Из чрезвычайно популярной во второй половине XIX и в начале XX века книги французского историка Эрнста Ренана «Жизнь Иисуса», выписки из которой сохранились в подготовительных материалах к «Мастеру и Маргарите», Булгаков знал, что казнь Иисуса была приурочена к иудейской Пасхе, отмечавшейся 14 нисана и падавшей на пятницу. Допрос Пилатом Иешуа и казнь в булгаковском романе происходят именно в этот день, гибель Иуды из Кириафа – в ночь на субботу, 15 нисана, встреча же Пилата с Левием Матвеем приходится на утро субботы. Кроме того, как вспоминает Левий Матвей, в среду, 12 нисана, Иешуа покинул его у огородника в Вифании, затем последовали арест Га-Ноцри и его допрос в Синедрионе, о которых лишь упоминается, чтобы сохранить классическое единство времени (в течение дня) основного действия. Таким образом, все события ершалаимских сцен, как и московских, укладываются в четыре дня Страстной недели, со среды до субботы.
Э. Ренан отмечал, что на пятницу 14 нисана приходились 29, 33 и 36 годы, которые, следовательно, могли быть годами казни Иисуса. Французский историк склонялся к традиционному 33 году, считаясь с евангельскими показаниями о трехлетней проповеди Иисуса Христа и принимая, что ей непосредственно предшествовала проповедь Иоанна Крестителя, приходящаяся на 28 год. Ренан отвергал 36 год как возможную дату казни Иисуса, поскольку в этом году еще до Пасхи главные действующие лица – римский прокуратор Понтий Пилат и иудейский первосвященник Иосиф Каифа – лишились своих постов. Возраст же казненного историк оценивал в 37 лет. У Булгакова Иешуа гораздо моложе, а его проповедническая деятельность продолжается короткое время. Данные обстоятельства, если связать их с евангельской датировкой проповеди Иоанна Крестителя 28 годом (согласно исследованиям историков), указывают на 29 год как на наиболее вероятное время действия в ершалаимских сценах. В романе прямо сказано, что Га-Ноцри – человек «лет двадцати семи».
Проповедовал он явно недолго, потому что, хотя его красноречие оценил сам Пилат, Иешуа успел увлечь за собой единственного ученика, а всезнающий, благодаря начальнику тайной стражи Афранию, прокуратор впервые услышал о Га-Ноцри только после его ареста. По ходу повествования Афраний упоминает, что он «пятнадцать лет на работе в Иудее» и «начал службу при Валерии Грате». Из книги немецкого религиеведа Г.А. Мюллера «Понтий Пилат, пятый прокуратор Иудеи и судья Иисуса из Назарета» Булгаков выписал годы прокураторства как Понтия Пилата, так и Валерия Грата. Последний правил Иудеей с 15 по 25 год. Следовательно, если Афраний произносит свою речь в 29 году, то первым годом его службы действительно должен быть первый год прокураторства Валерия Грата – 15 год н. э.
События московских глав в пародийном, сниженном виде повторяют события ершалаимских через промежуток ровно в 1900 лет. В финале, в Пасхальную ночь на воскресенье, московское и ершалаимское время сливаются воедино. Это одновременно и 5 мая (22 апреля) 1929 года, и 16 нисана 29 года (точнее, того года иудейского календаря, который приходится на этот год юлианского календаря) – день, когда должен воскреснуть Иешуа Га-Ноцри, и его видят только что прощенный Понтий Пилат, Мастер с Маргаритой и Воланд со своими помощниками. Становится единым пространство московского и ершалаимского миров, причем происходит это в вечном потустороннем мире, где властвует «князь тьмы» Воланд. Ход современной жизни смыкается с романом Мастера о Понтий Пилате. Оба этих героя обретают жизнь в вечности, как это было предсказано Пилату – внутренним (или божественным?) голосом, говорившим о бессмертии, а Мастеру – Воландом, после прочтения романа о прокураторе Иудеи. Роман о Пилате в сцене последнего полета стыкуется с «евангелием от Воланда», и сам Мастер, прощая прокуратора, в один и тот же миг завершает и собственное повествование, и рассказ сатаны. Затравленный в земной жизни автор романа о Понтии Пилате обретает бессмертие в вечности. Временная дистанция в 19 столетий при этом как бы свертывается, дни недели и месяца в древнем Ершалаиме и современной Москве совпадают друг с другом. Такое совпадение действительно происходит во временном промежутке в 1900 лет, включающем в себя целое число (25) 76-летних лунно-солнечных циклов древнегреческого астронома и математика Калиппа – наименьших периодов времени, содержащих равное число лет по юлианскому и иудейскому календарям. День христианской Пасхи становится днем воскресения Иешуа в высшей надмирности и Мастера в потустороннем мире Воланда.
