К сентябрю 1659 года присягу «белому царю» приняли полковник киевский Иван Екимович, переяславский Тимофей Цецюра, черниговский Аникей Силин.
Очень скоро казаки киевского, переяславского и черниговского полков, а также запорожские казаки под командованием Ивана Серко, выдвинули кандидатуру нового гетмана — Юрия Хмельницкого. На казацкой раде в местечке Гармановцы под Киевом состоялось избрание нового гетмана. В Гармановцах были зарублены послы Выговского, Сулима и Верещака, которые чуть ранее подписали Гадячский договор. Выговский с рады в Гармановцах бежал.
В октябре 1659 года казацкая рада в Белой Церкви окончательно утвердила Юрия Хмельницкого в роли нового гетмана Украины. Выговского принудили отречься от власти и официально передать гетманские клейноды Хмельницкому. Вскоре Выговский бежал в Польшу, где позже был казнен по обвинению в нелояльности польской королевской власти.
После очередного избрания в 1659 году Юрий Хмельницкий подписал новый договор с Русским царством, который существенно ограничивал власть гетманов.
Русско-польская война 1654–1667 годов, эпизодом которой являлась Конотопская битва, в итоге закончилась Андрусовским перемирием, повлекшим за собой раздел Гетманщины по Днепру на Правобережную и Левобережную. Мартовские статьи, гарантировавшие целостность Гетманщины, де-факто были перечеркнуты и забыты русским царем.
Новый гетман, как и его предшественники, тоже попытался выступить против России. Вот как это произошло. В 1660 году боярин В.В. Шереметев выступил с большим отрядом из Киева против Польши. Юрий должен был принять участие в этом походе и шел с казаками за русским войском. Под местечком Чудиновом Шереметев был разбит и взят в плен татарами, которые на этот раз помогали полякам. Затем поляки с татарами двинулись против гетмана и осадили его под Слободищами. Опасаясь за свою жизнь, Юрий после трехнедельной осады, решил сдаться полякам на условиях Гадячского договора. В Корсуне была созвана Рада, которая подтвердила условия этого, так называемого Чудновского договора, а Юрий принес присягу на верность королю перед польским комиссаром Беневским, влиянию которого он с этой поры и подчинился.
Когда слух о присяге Юрия полякам распространился на левом берегу Днепра, Самко поднял там казацкие полки. Борьба между ним и Юрием продолжалась с переменным счастьем в течение всего 1661 года.
Летом 1662 года Юрий Хмельникий осадил Самка в Переяславле. В то время на помощь Самку двигались русские полки из Слободской Украины под начальством Ромодановского. Юрий стал отступать за Днепр и 16 июня, против Канева, потерпел сильное поражение от войск Самка и Ромодановского.
В конце 1662 года Юрий Хмельницкий созвал в Корсуне Раду, отказался от гетманства и решил постричься в монахи. Гетманом был избран Павел Тетеря. Юрий был пострижен в Корсунском монастыре и принял имя Гедеона. Но монашество не дало ему покоя. Обвиненный Тетерей в сношениях с казацкой старшиной, Юрий был в 1664 году арестован, отвезен во Львов и посажен в крепость. Его освободили только в 1667 году, после смерти Тетери.
Позже он был взят в плен татарами и отправлен в Стамбул. С Юрием обошлись в Турции милостиво и поместили в одном из греческих монастырей. Там он оставался несколько лет, пока не понадобился турецкому правительству.
В 1676 году Дорошенко отказался от гетманства и отдался под власть России, но турецкое правительство не отказалось от притязаний на Правобережную Украину. Турецкая армия двинулась к Чигирину. На место Петра Дорошенки Турция решила поставить гетманом Юрия Хмельницкого, который сбросил с себя монашескую рясу и сопровождал турецкое войско. Предполагалось, что он будет носить звание не только гетмана запорожского, но и князя сарматийского и править Правобережной Украиной в качестве турецкого вассала.
Поход турок в 1677 году был неудачен, Юрий уже помышлял о побеге к христианам, но турки за ним зорко следили. В 1678 году Чигирин был взят турками и разрушен; русские войска ушли за Днепр. Правобережная Украина была разорена вконец. Юрий Хмельницкий поселился в Немирове и правил под надзором турецкого паши. Постоянные поборы, взыскания, казни в припадках умопомешательства заставили турецкое правительство устранить в 1681 году Юрия Хмельницкого от гетманства.
На его место был назначен молдавский господарь Дука, но в конце 1683 года он был захвачен в плен поляками, а на его место снова назначен Юрий Хмельницкий. Однако регулярные бесцельные казни и угнетения народа заставили турецкого пашу арестовать Юрия; он был привезен в Каменец, приговорен к смертной казни и задушен, а труп брошен в воду. Это было в конце 1685 года.
Неизвестна ни дата рождения этого человека, ни имя его отца. Первое упоминание о Брюховецком относится к 1650 году, когда он был записан в гетманскую чигиринскую сотню. Известно также, что продолжительное время он был старшим слугой у Богдана Хмельницкого. После смерти своего господина Брюховецкий остался в той же должности при его сыне Юрии, которого сопровождал в Киев, куда тот отправился для обучения в академии. Также он активно участвовал в возвращении своему новому господину звания гетмана.
После того как Юрий Хмельницкий стал гетманом, Брюховецкий ушел от него и, говоря современным языком, занялся собственной политической карьерой: он сам решил стать гетманом. Понимая, насколько важно привлечь на свою сторону низовую общину и заручиться ее поддержкой, он выставлял себя поборником простого народа, врагом старшин и их аристократических стремлений. Вскоре он снискал себе общее уважение и широкую популярность и был выбран кошевым атаманом. Свои дальнейшие замыслы он скрывал под маской скромности. В Сечи Брюховецкий прожил три года (с 1659 по 1662 год), по выражению летописца Велички, «в добром захованю и в ласце всего войска Низового».
Вскоре Юрий Хмельницкий не только оказался неспособным к отправлению обязанностей гетмана, но и изменил незадолго до того данной присяге, — подчинил Украину Польше возобновлением Гадячского договора. Тогда на левой стороне Днепра началось движение против Хмельницкого. Во главе стали нежинский полковник Василий Золотаренко и Переяславльский — Яким Самко, оба рассчитывали на гетманство.
Брюховецкий воспользовался возникшими раздорами: он съездил в Москву, где расположил к себе многих влиятельных лиц, а летом 1662 года прибыл из Сечи с отрядом запорожцев в лагерь главного начальника русских войск в Малороссии князя Ромодановского, которому предложил свои услуги для похода против Хмельницкого. Снискав расположение Ромодановского и пользовавшегося царским благоволением Мефодия, блюстителя Киевской митрополии, Брюховецкий явился в глазах московского правительства самым желательным гетманом Малороссии.
По царскому указу 1663 года были назначены выборы гетмана; в Нежине была собрана так называемая черная Рада, на которой Брюховецкий был провозглашен гетманом, благодаря поддержке запорожцев, народа и части городовых казаков. Вскоре последовало и утверждение этого избрания царем Алексеем. Через несколько месяцев после своего избрания Брюховецкий приказал казнить в Борзне полковников Самка, Золотаренка и Силича и сослал в Сибирь многих их приверженцев.