Прошло три с половиной года, и стало известно, что король серьёзно болен. Его последняя жена преданно за ним ухаживала, но монарху становилось всё хуже. Понимая своё состояние, Генрих изменил принятое раньше решение и снова включил обеих своих дочерей в список престолонаследников — после Эдуарда и его потомков. Елизавете, соответственно, был возвращён титул принцессы.
28 января 1547 года наследный принц Эдуард и принцесса Елизавета были спешно вызваны в одно из королевских владений — Энфилдский дворец в графстве Миддлсекс, очень красивое и живописное место в летнее время. Но сейчас земля была скована льдом и покрыта снегом, было не до красоты. Тем более что здесь Эдуард Сеймур, граф Хартфорд сообщил обоим детям о смерти их отца. Это был удар. Дети рыдали, обнявшись, а граф смотрел на это мрачным взглядом, хотя в глубине души не мог не радоваться грядущим переменам в собственной жизни. Отныне он, родной дядя наследника престола становился полноправным властителем страны — как опекун юного короля Эдуарда У1, лорд-протектор и глава Тайного совета. Кстати, очень скоро он присвоил себе титул герцога Сомерсета.
В жизни Елизаветы это вызвало большие перемены. Решением Тайного совета она была передана под опекунство вдовствующей королевы Екатерины. Само по себе это было хорошо, так как последняя из мачех, выпавших на долю девочки, была женщиной доброй и к падчерице относилась ласково и заботливо. Однако и здесь Елизавету не обошли неприятности. Вскоре после смерти короля Екатерина Парр вышла замуж за человека, в которого была влюблена давно, — Томаса Сеймура, барона Садли, лорда-адмирала и пэра Англии. Это было счастьем для Екатерины, поскольку три раза уже она имела нелюбимых мужей намного старше себя и представала перед алтарём не по своей воле. Сейчас ей казалось, что жизнь одарила её, наконец, счастьем, о котором так мечталось. Но, увы, и в этой бочке мёда была своя ложка дёгтя. Томас Сеймур был авантюристом до мозга костей и вынашивал в своей голове весьма рискованные планы. Прежде чем вступить в брак с первой женщиной королевства он пытался посвататься к юной Елизавете, а, получив вежливый отказ, ещё и к Анне Клевской, четвёртой жене короля Генриха, с которой он, слава Всевышнему, расстался мирно. Не найдя отклика на свои планы у намеченных к браку женщин, красавец Томас стал мужем Екатерины Парр. Однако присутствие в доме жены её падчерицы, пятнадцатилетней Елизаветы, подтолкнуло обольстительного и коварного Сеймура к новым каверзам. Он стал соблазнять неопытную девушку с горячей от природы кровью. Елизавета была заинтригована, ей, конечно, было ужасно любопытно узнать, что такое мужской поцелуй, да ещё полученный от такого красавца. Допустить большее не позволяли гордость и твёрдые принципы, хотя, если быть откровенной, хотелось очень. Однако слухи пошли (соглядатаев-то было вокруг великое множество), и имя принцессы оказалось скомпрометированным. Но самое страшное заключалось в том, что Томас Сеймур активно интриговал против собственного старшего брата, которому всегда завидовал, а теперь ещё и отчаянно ревновал к его близости с молодым королём. Эдуард Сеймур такого, естественно, терпеть не стал и, не долго думая, арестовал младшего брата, препроводил в Тауэр и обвинил в государственной измене. Без долгих проволочек, даже не прибегая к видимости суда, одним только решением Тайного совета, младший Сеймур был признан виновным и отправлен на плаху. Елизавету пытались обвинить в сговоре с Томасом и попытке государственного переворота. Её спасли только твёрдая воля и ясный ум, а также неподкупная преданность нескольких верных слуг, которые защищали её всеми силами и всеми возможными средствами. Из этой передряги принцесса выбралась, но полученный урок запомнила на всю жизнь. И только утвердилась в своём намерении никогда в будущем не попадать под власть мужчин. Хотя сейчас это было трудно сделать. Вскоре умерла после родов Екатерина Парр, и Елизавета оказалась в полной зависимости от всемогущего лорда-протектора и его супруги, высокомерной и крайне честолюбивой Анны, герцогини Сомерсет.
