С 11 августа 1941 года эти курсы были переведены на трехмесячную программу обучения. В сентябре 1941 года 300 выпускников Высшей школы было направлено в подразделения военной контрразведки.
Приказом начальника Высшей школы 28 октября 1941 года в Особый отдел Московского военного округа было направлено 238 выпускников курсов. Последняя группа выпускников курсов в количестве 194 человек была направлена в распоряжение НКВД в декабре 1941 года. Затем Высшая школа была расформирована, потом вновь создана.
В марте 1942 года в Москве был организован филиал Высшей школы НКВД. Там предполагалось обучить 500 человек в течение четырех месяцев. Первый набор был произведен из резерва работников Особого отдела НКВД Московского военного округа. В составе Высшей школы этот филиал находился до июля 1943 года, затем был передан в ГУКР «Смерш» НКО СССР. Всего за время войны курсы окончили 2417 чекистов, направленных в армию и на флот [38] .
Одновременно шла подготовка кадров для Особых отделов и в самой Высшей школе. Так, в 1942 году большая группа выпускников была направлена в распоряжение Особого отдела Сталинградского фронта. А всего за время Великой Отечественной войны Высшей школой для Особых отделов было подготовлено 1943 человека [39] . По другим данным – 2417 [40] .
Кадры для военной контрразведки готовили не только в Москве, но и в регионах. Так, в первые недели войны 3-ми отделами военных округов на базе межкраевых школ НКГБ были созданы краткосрочные курсы для подготовки оперативного состава.
В качестве примера расскажем о том, что происходило в Новосибирской межкраевой школе. 1 июля 1941 года был произведен первый набор – 306 курсантов – командиров и политработников Красной Армии. Учебным планом предусматривалось чтение лекций и проведение практических занятий, главным образом по подбору агентуры, работе по первичным сигналам, делам оперативного учета и отработке основных чекистских документов. В конце июля 1941 года произошел первый выпуск Краткосрочных курсов при Особом отделе НКВД Сибирского военного округа. Именно так теперь официально именовались эти курсы.
Второй набор (500 человек, возраст 18–20 лет) на курсы был закончен 29 июля 1941 года. Срок обучения был увеличен до двух месяцев. Все выпускники после окончания обучения были направлены в действующую армию.
В сентябре – октябре 1941 года произведен третий набор – 478 человек. Теперь большинство курсантов – ответственные работники райкомов, обкомов и политработники Красной Армии.
С марта 1942 года время обучения было увеличено до трех месяцев. На курсах одновременно обучалось от 350 до 500 курсантов. Правда, теперь большинство обучающихся – младшие командиры Красной Армии, направленные на учебу управлениями военной контрразведки фронтов [41] .
В мае 1942 года при Особом отделе НКВД Сибирского военного округа были организованы двухмесячные курсы подготовки резерва оперативно-чекистских кадров для Особых отделов НКВД [42] .
Тогда же при Особом отделе НКВД Краснознаменного Балтийского флота были организованы трехмесячные курсы по подготовке и переподготовке оперативно-чекистских кадров [43] .
В сентябре 1941 года была издана директива НКВД СССР «О порядке восстановления на работе бывших чекистов и направлении их в действующую армию для службы в особых органах НКВД».
В октябре 1941 года – Директива НКВД СССР «Об организации учета находящихся на излечении в военных госпиталях работников особых органов НКВД и дальнейшего их использования». Документ, в частности, предписывал: «сотрудников (особистов), выписанных из госпиталей, пропускать через врачебные комиссии и признанных военной комиссией годными к службе в полевых условиях направлять к месту прежней службы». Также указывалось, что «обо всех случаях прибытия сотрудников особых органов в военные госпиталя, при их выбытии или зачислении на работу в аппараты НКВД – УНКВД и ОО военных округов сообщать по месту их прежней службы и в 5-е отделение Отдела кадров НКВД СССР» [44] .
В декабре 1941 года – приказ НКВД СССР о проведении отбора и специальной подготовки чекистских кадров для укомплектования Особых отделов НКВД и директива о мероприятиях по подготовке кадров для работы в Особых отделах НКВД.
Эти мероприятия свидетельствовали о дефиците кадров для подразделений военной контрразведки. В этом нет ничего удивительного. С одной стороны, формировались новые воинские подразделения, а с другой – многие «особисты» погибали в течение нескольких месяцев службы. Так, ветеран военной контрразведки генерал-майор Леонид Иванов был четвертым оперуполномоченным в батальоне (трое его предшественников погибли в течение первого года войны).
15 июня 1943 года Иосиф Сталин подписал приказ ГКО об организации школ и курсов ГУКР «Смерш». Согласно тексту этого документа необходимо было создать четыре «постоянных школы: 1-ю Московскую – на 600 чел., 2-ю Московскую – на 200 чел., Ташкентскую – на 300 чел., Хабаровскую – на 250 чел. со сроком обучения от 6 до 9 месяцев и курсы с 4-месячным сроком обучения в гг. Новосибирске – на 200 чел. и Свердловске – на 200 чел.».
В ноябре 1943 года Новосибирские курсы по подготовке оперативного состава были реорганизованы в школу ГУКР «Смерш» НКО СССР с комплектом 400 слушателей и с шестимесячным, в дальнейшем годичным, сроком обучения. Занятия начались во второй половине января 1944 года. В июле 1944 года был произведен первый выпуск школы – 289 человек были отправлены на фронт. В августе 1944 года произведен второй набор – 264 человека.