Три основных мира «Мастера и Маргариты» – древний ершалаимский, вечный потусторонний и современный московский не только связаны между собой (роль связки выполняет мир сатаны), но и обладают собственными шкалами времени. В потустороннем мире оно вечно и неизменно, как бесконечно длящаяся полночь на Великом балу у сатаны. В ершалаимском мире – время прошедшее, в московском мире – настоящее. Эти три мира имеют три коррелирующих между собой ряда основных персонажей, причем представители различных миров формируют триады, объединенные функциональным подобием и сходным взаимодействием с персонажами своего мира, а в ряде случаев – и портретным сходством.
Первая и наиболее значимая триада – это прокуратор Иудеи Понтий Пилат – «князь тьмы» Воланд – директор психиатрической клиники профессор Стравинский. В ершалаимских сценах события развиваются благодаря действиям Понтия Пилата. В московских сценах все происходит по воле Воланда, который безраздельно царит в потустороннем мире, проникающем в мир московский всюду, где нарушены моральные и нравственные устои. Стравинскому же в его клинике вынуждены беспрекословно подчиняться персонажи московского мира, ставшие жертвами Воланда и его свиты. Свои свиты есть также у Пилата и Стравинского. Пилат пытается спасти Иешуа, но терпит неудачу. Воланд спасает Мастера, но только в своем, потустороннем мире, тогда как Стравинский безуспешно пытался спасти автора романа о Понтии Пилате в мире московском. Власть каждого из трех по-своему ограничена. Пилат не способен помочь Иешуа из-за своего малодушия. Воланд лишь предсказывает будущее тем, с кем соприкасается, и пробуждает дьявольские наклонности у своих жертв. Стравинский же оказывается не в силах предотвратить земную гибель Мастера или вернуть полное душевное спокойствие Ивану Бездомному.
Между персонажами первой триады существует портретное сходство. Воланд – «по виду – лет сорока с лишним» и «выбрит гладко». Стравинский – «тщательно, по-актерски обритый человек лет сорока пяти». У сатаны есть традиционный отличительный признак – разные глаза: «правый глаз черный, левый почему-то зеленый», «правый с золотой искрой на дне, сверлящий любого до дна души, а левый – пустой и черный, вроде как узкое угольное ухо, как выход в бездонный колодец всякой тьмы и теней». Профессор же – человек с «очень пронзительными глазами». Внешнее сходство Стравинского с Пилатом отмечает при первой встрече с профессором Иван Бездомный, живо представляющий себе прокуратора Иудеи по рассказу Воланда. Бездомный обращает внимание и на то, что директор клиники, как и римский прокуратор, говорит на латыни.
Вторая триада: Афраний, первый помощник Понтия Пилата, – Коровьев-Фагот, первый помощник Воланда, – врач Федор Васильевич, первый помощник Стравинского. Связь между Афранием и Фаготом устанавливается на основе замечательного соответствия их имен. В статье «Фагот» Энциклопедического словаря Брокгауза и Ефрона указывается, что изобретателем этого музыкального инструмента был итальянский монах Афранио. Между персонажами есть и внешнее сходство. У Афрания «маленькие глаза… под прикрытыми, немного странноватыми, как будто припухшими веками», в них «светилось незлобное лукавство», и вообще начальник тайной стражи «был наклонен к юмору». У Коровьева «глазки маленькие, иронические и полупьяные», и он действительно неистощимый шутник, своими шутками наказывающий тех, кто прогневил Воланда. Афраний же по негласному приказу Пилата карает Иуду из Кириафа за предательство смертью. Сходны и отдельные эпизоды с участием Афрания и Коровьева. Так, Пилат, после того как намеками дал понять, что Иуду надо убить, вспоминает, что однажды Афраний одолжил ему денег одарить толпу нищих в Ершалаиме. Этот эпизод придуман прокуратором, чтобы представить переданное начальнику тайной стражи вознаграждение за будущее убийство возвращением старого долга. Коровьев-Фагот проливает дождь денег в Театре Варьете. Но червонцы, которыми он по воле Воланда одаривает публику, столь же мнимые, как и монеты, будто бы одолженные Афранием Пилату для ершалаимской черни, и превращаются в простые бумажки. У врача Федора Васильевича, третьего члена триады, есть сходство как с Афранием, так и с Коровьевым. Афраний во время казни Иешуа и Федор Васильевич во время первого допроса Ивана Бездомного восседают на одинаковых высоких табуретках на длинных ножках. Коровьев носит пенсне и усы, врач Федор Васильевич – очки и усы с клиновидной бородкой.