По постановлению тройки при НКВД Грузинской ССР от 3 марта 1938 г. был расстрелян ещё один двоюродный брат Серго Орджоникидзе — Георгий Абессаломович, преподаватель математики Тбилисского военного училища. Его признали виновным в том, что он входил в контрреволюционную организацию и «занимался вредительской работой в области подготовки курсантов училища». Как и другие дела, дело в отношении Г.А. Орджоникидзе тоже было сфальсифицировано.
На основании постановления тройки при НКВД Грузинской ССР от 16 января 1938 г. «за участие в контрреволюционной организации правых» также по сфальсифицированному делу был расстрелян троюродный брат Серго Орджоникидзе — Савва Валерианович.
Эти дела свидетельствуют об активном участии Рапавы в бытность его народным комиссаром внутренних дел Грузии, в расправе над родственниками Серго Орджоникидзе.
В судебном заседании Рапаве предъявлялись соответствующие документы с его подписями, санкционировавшими конкретные действия в отношении родственников Серго Орджоникидзе. Ознакомившись с этими документами, Рапава стал утверждать, что он не может категорически заявить об исполнении этих подписей именно им.Он не исключал, что подпись об утверждении обвинительного заключения по делу Ивана и Антонины Орджоникидзе мог выполнить Рухадзе. Это заявление присутствовавшими в зале суда было встречено смехом, для такой реакции оснований было более чем достаточно.
В связи с тем, что Рапава и Церетели отрицали своё участие в заседаниях тройки при НКВД Грузинской ССР, суд определил предъявить им подлинные протоколы заседаний этой тройки с их собственноручными подписями. После предъявления этих протоколов Рапава заявил, что на протоколах заседании тройки при НКВД Грузинской ССР подписи его. Церетели заявил: «Это не мои подписи. Кто-то их подделал». Тогда Церетели предъявили подлинный протокол заседания тройки при НКВД Грузинской ССР, на котором рассматривалось дело Дмитрия Орджоникидзе. При этом его фамилию закрыли листом бумаги. Церетели подтвердил, что под этим протоколом стоит его подпись. Когда же ему показали, в отношении кого им подписан данный протокол, Церетели стал утверждать, что эта подпись от его имени подделана.
Следует сказать, что обстановка в зале судебных заседаний была какой-то гнетущей. Удивляться этому не приходилось. Невеликая радость присутствовать при рассмотрении уголовного дела, но дело, которое рассматривалось в Тбилиси, было не просто уголовным делом — судили фальсификаторов, по вине которых погибли многие невиновные люди. Поэтому все присутствовавшие с напряженным вниманием следили за ходом судебного разбирательства. Тем не менее, неуклюжие попытки обвиняемых отрицать очевидное вызывали смех присутствовавших.
Разумеется, Рапава и Церетели отчетливо представляли и понимали, какую неприглядную роль они сыграли в расправе над родственниками Серго Орджоникидзе. Поэтому не удивительно, что они всячески пытались как-то преуменьшить степень своей причастности к этому неправедному деянию.
Таким образом, Берия с помощью своих подручных жестоко расправился с родственниками Серго Орджоникидзе, которого он ненавидел и боялся, обоснованно опасаясь за свою карьеру и судьбу. В то же время, без санкции на эту расправу со стороны Сталина Берия не смог бы сделать ни шагу. Ведь Сталин стремился отстранить Серго от политической и хозяйственной деятельности, поскольку тот во всё большей и большей степени становился неудобным партнером. Он был одним из немногих, кто мог в чём-то не согласиться со Сталиным и даже возражать ему. Сталин своего добился. Читатель, разве это не напоминает современную российскую ситуацию с господством абсолютной серости в высших эшелонах власти?
Не были обделена вниманием Берии и его подручных и жена Серго — Зинаида Гавриловна. За каждым её шагом, в том числе и поездкой в Закавказье осуществлялось пристальное наблюдение, она постоянно находилась под «колпаком». Допрошенный на предварительном следствии бывший начальник 2-го спецотдела НКГБ Грузии Гудушаури, показания которого исследовались в суде, пояснил, что осенью 1940 г. его вызвал Рапава и предложил в филиале института Маркса-Энгельса-Ленина в Тбилиси, где работала, собирая материалы З.Г. Орджоникидзе, провести «литерное мероприятие», что и было сделано. Он установил подслушивающее устройство на месте, где работала Зинаида Гавриловна. Результаты этого мероприятия ежедневно докладывались Рапаве. Кроме того, за вдовой Серго была установлена «наружка», то есть постоянное наружное наблюдение за её передвижением, за теми людьми, с кем она встречалась.
Суд всесторонне исследовал обстоятельства расправы Берией руками его подчиненных с Нестором Лакобой, его ближайшими родственниками и товарищами по работе. Берия люто завидовал Нестору Лакобе, в первую очередь, потому, что Сталин благоволил ему.
Нестор Аполлонович Лакоба, член партии с 1912 г. Председатель ЦИК Абхазской автономной Республики, он был известен и популярен не только в Абхазии, но и во всей Грузии, пользовался авторитетом и у Сталина. Берия, являвшийся до ноября 1931 года председателем Закавказского ГПУ, затем — вторым секретарём Закавказского крайкома ВКП/б/ и первым секретарем ЦК КП/б/ Грузии, а с октября 1932 г. — первым секретарём Заккрайкома с оставлением его первым секретарём ЦК КП /б/ Грузии, ревниво относился к тому, что Нестор Лакоба близок Сталину, а он, Берия, никак не может приблизиться к нему. Он упорно добивался, чтобы Лакоба посодействовал его приему Сталиным, который почти каждый год отдыхал в Абхазии и встречался с Лакобой. Встреча Сталина с Берией состоялась в конце сентября 1931 г. Фактически по рекомендации Лакобы Берия выдвигается на партийную работу. Вследствие своего характера и карьеристских устремлений Берия не мог примириться с тем, что Сталин отдавал предпочтение Лакобе, который, как считал Берия, закрывал ему доступ к Сталину. Но ведь теперь известно, что Сталин специально сталкивал друг с другом своих сторонников, укрепляя своё единовластие. Именно так он строил свои отношения с Лакобой и Берией.
После возвращения с Чрезвычайного VII Всесоюзного съезда Советов, на котором принималась Конституция СССР, Лакобу срочно вызвали к Берии в Тбилиси на партактив. Вечером 27 декабря 1936 г. он был на ужине у Берии. Затем пошли в театр, откуда Лакоба, почувствовав себя плохо, вскоре ушел. 28 декабря в 4 часа 20 минут он умер. В правительственном сообщении говорилось, что смерть наступила от сердечного приступа. 31 декабря Нестора Лакобу похоронили с большими почестями в городе Сухуми в Ботаническом саду в специально построенном склепе.
Многие видные государственные и партийные деятели, а также деятели науки выразили своё глубокое соболезнование в связи со смертью Нестора Лакобы. Среди них — академик Н. Вавилов, М. Цхакая, Г. Петровский и другие. Берия на похороны не приехал. Сталин не прислал даже телеграммы, хотя 7 декабря 1935 г. он на своей фотографии, подаренной Лакобе, сделал такую надпись: «Товарищу и другу Лакобе от И. Сталина».
Из опубликованных к настоящему времени документов следует, что по просьбе жены Лакобы — Сарии Ахмедовны личный врач Лакобы И.Г. Семерджиев тщательно осмотрел тело Лакобы и пришёл к выводу, что тот был отравлен. Свидетельством этого является изъятие почти всех внутренних органов Лакобы — желудка, печени, мозга и гортани.