Согласно завещанию почившего короля Генриха, его младшая дочь унаследовала, помимо городской резиденции, три земельных владения — Хэтфилд, Вудсток и Энфилд-чейз. И управлять этими владениями принцессы лорд-протектор поручил своему доверенному человеку. Уильям Сесил был хорошо образован и умён, к тому же весьма проницателен. Он разложил в уме картину состояния королевской власти и пришёл к выводу, что наиболее перспективной из трёх наследников великого Генриха является именно Елизавета. И ей он стал преданно служить, сначала тайно, а потом много лет открыто и официально. Но сейчас, в это трудное время он оказал хорошую поддержку принцессе, зажатой в тиски власти всемогущего герцога Сомерсета, человека жёсткого и безжалостного, которого боялся сам юный король Эдуард.
Мальчик унаследовал корону в девять лет. И, несмотря на то, что был развит, хорошо образован и достаточно умён, править страной, разумеется, самостоятельно не мог. По желанию короля его сыну был оставлен в помощь совет их пятнадцати опытных государственных мужей. Однако граф Хартфорд, одним мановением руки превративший себя в герцога Сомерсета, быстро с этими мужами расправился — он просто подкупил их земельными владениями, которые поступали в королевское ведение от казнённых государственных преступников, в том числе и от его собственного брата, человека весьма обеспеченного. Освободив, таким образом, место вокруг короля, он взялся единолично управлять и им, и всей страной. Слабый здоровьем, болезненный мальчик до дрожи боялся своего дядюшку, который держал его в ежовых рукавицах.
Елизавету после всех перипетий, связанных с Томасом Сеймуром и его столь бурной деятельностью, снова вернули в Хэтфилд-хаус, и она была этим очень счастлива. Конечно, к ней приставили строгих и всецело преданных лорду-протектору надзирателей, но рядом были самые верные и преданные ей слуги, которые составляли, по сути дела, её семью — ведь другой она не знала. И её неизменным ангелом-хранителем стал отныне Уильям Сесил. Именно он сообщал ей в письмах, как официальных, проходящих через руки надзирающих за принцессой супругов Тирвитт, так и приватных, передаваемых с надёжными людьми, все новости, высказывая при этом собственную оценку происходящих событий. Он позволял себе давать принцессе советы, и Елизавета, доверяя ему всецело, к ним всегда прислушивалась.
А дела в Англии тем временем шли из рук вон плохо. Захвативший всю полноту власти лорд-протектор справиться с управлением страной оказался не в состоянии. Он допустил слишком много ошибок — как во внутренней, так и во внешней политике. И, в конце концов, был смещён и заключён в Тауэр. Его место в Тайном совете и при особе короля занял Джон Дадли, граф Уорвик.
Новый опекун уделял мальчику-королю гораздо больше внимания, чем его предшественник, подмечал и удовлетворял его желания, старался порадовать красивыми одеждами и пышными шествиями, что Эдуард просто обожал, и молодой монарх расцвёл.
Елизавета взрослела, превратившись уже в красивую девушку с пронзительными тёмными глазами и яркими рыжими волосами. Одевалась она подчёркнуто скромно, предпочитая чёрный и серый цвета, убрала в шкатулки все свои драгоценности. На её изящных длинных пальцах не было ни единого кольца, даже самого простенького. Елизавета хорошо помнила свою ошибку, когда поддалась чарам красавца Томаса Сеймура и позволила себе флиртовать с ним. Народная молва тогда сразу же связала её имя с той легендой, что осталась от матери, якобы женщины порочной и разгульной. Теперь надо было смыть со своего имени это пятно. И Елизавета успешно делала это, появляясь перед лондонцами в столь скромном виде. Люди её любили и всегда горячо приветствовали, когда она появлялась на улицах Лондона.