Участник Великой Отечественной войны с 22 июня 1941 г. С 12 ноября 1941 г. командир ПЛ «М-62» (24-й дивизион, 2-я: бригада ПЛ ЧФ), капитан-лейтенант. Совершил 26 боевых походов, пробыл в море 223 суток, произвел 6 торпедных атак:
За отличия, проявленные экипажем ПЛ «М-62» при вы-І Полнении боевых заданий во время боевых действий при освобождению Крыма весной 1944 г., 16 мая 1944 г. присвоено звание Героя Советского Союза. Капитан 3-го ранга (20.07.1944).
С ноября 1944 г. по июль 1945 г. командовал ПЛ «ТС-3». В июле 1945 г. в составе спецкоманды убыл на КБФ в должности командира ПЛ, с января 1946 г. командир ПЛ «ТС-2» ЧФ.
Награжден орденами Ленина (16.05.44), Красного Знамени (7.05.43), медалями «За оборону Севастополя», «За оборону Кавказа»; за выслугу лет — орденом Красной Звезды (5.11.46) и медалью «За боевые заслуги» (1944).
С января 1948 г. по болезни уволен в запас. С лета 1948 г. жил в г. Ялте. Осужден и за проступки, порочащие звание орденоносца, 6 мая 1952 г. лишен звания Героя Советского Союза и всех наград. После отбытия срока наказания жил в Ялте.
КОМАНДИР ГВАРДЕЙСКОЙ «МАЛЮТКИ»
Как подводник Н. Малышев начал службу на подводных лодках американского типа «АГ», которые были закуплены у фирмы Гогланда (г. Ванкувер, США) еще в 1916 г. После революции 1917 г. они долго лежали в ящиках на Николаевской судоверфи. Лишь в начале двадцатых годов эти лодки были собраны и вступили в строй морских сил Черного моря. Лодки имели водоизмещение 355,7 т, длину 45,8 м, ширину 4,81, скорость хода 13 узлов в надводном и 10,5 (фактически 7–9) в подводном. Лодка могла проплыть в надводном положении 1750 миль, а в подводном — всего 25 миль. За 1 минуту она погружалась на глубину 50 м. На вооружении 4 носовых торпедных аппарата. Экипаж «Агэшки» составлял 29 человек, из них 5 — командирский состав. На этих лодках Малышев последовательно, за довольно короткий срок, прошел должности старшего штурмана, помощника командира и командира.
Столь быстрому карьерному росту молодого офицера способствовало несколько обстоятельств. Это и ввод в строй новых подводных лодок, на которые уходили со старых более опытные подводники, а также политические репрессии 1937–1939 гг., которые затронули и флот. Так, на А-4, в бытность службы на ней Н. Малышева, в 1938 г. был уволен штурман Л.Е. Лернер. Причиной увольнения стало то обстоятельство, что его отец имел пивную лавку с наемной рабочей силой, а сам он хвалил материальное положение офицеров царского флота.
К началу войны лодка A-З, которой командовал Малышев, числилась во второй линии и находилась в Севастополе на капитальном ремонте. К 1 июля ремонт был закончен. 3 июля она перешла на место постоянного базирования в город Поти. Последовало несколько боевых выходов в дозор юго-восточнее Поти, но все они проходили без встреч с противником. 5 ноября 1941 г. после очередного возвращения на базу A-З требовалось докование и текущий ремонт, но заняться им Малышеву не довелось. Спустя два дня в Очемчири в результате неправильного обращения с оружием командир П/1 «М-62» старший лейтенант А.А. Воробьев смертельно ранил себя. На следующий день он умер. В командование его лодкой вступил Н. Малышев.
Лодка «М-62» XII серии была новой, она вступила в боевой состав флота 31 августа 1940 г. Водоизмещение ее было даже меньше, чем у лодок типа «АГ» — 206 т, габариты примерно те же: длина — 44,5 м, ширина 3;6 м. Скорость лодки несколько больше 14,4 узла, а в подводном положении ДО 7,8. Вооружение всего 2 носовых торпедных аппарата, но против наземных атак кораблей и самолетов имелась артиллерийская установка — 45-мм пушка и зенитный пулемет. Существенно были увеличены дальность плавания в надводном положение — до 3580 миль и до 108 км в подводном. Экипаж 20 человек.
