Рубен Амбарцумович Маркарян родился в 1896 г. в городе Шуше Азербайджанской ССР, армянин. Имел двухклассным образованием. В чекистских органах служил с 1921 г. до октября 1953 г. С 1935 г. — в центральном аппарате АзНКВД. Был начальником отделения, а затем возглавлял отдел. В ноябре 1938 г. после ареста наркома внутренних дел Азербайджанской ССР Раева Маркарян до февраля 1939 г. временно исполнял обязанности наркома внутренних дел республики. В феврале 1939 г. по инициативе Багирова назначен заместителем народного комиссара внутренних дел АзССР. С 1943 г. — нарком внутренних дел Дагестанской АССР. Депутат Верховного Совета СССР с 1946 по 1954 г., с 1950 г. депутат Верховного Совета Дагестанской АССР. Генерал-лейтенант.
Ага Салим Ибрагим оглы Атакишиев родился в 1903 г. в г. Баку, азербайджанец, с незаконченным средним образованием. С 1921 г. служил в уголовном розыске, а с 1924 г. — в АзШУ. В 1929 г. привлекался к уголовной ответственности за злоупотребление служебным положением, присвоение и растрату государственных денежных средств и за разглашение секретных сведений. Коллегией АзГПУ 5 сентября 1929 г. было принято решение Атакишиева «приговорить к заключению в концлагерь сроком на три года с увольнением из органов ОГПУ без права поступления». Коллегия Закавказского ГПУ наказание Атакишиеву заменила условным лишением свободы. Позже на работу в органы ГПУ Атакишиева восстановил Берия, являвшийся в то время председателем Закавказского ГПУ. В Азербайджан Атакишиев возвратился во второй половине 1933 г. и работал там до июля 1954 г. В органах государственной безопасности АзССР он занимал различные должности. Последняя его должность — заместитель министра внутренних дел Азербайджанской ССР. Дважды избирался депутатом Верховного Совета СССР. Генерал-майор.
В ходе судебного разбирательства было установлено, что Атакишиев ретиво выполнял все указания Багирова, угодничая и подхалимничая перед ним. Неоднократно указывал, что его воспитателем является Багиров, который непосредственно руководил его работой.
Подсудимый Борщев охарактеризовал Атакишиева как «грязного типа, крупного вора».
Позже всех из подсудимых в органы НКВД пришёл Степан Федорович Емельянов. Родился он в 1902 г. в деревне Ташлиер Таканышского района Татарской АССР, русский. Имел высшее инженерное образование. В течение девяти месяцев являлся секретарём одного из райкомов партии города Баку. В феврале 1939 года Багиров выдвинул Емельянова на должность народного комиссара внутренних дел Азербайджанской ССР. Генерал-майор.
Таким образом, партийный функционер стал во главе наркомата внутренних дел республики, не имея ни практического опыта, ни хотя бы какой-то теоретической подготовки в сфере чекистской деятельности. К сожалению, до недавнего времени считалось, что партийный руководитель способен возглавить любое ведомство. Очевидная некомпетентность таких руководителей привела к многочисленным провалам в различных сферах народного хозяйства, управления, науки и культуры. Такие выдвиженцы были удобны для власть предержащих — они обеспечивали выполнение самых невероятных, самых бесчеловечных акций, поскольку были полностью зависимы от тех, кто их выдвигал на высокие должности. Известно, во что это выливалось в деятельности органов государственной безопасности. Справедливости ради отмечу, что из всех подсудимых Емельянов хотя бы имел высшее образование.
Перед судом должен был предстать ещё один человек-ювельян Давидович Сумбатов-Топуридзе, служивший в АзЧК с 1921 г. В 1922 г. Берия ему тоже выдал справку, разумеется подложную, что тот с 1918 г. якобы являлся членом подпольной большевистской организации. Наличие этой справки позволило Сумбатову вступить в партию большевиков. Раньше он не мог этого сделать, поскольку с 1905 г. являлся членом меньшевистской партии, что, как правило, являлось почти непреодолимым препятствием для вступления в партию большевиков. Сумбатов занимал должность наркома внутренних дел Азербайджанской ССР. Когда же Берия стал народным комиссаром внутренних дел СССР, — должность начальника одного из управлений НКВД СССР занял Сумбатов. Затем он вернулся в Азербайджан, и при активной помощи Багирова был назначен заместителем председателя Совета Министров республики.
