее — в лице отдела административных органов ЦК КПСС, курировавшего армию, госбезопасность, МВД, прокуратуру и судебные органы. Однако сей отдел приказал долго жить в августе 1991-го, действенной замены ему создать не смогли. «Аквариум» оказался как бы сам по себе, что, разумеется, не устраивает очень многих, особенно конкурентов с Лубянки. Но даже при Путине от чекистских поползновений «Аквариум» отбился, орешек оказался не по зубам. С этим смирились, поскольку альтернатива одна — разгон, а обойтись без ГРУ нельзя! Но и оставлять за своей спиной такую фронду показалось чревато. И, похоже, после затяжной предварительной подготовки руководству «Аквариума» фактически предъявили ультиматум: разгоним весь центральный аппарат, набрав новый заново — из кадров низовых структур. Угроза в условиях массовых увольнений офицеров из армии весьма действенная. Параллельно в СМИ проходят сообщения не только о планируемом сокращении центрального аппарата, но и вообще грядущей реорганизации военной разведки — вплоть до переподчинения ее низовых структур командующим планируемыми направлениями».
На этом фоне весьма зловеще прозвучало сообщение Минобороны: «Генерал армии Валентин Корабельников, которому 4 января исполнилось 63 года, выразил желание изменить структуру ГРУ и после подбора себе замены уйти в отставку… Планируется оптимизировать численный состав подразделений военной разведки, будет усилено руководящее звено, укреплен кадровый состав…»
В каком виде Корабельников передал ГРУ своему заместителю генерал-лейтенанту Александру Шляхтурову, официально известно мало. О переменах в таких структурах вслух не говорят нигде в мире. «Из официальных сообщений Минобороны известно, что бригады спецназа сокращение не миновало, — писала, комментируя отставку Корабельникова «Российская газета». — Так, из двух разведывательных частей в Сибирском округе оставили только одну — в Иркутске. Военные также упоминали об «укреплении кадрового состава» в московской штаб-квартире ГРУ, известной как «Аквариум». Была информация, что в ее ведении останется космическая разведка. Что же касается других вариантов реформирования главка, в частности, разговоров о его переводе в разряд обычного управления Генштаба или переподчинения Службе внешней разведки, они пока так и остаются разговорами. О документальных подтверждениях таких решений ничего не известно. («Российская газета», 24 апреля 2009 г.).
В армии перетряски в ГРУ вызвали бурную реакцию. Как сообщал 9 марта 2009 г. ТАСС-Сибирь, в Бердске, городе-спутнике Новосибирска, прошел митинг против расформирования 67-й отдельной бригады специального назначения ГРУ. На центральную площадь города вышли более тысячи человек, которые потребовали отменить решение о расформировании воинской части, а также отправить в отставку министра обороны России Анатолия Сердюкова. Среди них были и военнослужащие бригады спецназа, которые вопреки запрету своего руководства приняли участие в митинге. Против расформирования бригад спецназа выступил, как стало известно, и командующий воздушно-десантных войск генерал-лейтенант Валерий Евтухович, герой Афганистана и командующий Российским воинским контингентом (Миротворческих сил ВДВ) в Косово. Он был назначен на этот пост в ноябре 2007 г. уже при Сердюкове. И вдруг в мае 2009 г. появилось сообщение, что он отправлен в отставку «по выслуге лет». Евтуховичу исполнилось всего 55 лет! (К счастью, на его место назначили не тыловика со связями, а боевого генерала-десантника Шаманова, который в августе 2008 года возглавил Российскую военную группировку в Абхазии, нанесшую поражение грузинским войскам в ходе операции в Кодорском ущелье).