При возвращении с позиции 6 декабря 1941 г. из-за Ошибки в счислении в условиях сильного шторма лодка прочно села на мель в районе устья реки Гагида. Кормовая часть лодки, вертикальный и кормовые горизонтальные рули получили сильные повреждения. Лишь 17 декабря она была снята с мели аварийно-спасательным судном и отбуксирована в Поти. Начался аварийный ремонт. Остро переживая неудачу, Малышев и старший техник-лейтенант Прокофьев вместе с другими моряками самоотверженно помогали рабочим в ведении ремонтных работ. Ремонт длился около полугода.
15 июня 1942 г. лодка перешла в Очамчире, 4 июля — в Поти, 7 июля — обратно в Очамчире, 30–31 июля — в Туапсе.
Среди других командиров подводных лодок Малышев выделялся лихостью и беспечностью характера, но воинский долг выполнял старательно, без показухи. Еще ему часто попросту не везло.
В последующем, в связи с усилением движения вражеских конвоев между портами северо-западной части Черного моря и портами Крыма, «М-62» действовала на позициях в районах Севастополя, м. Тархан кут, м. Бурнас, о. Фидониси, Сулина-Констанца. Неоднократно «М-62» была контратакована вражескими кораблями, сбросившими на нее десятки глубинных бомб, однако командир принимал грамотные решения и уводил корабль из-под удара.
Во время подготовки противника к форсированию Керченского пролива и высадке его на Таманский полуостров командование Черноморского флота решило в ночь на 3 августа 1942 г. крейсером «Слава» и лидером «Харьков» обстрелять город и порт Феодосию и причалы Двуякорной бухты для уничтожения сосредоточившихся там судов и плавучих средств. Для обеспечения ориентировки и надежной обсервации кораблей ночью к «Харькову» высылалась подводная лодка «М-62». Но из-за частого маневрирования кораблям в заданной точке прожектор «М-62» обнаружить не удалось. Стрельбу кораблям пришлось вести, пользуясь только ориентировочной обсервацией. Затем корабли подверглись торпедным атакам с моря и воздуха.
Продолжая выполнять боевую задачу, 7 августа в 13.30 командир «М-62» в районе Судака произвел торпедную атаку конвоя. В его составе находились 12 бы-; Переходных десантных барж. Атака производилась из подводного положения с временным интервалом двумя торпедами. Через 55 секунд моряки услышали 2 взрыва. Через 5 минут командир поднял перископ и наблюдал тонущую БДБ. Лодка была контратакована кораблями противника, сбросившими 24 глубинные бомбы» В результате ближних взрывов был поврежден кингстон уравнительной цистерны, через лопнувший визир цистерны вода поступила в центральный пост. Наследующий день лодка благополучно прибыла в Новороссийск.
После мелкого ремонта 8–9 августа лодка перешла Туапсе, 9-10 — в Поти, где прошла аварийный ремонт. 21 августа после ремонта перешла в Очамчире.
Во втором боевом походе после ремонта, вечером 6 октября, при погружении лодка была обнаружена кораблями румынского конвоя. В районе погружения лодки они сбросили несколько глубинных бомб. Из-за неисправности гирокомпаса командир в атаку не выходил. Лодка благополучно возвратилась на базу.
Затем в летописи флота упоминается боевой поход лодки в зимних условиях. 14 декабря 1942 г. лодке, по докладу командира, пришлось уклоняться от атаки подводной лодки противника. 17 декабря в 14 ч 14 мин северо-восточнее м. Бурнас был обнаружен транспорт, а затем тральщик. «М-62» выходила в атаку последовательно по обоим, но цели меняли курс, и атака становилась невозможной. В 14 ч 42 мин был обнаружен конвой в составе транспорта, двух тральщиков и сторожевого катера. «М-62» атаковала транспорт двумя торпедами на расстоянии 10 кабельтовых и легла на грунт. Через одну минуту подводники услышали два взрыва. Лодка подверглась двухчасовому преследованию кораблей противника, который сбросил на безопасном удалении от нее 5 глубинных бомб. Гибель торпедированного судна наблюдали в перископ командир, его помощник и штурман и по возвращении на базу командир доложил о потоплении транспорта 8000 т.