Сумбатов был очень жестоким человеком, принимал непосредственное участие в истязаниях многих арестованных руководящих советских и партийных работников.
Однако в связи с психическим заболеванием Сумбатова-Топуридзе дело о нём было выделено в отдельное производство.
Значительная часть судебного разбирательства была посвящена исследованию обстоятельств совершения Багировым вменённых ему в вину преступлений. Но и все эпизоды обвинений, предъявленных другим подсудимым, также были исследованы полно и всесторонне. Судебное разбирательство выявило истинное лицо «борцов с врагами народа», их место и роль в созданной Сталиным и его приспешниками системе беззакония. «Первую скрипку», как это установлено в суде, по развертыванию борьбы против «врагов народа» в Азербайджане играл Багиров. Фактически не отрицал этого и сам Багиров. Он подтвердил, что аресты старых членов партии, лиц, занимавших высокие государственные и партийные посты в республике, производились с его санкции. На прямой вопрос адвоката Я.М. Нутенко, давал ли он санкции на арест руководящих работников Азербайджана, Багиров ответил: «Да, давал».
Высокопоставленный партийный функционер, беспрекословно выполнявший все указания Сталина, оказался наверху всех властных структур, формально предусмотренных Конституцией. Именно от Багирова, а не от прокурора, как это предусматривалось действовавшим законодательством, зависело арестовывать или не арестовывать того или иного человека. Арест же, как уже отмечалось, влёк за собой единственное последствие — осуждение то ли судом, то ли тройкой. Применительно к решениям, принимавшимся тройками, вряд ли правомерно говорить об осуждении — здесь имела место просто расправа, оформленная видимостью проведения некоторых следственных действий. Затем составлялось обвинительное заключение, и дело направлялось на рассмотрение тройки, в состав которой входили первый секретарь ЦК Компартии союзной республики, нарком внутренних дел и прокурор этой республики. На заседание тройки обвиняемый не вызывался. Дело докладывалось обычно тем, кто вёл следствие но этому делу. Принимавшееся решение оформлялось протоколом. В левой части листа протокола указывалось, какое дело, и в отношении кого это дело рассматривалось, в чём обвинялся этот человек, кто докладывал дело. В правой части листа протокола формулировалось принятое решение. Протокол подписывался членами тройки. После этого принятое решение приводилось в исполнение. Решений об оправдании обвиняемых тройки не выносили, в редких случаях дела направлялись на дополнительное расследование, да и суды того времени в практике рассмотрения поступавших к ним из органов НКВД дел ненамного отличались от пресловутых троек и других несудебных органов, рассматривавших уголовные дела о государственных преступлениях, в абсолютном своём большинстве сфальсифицированных.
Об обстановке, сложившейся к середине 30-х годов не только в Азербайджане, но и во всей стране, об оценке этой обстановки, которая давалась представителями официальной власти и партийными руководителями высокого ранга, о направлениях дальнейшей деятельности всех структур партийных органов убедительно свидетельствует содержание выступления Багирова на Бакинском партийном активе 13 июля 1937 г. Он говорил: «Только за последнее время мы окончательно разоблачили гнусных врагов партии и народа — Эфендиева, Слуцкого, Султанова, Довлатова, Фарадж-заде и других. После последней Бакинской конференции, после XIII съезда АКП(б) эти враги, сидя до последнего времени на ответственных постах, тонко маскировались, продолжали свою гнусную подрывную, контрреволюционную, диверсионную шпионскую работу. Нет никакого сомнения, что их охвостья ещё продолжают гнездиться в отдельных звеньях советского и хозяйственного аппарата. И сами эти враги вынуждены перед неоспоримыми фактами и документами заявлять в своих показаниях в следственных органах о том, с кем они имели дело, кто им помогал, кто являлся их агентами в тех или других организациях».